TkA07G259320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G259320

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 64831069-64837292 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2226 bp · TkA07G259320|TK1151|cDNA

TTTACACTGAAATTGAAGGATCGAGAGTAACCCAGCAAGAAGAACAAAAGCAAGCGTGATTGCGGCCCTCTCTATTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCAAATCTCAACTTTCTTTCAACCTTCGCGCTTTCTCTCTCCAACCATAAACCCTAACTAGTATTTCACACGCACCCACATTATATACATACAATACATATATATAGAGACAAAGGGAGAGACGATACCAAACATATATGCACACGCAATCTAGCGACTGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1287 bp · TkA07G259320|TK1151|CDS

ATGGTGCATTTGAGCAATGGAAAAAAACATGTTGTTATTGAAGGATCGGATAAACCAAATGGAACACTTTCTTCTTCCAAAAGCAAGTTTGATGATAAGATAGAAGCTTCTTCTGCTAAAATGTATTTCCATTACTATGGCCAGTTACTTCATCAGCAAAATATGTTGCAGGATTATGTGAGAACAGGATCTTATTATGCTGCGGTGATTGAGAACCAAGCGGATTTTGCTGGCCGTGTGGTGGTCGATGTTGGTGCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

428 aa · TkA07G259320|TK1151|PROTEIN

MVHLSNGKKHVVIEGSDKPNGTLSSSKSKFDDKIEASSAKMYFHYYGQLLHQQNMLQDYVRTGSYYAAVIENQADFAGRVVVDVGAGSGILSLFAAQAGAKHVYAVEASEMADYAQKLIAGNPILAQRITVIKGKVEDVELPEKADILISEPMGTLLINERMLESYVIARDRFLVPNGKMFPTVGRIHMAPFSDEYLYVEIANKALFWQQQNYYGVDLTALHGTAFQGYFSQPVVDAFDPRLLVAPAVSHVINFTTVKEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G259320`
TK1151 ID	TkA07G259320
OH-1004 ID	LXL04_028990
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.364 / OH-1004 78.253 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G259320

位置 Chr07:64831069-64837292 (+)

描述 Similar to PRMT14: Probable histone-arginine methyltransferase 1.4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g49020`	对几种参与DNA包装、转录调控和mRNA稳定性的蛋白质中的精氨酸残基的鸟氨基氮进行甲基化（单甲基化和不对称二甲基化）。	暂无已核实直接文献
`At3g06930`	将精氨酸残基的胍氮进行甲基化（单甲基化和非对称二甲基化），涉及多种DNA包装、转录调控和mRNA稳定性的蛋白（通过相似性推测）。	PARAQUAT TOLERANCE3 Is an E3 Ligase That Switches off Activated Oxidative Response by Targeting Histone-Modifying PROTEIN METHYLTRANSFERASE4b.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006332

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2YPT7`	对几种参与DNA包装、转录调控和mRNA稳定性的蛋白质中的精氨酸残基的鸟氨基氮进行甲基化（单甲基化和不对称二甲基化）。	暂无已核实直接文献
`Os07g0671700`	对几种参与DNA包装、转录调控和mRNA稳定性的蛋白质中的精氨酸残基的鸟氨基氮进行甲基化（单甲基化和不对称二甲基化）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028990 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0019919 peptidyl-arginine methylation, to asymmetrical-dimethyl arginine 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0033146 regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06930

ath:AT5G49020

dosa:Os07g0671700

dre:445251

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.620

排名 1 · TkA07G259320 · TK1151

细胞核0.448

排名 2 · TkA07G259320 · TK1151

线粒体0.081

排名 3 · TkA07G259320 · TK1151

细胞膜0.069

排名 4 · TkA07G259320 · TK1151

内质网0.056

排名 5 · TkA07G259320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10294Methyltransf_1667-130 aa

PF13489Methyltransf_2369-127 aa

PF08003Methyltransf_969-156 aa

PF13679Methyltransf_3273-147 aa

PF03602Cons_hypoth9574-112 aa

PF06325PrmA77-151 aa

PF05175MTS77-180 aa

PF05185PRMT577-165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G259320	`PF10294`	Methyltransf_16	67	130	0.12	12.8
TkA07G259320	`PF13489`	Methyltransf_23	69	127	0.004	17.6
TkA07G259320	`PF08003`	Methyltransf_9	69	156	0.29	10.8
TkA07G259320	`PF13679`	Methyltransf_32	73	147	0.079	13.6
TkA07G259320	`PF03602`	Cons_hypoth95	74	112	0.066	13.6
TkA07G259320	`PF06325`	PrmA	77	151	2e-08	34.8
TkA07G259320	`PF05175`	MTS	77	180	0.00025	21.4
TkA07G259320	`PF05185`	PRMT5	77	165	0.00048	20.8
TkA07G259320	`PF01728`	FtsJ	77	144	0.00094	19.9
TkA07G259320	`PF02475`	TRM5-TYW2_MTfase	78	150	0.00055	20.7
TkA07G259320	`PF13847`	Methyltransf_31	78	151	0.037	14.5
TkA07G259320	`PF13649`	Methyltransf_25	81	177	4e-07	31.3
TkA07G259320	`PF08241`	Methyltransf_11	82	153	1.9e-05	25.9
TkA07G259320	`PF08242`	Methyltransf_12	82	149	0.042	15.3
TkA07G259320	`PF22528`	PRMT_C	102	140	1.5e-22	81.0
TkA07G259320	`PF22528`	PRMT_C	186	343	1.5e-22	81.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A3KPF2`	拟南芥	sp\|A3KPF2\|ANM14_ARATH Probable histone-arginine methyltransferase 1.4	79.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q84W92`	拟南芥	sp\|Q84W92\|ANM13_ARATH Probable histone-arginine methyltransferase 1.3	77.800%	Swiss-Prot	高置信
`A2YPT7`	水稻	sp\|A2YPT7\|CARM1_ORYSI Probable histone-arginine methyltransferase CARM1	82.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XI75`	水稻	sp\|Q7XI75\|CARM1_ORYSJ Probable histone-arginine methyltransferase CARM1	82.800%	Swiss-Prot	高置信

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