RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G362590
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 90836943-90838172 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1230 bp · TkA07G362590|TK1151|cDNA

ATGGCGAGAGAAAAAAGCAACGGGTTGCACCTGAGTGTTCCCAGCTTCTTCAAGTGCCCGATATCAATGGACGTCATGAAATCTCCGGTCAGTCTTTGTACCGGCGTTACCTATGACCGCGCCAGCATCCAGACGTGGCTCGATTCCGGCCACAATACATGTCCCGCCACCATGCAAGTCCTCCAATCCACCGATGTCGTCCCTAACCTCACACTCCGCCGTCTCATTCGTGTCTGGTCTGATTCCTATCTCCTAACCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1230 bp · TkA07G362590|TK1151|CDS

ATGGCGAGAGAAAAAAGCAACGGGTTGCACCTGAGTGTTCCCAGCTTCTTCAAGTGCCCGATATCAATGGACGTCATGAAATCTCCGGTCAGTCTTTGTACCGGCGTTACCTATGACCGCGCCAGCATCCAGACGTGGCTCGATTCCGGCCACAATACATGTCCCGCCACCATGCAAGTCCTCCAATCCACCGATGTCGTCCCTAACCTCACACTCCGCCGTCTCATTCGTGTCTGGTCTGATTCCTATCTCCTAACCCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

409 aa · TkA07G362590|TK1151|PROTEIN

MAREKSNGLHLSVPSFFKCPISMDVMKSPVSLCTGVTYDRASIQTWLDSGHNTCPATMQVLQSTDVVPNLTLRRLIRVWSDSYLLTPESHASFNNHLAFDSVKKMISSEQTQQLSLGTLSSIITFAKLSIENRESLAKLDGFVPKLSRNLKVSNEIEVVELLVTALDLILPEKGVKEQLINLNSEDASLSPFSFVLQKGGLEARISAARVLESLAAFDNESRRVIADQSTLLKELYRLASSETEPRAVEAGFSALIIVST...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G362590
TK1151 IDTkA07G362590
OH-1004 IDLXL04_029955
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G362590
位置Chr07:90836943-90838172 (-)
描述Similar to PUB28: U-box domain-containing protein 28
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g09800 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g18710 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g64660 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g49810 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g65920 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029955 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程
GO:1900457 regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:1901001 negative regulation of response to salt stress 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0070696 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G18710
ath:AT3G49810
ath:AT5G09800
ath:AT5G64660
dosa:Os03g0232600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.579
排名 1 · TkA07G362590 · TK1151
细胞质0.436
排名 2 · TkA07G362590 · TK1151
细胞膜0.070
排名 3 · TkA07G362590 · TK1151
内质网0.031
排名 4 · TkA07G362590 · TK1151
溶酶体／液泡0.028
排名 5 · TkA07G362590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564U-box13-80 aa
PF11789zf-Nse17-56 aa
PF13923zf-C3HC4_218-55 aa
PF13445zf-RING_UBOX19-55 aa
PF15227zf-C3HC4_419-55 aa
PF24768ARM_ARMC553-138 aa
PF25598ARM_PUB107-406 aa
PF24768ARM_ARMC5207-352 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G362590PF04564U-box13802.8e-1866.5
TkA07G362590PF11789zf-Nse17560.004617.5
TkA07G362590PF13923zf-C3HC4_218550.2312.0
TkA07G362590PF13445zf-RING_UBOX19550.01715.8
TkA07G362590PF15227zf-C3HC4_419550.2612.1
TkA07G362590PF24768ARM_ARMC5531380.0002121.5
TkA07G362590PF25598ARM_PUB1074067.3e-58197.1
TkA07G362590PF24768ARM_ARMC52073520.0002121.5
TkA07G362590PF23216WHD_CYT42072480.05814.3
TkA07G362590PF09744RH12092380.1912.3
TkA07G362590PF09744RH12833240.1912.3
TkA07G362590PF11789zf-Nse3904010.004617.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LXE3拟南芥sp|Q9LXE3|PUB28_ARATH U-box domain-containing protein 2845.100%Swiss-Prot中等置信
Q9LSA6拟南芥sp|Q9LSA6|PUB29_ARATH U-box domain-containing protein 2943.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FLF4拟南芥sp|Q9FLF4|PUB27_ARATH U-box domain-containing protein 2741.300%Swiss-Prot中等置信
Q058P4拟南芥sp|Q058P4|PUB30_ARATH U-box domain-containing protein 3028.900%Swiss-Prot低置信
Q9FHN9拟南芥sp|Q9FHN9|PUB31_ARATH U-box domain-containing protein 3129.000%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看