RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G399820
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 100460776-100466785 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2040 bp · TkA07G399820|TK1151|cDNA

TAATCAATAGGGCAAAACGGAGACCGGACCACCCTTTACCTTTTTCTTCGCGTCTTCCTTCGAAAAACAAAACCTTTGCTGCCATTTCTTCCCTTGGAGCCACTAGAGCTTGATCCGCACTTTCAACTAGATTTTCCCAGGCAATAACTGAGACTCTTATTTCCTCAAATGGCCAATAATTCTCAATATCCTGGCATACAGCCTCCTAGACCTCCTGTTGCTCAAATGGGCCCACCCCAAAACACATATCCATCAGTACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2727 bp · TkA07G399820|TK1151|CDS

ATGGCCAATAATTCTCAATATCCTGGCATACAGCCTCCTAGACCTCCTGTTGCTCAAATGGGCCCACCCCAAAACACATATCCATCAGTACCAATGCAATTTCGTGCAGCAGGTCCACCTCGGCCCCCACCCCAATACATGCCATTGGTGTCTCAACAGTTTTTACCTGTAGGGAGGCCACCTATGCAACACCTACCGCCACATGGCATGGTCCCACCCCCCGCCCCACCCGCCCCCCAACCTTTTTCACTGCCAGATGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

908 aa · TkA07G399820|TK1151|PROTEIN

MANNSQYPGIQPPRPPVAQMGPPQNTYPSVPMQFRAAGPPRPPPQYMPLVSQQFLPVGRPPMQHLPPHGMVPPPAPPAPQPFSLPDGSRVAFSITYNQLSTSATSQVHISTEAASQYQTTSLINNNNNNNNNNIPSLPLLQPADQTPPDAPSVPVTNDVPKAVEKTPSDWIEHTSRNGKIYYHNKKTKLSSWEKPLDLMTPIERADASTDWKECIAPIGRKYYYNKVTKQSKWKIPDELKVAREQVKSESKTKNHELTKD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G399820
TK1151 IDTkA07G399820
OH-1004 IDLXL04_030365
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G399820
位置Chr07:100460776-100466785 (+)
描述Similar to PRP40A: Pre-mRNA-processing protein 40A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g44910 结合RNA聚合酶II最大亚基的磷酸化C端结构域（CTD），并作为RNA加工机制的支架（可能）。 暂无已核实直接文献
At3g19670 结合最大亚基 RNA 聚合酶 II 的磷酸化 C 端结构域 (CTD)，并作为 RNA 加工机器的支架功能。
Arabidopsis thaliana PRP40s are RNA polymerase II C-terminal domain-associating proteins.2009 · DOI: 10.1016/j.abb.2009.01.004

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030365 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000395 mRNA 5'-splice site recognition 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0007010 cytoskeleton organization 生物过程
GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0016477 cell migration 生物过程
GO:0032465 regulation of cytokinesis 生物过程
GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0000243 commitment complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G44910
ath:AT3G19670
hsa:55660
mmu:56194
spo:2543409
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.950
排名 1 · TkA07G399820 · TK1151
细胞质0.118
排名 2 · TkA07G399820 · TK1151
细胞膜0.023
排名 3 · TkA07G399820 · TK1151
内质网0.010
排名 4 · TkA07G399820 · TK1151
线粒体0.010
排名 5 · TkA07G399820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30846CEP164_N166-197 aa
PF00397WW167-195 aa
PF23517WW_TCERG1177-199 aa
PF30846CEP164_N207-241 aa
PF00397WW210-236 aa
PF23517WW_TCERG1219-240 aa
PF03992ABM363-382 aa
PF01846FF368-417 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G399820PF30846CEP164_N1661975.5e-0523.8
TkA07G399820PF00397WW1671953.1e-1969.4
TkA07G399820PF23517WW_TCERG11771996e-0729.3
TkA07G399820PF30846CEP164_N2072415.5e-0523.8
TkA07G399820PF00397WW2102363.1e-1969.4
TkA07G399820PF23517WW_TCERG12192406e-0729.3
TkA07G399820PF03992ABM3633826.07.8
TkA07G399820PF01846FF3684172.6e-45153.0
TkA07G399820PF23083FF_RHG35_4th3684041.8e-0628.8
TkA07G399820PF25432FF_PRPF40A3784031.3e-2176.8
TkA07G399820PF01846FF4354852.6e-45153.0
TkA07G399820PF23083FF_RHG35_4th4374891.8e-0628.8
TkA07G399820PF25432FF_PRPF40A4454721.3e-2176.8
TkA07G399820PF03992ABM4644886.07.8
TkA07G399820PF01846FF5035522.6e-45153.0
TkA07G399820PF23083FF_RHG35_4th5055511.8e-0628.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
B6EUA9拟南芥sp|B6EUA9|PR40A_ARATH Pre-mRNA-processing protein 40A51.800%Swiss-Prot高置信
F4JCC1拟南芥sp|F4JCC1|PR40B_ARATH Pre-mRNA-processing protein 40B43.400%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看