TkA07G406660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G406660

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 102227737-102230669 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2730 bp · TkA07G406660|TK1151|cDNA

AAGATGTCGAGAAAGAAAAACCCTAGCAAAATGCTTCTCTCGCTGCAAAGGTGTAGTAGAATCTGGACTTGACGAAACGGAGCGTTCTGCTTGATTGCTTGTAGGTTTATTTTTCGAGCTGATCGAATACGCGGCAATGATGTATATCTGATTTATTTCAGTTCATATGAAAGTGAAACATTCTGCTTAAGCGTCTCTGTTCTACGGTTTCTGGAATAATCGGATTAATCGATTTTGATTCTCGCTTTGTCTGTCGTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1371 bp · TkA07G406660|TK1151|CDS

ATGAATCTGAAGCATTTCTTATCGAGACTGCCAATCAACAAGGCGTCAAGGTTTAACGGTAGAATAACCCCATCATGGAATTACAGAGAGGTTTCCACCACTCGCTGTATTTCCCCTCTTCTTCACGTACCAAACTGTCTTAACGACGACTCCCGGATTCGAAACCCTAAAACGCCGATAACACGTTCATTATTCTCTAGATTCATCCACTCTGGTTCAGAAACTGTTTCGAATGTTACCAATGCTGTATCTACACTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

456 aa · TkA07G406660|TK1151|PROTEIN

MNLKHFLSRLPINKASRFNGRITPSWNYREVSTTRCISPLLHVPNCLNDDSRIRNPKTPITRSLFSRFIHSGSETVSNVTNAVSTLSVDSEDDENALMNEFLSRFVWIMRGKLADVYTEADKKEIDAMLQIIVGKVISVVEAGQLESLLDSDSVSSTMSQDFSEDLWKTVWEVCNVVIDDMKKAKKKEKMKSFLQCEEVKDMTRFAGEIGIRGDLLRELRFKWAREKLEDSEFYDYLELLKQESKEESETTQIHNIEEEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G406660`
TK1151 ID	TkA07G406660
OH-1004 ID	LXL04_026821
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	33.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 24.342 / OH-1004 28.212 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G406660

位置 Chr07:102227737-102230669 (+)

描述 Similar to At1g01970: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g01970

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g19520`	在雌配子体发育过程中核融合所必需，当两个极核融合形成二倍体中央细胞核时起作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026821 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01970

ath:AT5G04810

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.759

排名 1 · TkA07G406660 · TK1151

质体0.150

排名 2 · TkA07G406660 · TK1151

细胞核0.102

排名 3 · TkA07G406660 · TK1151

细胞质0.058

排名 4 · TkA07G406660 · TK1151

细胞膜0.017

排名 5 · TkA07G406660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276TPR_2459-87 aa

PF17177PPR_long173-193 aa

PF01535PPR175-191 aa

PF13041PPR_2176-184 aa

PF13181TPR_8185-195 aa

PF03467Smg4_UPF3229-267 aa

PF17177PPR_long231-251 aa

PF23276TPR_24362-448 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G406660	`PF23276`	TPR_24	59	87	0.0023	18.5
TkA07G406660	`PF17177`	PPR_long	173	193	0.0012	19.0
TkA07G406660	`PF01535`	PPR	175	191	1.3e-06	29.0
TkA07G406660	`PF13041`	PPR_2	176	184	6.5e-07	30.1
TkA07G406660	`PF13181`	TPR_8	185	195	0.37	11.8
TkA07G406660	`PF03467`	Smg4_UPF3	229	267	0.61	10.8
TkA07G406660	`PF17177`	PPR_long	231	251	0.0012	19.0
TkA07G406660	`PF23276`	TPR_24	362	448	0.0023	18.5
TkA07G406660	`PF13812`	PPR_3	377	429	4.4e-08	33.8
TkA07G406660	`PF01535`	PPR	388	416	1.3e-06	29.0
TkA07G406660	`PF17177`	PPR_long	388	449	0.0012	19.0
TkA07G406660	`PF13041`	PPR_2	391	432	6.5e-07	30.1
TkA07G406660	`PF12854`	PPR_1	393	412	0.056	13.9
TkA07G406660	`PF13181`	TPR_8	394	410	0.37	11.8
TkA07G406660	`PF12854`	PPR_1	414	441	0.056	13.9
TkA07G406660	`PF13812`	PPR_3	419	447	4.4e-08	33.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LEZ4`	拟南芥	sp\|Q8LEZ4\|NFD5_ARATH Small ribosomal subunit protein mS77 (rPPR2)	42.500%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情