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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G061060
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 16182716-16184266 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1518 bp · TkA07G061060|TK1151|cDNA

ATGATTAGGAAATTCAAAGCTTCACAATGGTCGTTCGGTATTTCTCGTACAATATTAAGCACAAAAGTCACACAATCCTCGAAATCTTTAACAGCTGCATACATCCCCATAACTTCTGCTGACCTCAAAAACCAAAGAACCAGTGATGCTCCGAACAAACTCGCTTACCCAGATGTTTATTCGTGCACCAAGATAATCCAGGGTCATCTGAGGAACAATCGGCTTAACGATGCCTTGAAGCTGTTCGATGAAATGCCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1518 bp · TkA07G061060|TK1151|CDS

ATGATTAGGAAATTCAAAGCTTCACAATGGTCGTTCGGTATTTCTCGTACAATATTAAGCACAAAAGTCACACAATCCTCGAAATCTTTAACAGCTGCATACATCCCCATAACTTCTGCTGACCTCAAAAACCAAAGAACCAGTGATGCTCCGAACAAACTCGCTTACCCAGATGTTTATTCGTGCACCAAGATAATCCAGGGTCATCTGAGGAACAATCGGCTTAACGATGCCTTGAAGCTGTTCGATGAAATGCCAGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

505 aa · TkA07G061060|TK1151|PROTEIN

MIRKFKASQWSFGISRTILSTKVTQSSKSLTAAYIPITSADLKNQRTSDAPNKLAYPDVYSCTKIIQGHLRNNRLNDALKLFDEMPVRDQVTWNSMIKGCFNCDNLELGFKLFDDMPEKNVISWTTMVNGLLTYGRIETAEKFFKDMPLKDEPAYNSMIYGYLTNGRVEDAVKLFYKMPNRSVISWTSMIKGLDLAGKSKDSLFFFKKMLLTSIQPTAFTFSSAITACTNEKDFHLGLKIHGHVVKLGYLSDTYITSPLI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G061060
TK1151 IDTkA07G061060
OH-1004 IDLXL04_027481
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.416 / OH-1004 87.889
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G061060
位置Chr07:16182716-16184266 (+)
描述Similar to PCMP-H49: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g46460, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g46460 含五肽重复的蛋白 At5g46460，线粒体。 暂无已核实直接文献
At2g37320 含五十二肽重复的蛋白At2g37320。 暂无已核实直接文献
At2g33680 含五肽重复序列的蛋白 At2g33680。 暂无已核实直接文献
At5g13230 假定的含五肽重复序列的蛋白 At5g13230，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g65570 含五基重复肽结构蛋白 At5g65570。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027481 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G13600
ath:AT4G02750
ath:AT5G46460
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.713
排名 1 · TkA07G061060 · TK1151
质体0.135
排名 2 · TkA07G061060 · TK1151
细胞核0.044
排名 3 · TkA07G061060 · TK1151
细胞质0.035
排名 4 · TkA07G061060 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA07G061060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12921ATP1347-85 aa
PF13041PPR_257-87 aa
PF12854PPR_157-85 aa
PF13812PPR_357-85 aa
PF01535PPR61-86 aa
PF23276TPR_2464-85 aa
PF14559TPR_1969-90 aa
PF17177PPR_long73-116 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G061060PF12921ATP1347850.3911.3
TkA07G061060PF13041PPR_257879.2e-60199.3
TkA07G061060PF12854PPR_157855.2e-35119.6
TkA07G061060PF13812PPR_357853.4e-1866.2
TkA07G061060PF01535PPR61869.5e-59192.4
TkA07G061060PF23276TPR_2464853e-0524.6
TkA07G061060PF14559TPR_1969900.01316.5
TkA07G061060PF17177PPR_long731167.7e-0626.1
TkA07G061060PF29070MSC6_N741451.4e-0628.4
TkA07G061060PF22330Rib_mS39_PPR761000.0003221.2
TkA07G061060PF13041PPR_2891219.2e-60199.3
TkA07G061060PF12854PPR_1891165.2e-35119.6
TkA07G061060PF13812PPR_3891213.4e-1866.2
TkA07G061060PF01535PPR911219.5e-59192.4
TkA07G061060PF22330Rib_mS39_PPR1101350.0003221.2
TkA07G061060PF13041PPR_21191489.2e-60199.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FHF9拟南芥sp|Q9FHF9|PP419_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g46460, mitochondrial53.800%Swiss-Prot中等置信
Q9ZUT4拟南芥sp|Q9ZUT4|PP192_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3732037.500%Swiss-Prot中等置信
P93005拟南芥sp|P93005|PP181_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3368035.100%Swiss-Prot中等置信
Q9LYV3拟南芥sp|Q9LYV3|PP377_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g13230, mitochondrial36.100%Swiss-Prot中等置信
Q9LSL8拟南芥sp|Q9LSL8|PP446_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g6557035.800%Swiss-Prot中等置信

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