TkA07G079160 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G079160

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 20689464-20694557 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3055 bp · TkA07G079160|TK1151|cDNA

ATCAGAATGAAATCGTGAATTAGTTTCAAACTCGTTCAGCCCTCCAAGGCTCCAACTCCATTGCGGCTACAGCCTCCACTCCAACGTTGAACGCCGACTCCAAGTTCTCCTCCTCTCGTCGTCGTCGCCGACTGAAGTCCACCGCTGCAGCGCACCACAACAGGCTCGCTCCACTTCTGCACCGCACGTCCGCACAATCGGACCACCGCTGCACCTGAAGTCTTGAACTTTGAACAGATAATTACCATCAGACAGTCGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2385 bp · TkA07G079160|TK1151|CDS

ATGTGTAAAAATCTCCCAAAACATGCAACTGAGGACCGCCTCAGAGATTATTTTTCTCAGAAAGGAGAAGTCACTGATGCCAAGCTCATGAGAACCAGAGATGGTAAGAGCAGACAATTTGGCTTTGTTGGATTCCGAAGTGAAAAAGAAGCTGCAGAAGCTCTCAAGTACTTCAATGGTTCATTCATGGATACTTACAGAATTACATGTGAGATTGCTCGTAAAGTGGGGGATCCAGAAATGTCACGTCCATGGAGCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

794 aa · TkA07G079160|TK1151|PROTEIN

MCKNLPKHATEDRLRDYFSQKGEVTDAKLMRTRDGKSRQFGFVGFRSEKEAAEALKYFNGSFMDTYRITCEIARKVGDPEMSRPWSRHSVKNQEKSTVEKKESVSSKSSNQKVTEEVKNNTENSDLQFQEFLQVMQPRAKSKLWSNDLLEANKVEDKNKPNSKSGNLNQTSDNKPDEVATSMEHDKSMSDIDYFKSRIKKDWSDTDIDTDTDTGDANGDVDEINDDDNIKKSKKIPDLPETEADEKPNETDEVDDPSSSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G079160`
TK1151 ID	TkA07G079160
OH-1004 ID	LXL04_001595
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	23.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 50.378 / OH-1004 56.154 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA07G079160`
位置	Chr07:20689464-20694557 (+)
描述	Similar to PAB2: Polyadenylate-binding protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_001595` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程 GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0006413 translational initiation 生物过程 GO:0006417 regulation of translation 生物过程 GO:0006446 regulation of translational initiation 生物过程 GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程 GO:0060211 regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程 GO:1900151 regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G22760 ath:AT1G49760 ath:AT1G71770 ath:AT2G23350 ath:AT4G34110 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.928

排名 1 · TkA07G079160 · TK1151

细胞质0.124

排名 2 · TkA07G079160 · TK1151

线粒体0.029

排名 3 · TkA07G079160 · TK1151

细胞膜0.016

排名 4 · TkA07G079160 · TK1151

细胞外0.008

排名 5 · TkA07G079160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076RRM_12-68 aa

PF23085RRM_PARP14_33-33 aa

PF22976RRM_104-62 aa

PF28441RRM_114-60 aa

PF16842RRM_occluded4-69 aa

PF17799RRM_Rrp74-20 aa

PF16367RRM_75-25 aa

PF26250RRM_RdRP1_25-53 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G079160	`PF00076`	RRM_1	2	68	6e-83	273.4
TkA07G079160	`PF23085`	RRM_PARP14_3	3	33	8e-05	23.4
TkA07G079160	`PF22976`	RRM_10	4	62	8.7e-09	36.1
TkA07G079160	`PF28441`	RRM_11	4	60	3.3e-06	28.1
TkA07G079160	`PF16842`	RRM_occluded	4	69	9.5e-05	22.9
TkA07G079160	`PF17799`	RRM_Rrp7	4	20	0.0014	19.2
TkA07G079160	`PF16367`	RRM_7	5	25	2.8e-05	24.7
TkA07G079160	`PF26250`	RRM_RdRP1_2	5	53	0.00041	21.4
TkA07G079160	`PF28976`	RRM_ACIN1	10	60	7e-07	30.0
TkA07G079160	`PF15513`	DUF4651	12	24	0.24	11.6
TkA07G079160	`PF14605`	Nup35_RRM_2	14	55	1.6e-05	25.4
TkA07G079160	`PF28442`	DUF8400	30	61	0.00071	20.4
TkA07G079160	`PF25701`	RRM_YTH1	41	71	0.011	16.3
TkA07G079160	`PF29326`	RRM_MUD2_C	42	63	0.019	15.7
TkA07G079160	`PF29396`	F07F6_N	44	61	0.11	12.9
TkA07G079160	`PF28442`	DUF8400	96	145	0.00071	20.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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