RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G026970
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 6983617-6993177 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

6097 bp · TkA08G026970|TK1151|cDNA

TACATATTACTTAGATTTTGTCCACATTTTCTTCTATTTAAAATAAACAAGCAGCATGTTAAGATGAAAAAAATATATCTCAATTTTAAAACCATTTCATACAAAATATATGATTATTTTATGCTGTTTAGTGATTGAGCATCTTTTAAATTACAATAATATTCAGAAAACCAACAAACACATCCCCAAAATTCTTCTCGAAAGTAGTTTTGTGGTTCATGTGAGTAGAGAGAAAGAAGACGAGAGGCCTGAAATCGCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

5004 bp · TkA08G026970|TK1151|CDS

ATGGCTCCGAAAGCTAGTAAAGGAAAACCGCACAAAGCGAAGGGGGAGAAGAAGAAGAAGGAAGAGAAAGCATTGCCGACAGTGGTAGAAATAGCAATAGAAACGCCTGATGACTCCACAGTGACACTTAAGGGCATATCTACTGATAGAATATTAGATGTTCGAAAGCTACTCGCAGTACATGTTGAGACATGTCATGTGACCAACTACTCTTTAACACATGAGGTACGAGGTCCAAGGCTTAAAGATACGGTCGAAGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1667 aa · TkA08G026970|TK1151|PROTEIN

MAPKASKGKPHKAKGEKKKKEEKALPTVVEIAIETPDDSTVTLKGISTDRILDVRKLLAVHVETCHVTNYSLTHEVRGPRLKDTVEVVALKPCQLTVVEEDYTEESAVAHIRRLLDIVACTTAFGGSSNSPKNTSTAAPTRSKESGSSDGEIGQDKKSNIETKSPKTDGEISSDLSEKGDAAAEIYPPPKLGQFYDFFSFSHLTPPIQYIRRSARPFLEDKTDDDFFQIDVRVSGGKPMTIVASRKGFYPAGKRILSSHS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G026970
TK1151 IDTkA08G026970
OH-1004 IDLXL04_018095
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G026970
位置Chr08:6983617-6993177 (+)
描述Similar to TSS: Protein TSS
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g28080 通过整合发育信号与碳源可用性，负向调控分生组织的增殖。 暂无已核实直接文献
At1g01320 可能作为蛋白复合物的支架，富集对分生组织 G2 到 M 转变所需的关键因子（相似性推测）。
REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE genes from Arabidopsis thaliana help to establish the size of the chloroplast compartment.2016 · DOI: 10.1073/pnas.1515741113
At1g15290 可能作为蛋白复合物的支架，富集对分生组织 G2 到 M 转变所需的关键因子（相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At3g52140 mRNA结合蛋白，参与线粒体在细胞质中的正确分布（通过相似性预测）。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018095 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程
GO:0010636 positive regulation of mitochondrial fusion 生物过程
GO:0010906 regulation of glucose metabolic process 生物过程
GO:0019750 chloroplast localization 生物过程
GO:0048312 intracellular distribution of mitochondria 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G01320
ath:AT1G15290
ath:AT3G52140
ath:AT4G28080
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.438
排名 1 · TkA08G026970 · TK1151
细胞核0.225
排名 2 · TkA08G026970 · TK1151
细胞膜0.197
排名 3 · TkA08G026970 · TK1151
高尔基体0.153
排名 4 · TkA08G026970 · TK1151
内质网0.127
排名 5 · TkA08G026970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15044CLU_N48-118 aa
PF13236CLU342-481 aa
PF19394DUF5969410-487 aa
PF12807eIF3_p135616-653 aa
PF12807eIF3_p135691-774 aa
PF12807eIF3_p135782-827 aa
PF17874TPR_MalT859-1009 aa
PF13181TPR_8863-883 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G026970PF15044CLU_N481187.4e-1039.8
TkA08G026970PF13236CLU3424810.06713.7
TkA08G026970PF19394DUF59694104870.08813.9
TkA08G026970PF12807eIF3_p1356166531.7e-2074.6
TkA08G026970PF12807eIF3_p1356917741.7e-2074.6
TkA08G026970PF12807eIF3_p1357828271.7e-2074.6
TkA08G026970PF17874TPR_MalT85910090.000719.7
TkA08G026970PF13181TPR_88638830.001419.4
TkA08G026970PF07719TPR_28678842.2e-0731.2
TkA08G026970PF13374TPR_108688921.1e-2692.7
TkA08G026970PF13424TPR_128689292.9e-2692.2
TkA08G026970PF24885TPR_NPHP38689672.8e-1247.3
TkA08G026970PF00515TPR_18688780.212.2
TkA08G026970PF13374TPR_108979381.1e-2692.7
TkA08G026970PF13424TPR_128979672.9e-2692.2
TkA08G026970PF07719TPR_28999292.2e-0731.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4JKH6拟南芥sp|F4JKH6|REC2_ARATH Protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 259.500%Swiss-Prot高置信
F4HS99拟南芥sp|F4HS99|REC1_ARATH Protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 157.600%Swiss-Prot中等置信
F4HZK4拟南芥sp|F4HZK4|REC3_ARATH Protein REDUCED CHLOROPLAST COVERAGE 350.400%Swiss-Prot高置信
F4J5S1拟南芥sp|F4J5S1|CLU_ARATH Clustered mitochondria protein21.000%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看