TkA07G169050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G169050

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 43393084-43396775 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2743 bp · TkA07G169050|TK1151|cDNA

AAAAGTCCCAACTGTATCCATAGTTGTGCACAATTCCTCTTTCTCTTTTGTTGCTTTAAGTTCCAACCCTGATGATGATGCCAAATGAGGAATCTTCAAAGATAGCCATTGATGACTTTGGAAGCTCAAGGCTATTGCACGACATTGAAGAAATAAGCAAAGCATTATATCTTCACGACACCCCACCAAAGATACCAGATCAAACCCCACGAAAAACAAACCATACAAATGATGATCTCTTACCAAATCACAAGAAATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1644 bp · TkA07G169050|TK1151|CDS

ATGAGGCTTATGATGGGGAGTTTACAGTCATTGATAAAGGTGTTGAAATCAATAAAAGATCAAGATAGTGTTGAAAGTTCTTGTATCGAGACCATTGATGTGGCTGAGTTATTTGCGGGTGATGAAAAGAACGATGAAGTTTCCAGTAATTTGGAAACCGAGACCGTTATTGATGAAGAAGTTGAATTATTTTTGCAAAATCTGTCAATTGAATCACCAGAACTGGATCTTTCTTTTACAAAAAAACCGTTTCTTGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

547 aa · TkA07G169050|TK1151|PROTEIN

MRLMMGSLQSLIKVLKSIKDQDSVESSCIETIDVAELFAGDEKNDEVSSNLETETVIDEEVELFLQNLSIESPELDLSFTKKPFLEDDYNRGEMMRSSSLDDLTKTVVNDFMNIFGSDSDPESPRERLLRQFENETQTQTVAKQNFFLIPDIEEEQERDGFHVFDSSFLFQEPDEIAGPGSLINRRKAKMLENLETEALMEEWGLNERAFQNSPRTNSGAFGSPVYCSPERSPEVPPPLGEGLGSYLNVKNGGVLRSMSP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G169050`
TK1151 ID	TkA07G169050
OH-1004 ID	LXL04_028549
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.709 / OH-1004 62.278 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G169050

位置 Chr07:43393084-43396775 (-)

描述 Similar to PMIR2: Protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 1-RELATED 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g20610`	与 PMI1 一起，通过调节铺面细胞中的叶绿体肌动蛋白丝来进行叶绿体和核光重定位运动所必需的。	PLASTID MOVEMENT IMPAIRED1 and PLASTID MOVEMENT IMPAIRED1-RELATED1 Mediate Photorelocation Movements of Both Chloroplasts and Nuclei.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00214
`At5g26160`	叶绿体和核光重定位运动似乎不是必需的。	PLASTID MOVEMENT IMPAIRED1 and PLASTID MOVEMENT IMPAIRED1-RELATED1 Mediate Photorelocation Movements of Both Chloroplasts and Nuclei.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00214

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028549 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009902 chloroplast relocation 生物过程

GO:0009903 chloroplast avoidance movement 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0030048 actin filament-based movement 生物过程

GO:0031022 nuclear migration along microfilament 生物过程

GO:1902265 abscisic acid homeostasis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G42550

ath:AT5G20610

ath:AT5G26160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.390

排名 1 · TkA07G169050 · TK1151

细胞核0.361

排名 2 · TkA07G169050 · TK1151

细胞膜0.191

排名 3 · TkA07G169050 · TK1151

质体0.085

排名 4 · TkA07G169050 · TK1151

线粒体0.083

排名 5 · TkA07G169050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21745PMI1_PMIR1-2_C271-334 aa

PF21745PMI1_PMIR1-2_C337-383 aa

PF21745PMI1_PMIR1-2_C485-501 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G169050	`PF21745`	PMI1_PMIR1-2_C	271	334	1.3e-22	81.7
TkA07G169050	`PF21745`	PMI1_PMIR1-2_C	337	383	1.3e-22	81.7
TkA07G169050	`PF21745`	PMI1_PMIR1-2_C	485	501	1.3e-22	81.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K5K6`	拟南芥	sp\|F4K5K6\|PMIR1_ARATH Protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 1-RELATED 1	28.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q7Y219`	拟南芥	sp\|Q7Y219\|PMIR2_ARATH Protein PLASTID MOVEMENT IMPAIRED 1-RELATED 2	31.500%	Swiss-Prot	中等置信

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