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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G077740
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 20235465-20245484 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4643 bp · TkA07G077740|TK1151|cDNA

GGAAACTCCAGTACTGTGATAAAAAAATTCAAAATGAGAAAACCCACACAAAACGTTAAAAAATCACTTGCTGCATGCTCCTTCTAGGCTAACACAAGAGAGGGGAGCCTTCACAAATCAGACCACTCTCTCTCTCCATAGACGCCTGTAAAACCCTCTCTTTCTCATCAATTTCACCATCGATCGATAAAGGTGTCTTTTCATGGTTTCTGAGCTAAACCTTACGCACATTTCGCAGTAGCATTTCAGTAAAATTAGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

5808 bp · TkA07G077740|TK1151|CDS

ATGATGGAAGAAAATCCAAATCCTGCTGTTTTAGAAGGGAAGATTACGGGGATTAGCTTTTCATTGGCCACACAACAAGAAATTTGCTTGGCTTCAATTAGTGATTGCCCCATTAGCCATGCAAGCCAGCTTTCAAACCCCTTTCTTGGACTTCCTCTAGAAGTTGGGAAGTGTGAATCTTGTGGTACAGCTGAACCAGGCAAATGTGAAGGTCATTTCGGGTATATAGAGTTGCCAATTCCAATATATCATCCGTCTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1935 aa · TkA07G077740|TK1151|PROTEIN

MMEENPNPAVLEGKITGISFSLATQQEICLASISDCPISHASQLSNPFLGLPLEVGKCESCGTAEPGKCEGHFGYIELPIPIYHPSHLTELKRILSLICLKCLKFKNRRLQNKNSGMLERVLTVCCDEAACVTISEEKKEDGASYLQLKVPSKTCKDGLWDFLDRYGYRYGHGHKRPLLPSEVLVMLKKISESTKKKLAGRGCYFQEGYIMQHLPIPPNCLSTPDVSDGMNVMSSDISMTMLKKVLRQVEIIKSSRSGSP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G077740
TK1151 IDTkA07G077740
OH-1004 IDLXL04_027604
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G077740
位置Chr07:20235465-20245484 (+)
描述Similar to NRPE1: DNA-directed RNA polymerase V subunit 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g40030 DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。
Atypical RNA polymerase subunits required for RNA-directed DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/ng1580
Reinforcement of silencing at transposons and highly repeated sequences requires the concerted action of two distinct RNA polymerases IV in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1101/gad.348405
The Arabidopsis chromatin-modifying nuclear siRNA pathway involves a nucleolar RNA processing center.2006 · DOI: 10.1016/j.cell.2006.05.031
PolIVb influences RNA-directed DNA methylation independently of its role in siRNA biogenesis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0709632105
NRPD1a and NRPD1b are required to maintain post-transcriptional RNA silencing and RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03525.x
At1g63020 DNA依赖的RNA聚合酶，利用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化DNA转录为RNA（通过相似性）。
Reinforcement of silencing at transposons and highly repeated sequences requires the concerted action of two distinct RNA polymerases IV in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1101/gad.348405
DICER-LIKE 4 is required for RNA interference and produces the 21-nucleotide small interfering RNA component of the plant cell-to-cell silencing signal.2005 · DOI: 10.1038/ng1675
Endogenous siRNAs derived from a pair of natural cis-antisense transcripts regulate salt tolerance in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.cell.2005.11.035
An SNF2 protein associated with nuclear RNA silencing and the spread of a silencing signal between cells in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.051540
Intra- and intercellular RNA interference in Arabidopsis thaliana requires components of the microRNA and heterochromatic silencing pathways.2007 · DOI: 10.1038/ng2081
Nuclear gene silencing directs reception of long-distance mRNA silencing in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706701104
PolIVb influences RNA-directed DNA methylation independently of its role in siRNA biogenesis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0709632105
NRPD1a and NRPD1b are required to maintain post-transcriptional RNA silencing and RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03525.x
At4g35800 DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027604 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程
GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程
GO:0006370 7-methylguanosine mRNA capping 生物过程
GO:0019985 translesion synthesis 生物过程
GO:0030422 siRNA processing 生物过程
GO:0030643 intracellular phosphate ion homeostasis 生物过程
GO:0033120 positive regulation of RNA splicing 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ago:AGOS_ADR086C
ath:AT2G40030
bta:282312
hsa:5430
spo:2540292
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.668
排名 1 · TkA07G077740 · TK1151
细胞质0.290
排名 2 · TkA07G077740 · TK1151
细胞膜0.073
排名 3 · TkA07G077740 · TK1151
内质网0.055
排名 4 · TkA07G077740 · TK1151
线粒体0.048
排名 5 · TkA07G077740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04997RNA_pol_Rpb1_148-289 aa
PF04983RNA_pol_Rpb1_375-115 aa
PF19411Clink305-334 aa
PF00623RNA_pol_Rpb1_2324-477 aa
PF04983RNA_pol_Rpb1_3482-626 aa
PF03945Endotoxin_N582-652 aa
PF04998RNA_pol_Rpb1_5754-1173 aa
PF19411Clink879-913 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G077740PF04997RNA_pol_Rpb1_1482895.5e-1452.9
TkA07G077740PF04983RNA_pol_Rpb1_3751153e-0627.9
TkA07G077740PF19411Clink3053340.2512.1
TkA07G077740PF00623RNA_pol_Rpb1_23244771e-35124.2
TkA07G077740PF04983RNA_pol_Rpb1_34826263e-0627.9
TkA07G077740PF03945Endotoxin_N5826521.29.5
TkA07G077740PF04998RNA_pol_Rpb1_575411733.7e-1143.7
TkA07G077740PF19411Clink8799130.2512.1
TkA07G077740PF04997RNA_pol_Rpb1_18939985.5e-1452.9
TkA07G077740PF03945Endotoxin_N9129761.29.5
TkA07G077740PF03945Endotoxin_N114611771.29.5
TkA07G077740PF13634Nucleoporin_FG130413860.05315.1
TkA07G077740PF13634Nucleoporin_FG141214780.05315.1
TkA07G077740PF13634Nucleoporin_FG147615460.05315.1
TkA07G077740PF13634Nucleoporin_FG156416290.05315.1
TkA07G077740PF11523DUF3223173418086.4e-2794.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5D869拟南芥sp|Q5D869|NRPE1_ARATH DNA-directed RNA polymerase V subunit 151.800%Swiss-Prot高置信
Q9LQ02拟南芥sp|Q9LQ02|NRPD1_ARATH DNA-directed RNA polymerase IV subunit 126.500%Swiss-Prot低置信
P18616拟南芥sp|P18616|NRPB1_ARATH DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB124.000%Swiss-Prot低置信

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