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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G029610
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 7916402-7920316 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2529 bp · TkA07G029610|TK1151|cDNA

AAAAAACGTAAAGGGTAAATTCGGAATTAACAACATAATAATAATCCCAAATTTTAGCGCACCTACCCCTCTCATTCTCACGTTGGCTTTCGTCGTCTCCGAGAAACAACACCACCACGGCACCCTGAAATTTAGATCTAGGAGCGATCATCGCCGCCTAGAATTGATCATTGCACGGCTTTCATCGCATCCACGATCTGAACTTCAAATTCGGCTCCACGATCGGTTTTATAGGTTTTTCCCAAGTTGAATAACCCTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1734 bp · TkA07G029610|TK1151|CDS

ATGAAACTACCATTGTATCCTATGGGTGTAAGCTATCTCTCAATATCAGCAGCCTGTACAGTATTGAGCTTTATAGCCCTCCAATACTGTACAGATATTTCCTATGTAAAAATAATGCAAGATGGTTTCATGGGTGAAAATCTTCTCGACCCTGGTGTTGCCAACCGTGTACTCCATCTGTTGATCAGTTCCTACACCACAATTGCATTTGTTGCCAGTTTTGCCCTCAACATTTTTATGCTCATCCTCCTCTCTCTCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

577 aa · TkA07G029610|TK1151|PROTEIN

MKLPLYPMGVSYLSISAACTVLSFIALQYCTDISYVKIMQDGFMGENLLDPGVANRVLHLLISSYTTIAFVASFALNIFMLILLSLKTIFFVEIHSTESHKLVERLVNYVIYKGTFLPLVVPPTLVRAGLWSTWLTVLCSLKMFQALARDRLERLNASPSATPWAYFRVYSALLLVFIVDAVWIRVCVAIYQTLPSSMFLLLFFEPLSIAFETLQAILVHGFQLVDIWVHNSVGNTTNSKISKLLDMSAAGSLWEWKSVI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G029610
TK1151 IDTkA07G029610
OH-1004 IDLXL04_027065
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G029610
位置Chr07:7916402-7920316 (+)
描述Similar to RIN2: E3 ubiquitin protein ligase RIN2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g25230 E3 泛素蛋白连接酶，作为 RPM1 和 RPS2 依赖的超敏反应（HR）的正调控因子，与 RIN3 相关联。
A duplicated pair of Arabidopsis RING-finger E3 ligases contribute to the RPM1- and RPS2-mediated hypersensitive response.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02525.x
At5g51450 E3泛素蛋白连接酶，作为RPM1和RPS2依赖的超敏反应（HR）正调控因子，与RIN2相关联。
A duplicated pair of Arabidopsis RING-finger E3 ligases contribute to the RPM1- and RPS2-mediated hypersensitive response.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02525.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027065 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0034052 positive regulation of plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0036503 ERAD pathway 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:1904276 regulation of wax biosynthetic process 生物过程
GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G65040
ath:AT3G16090
ath:AT4G25230
ath:AT5G51450
dosa:Os06g0301000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.524
排名 1 · TkA07G029610 · TK1151
高尔基体0.276
排名 2 · TkA07G029610 · TK1151
细胞核0.145
排名 3 · TkA07G029610 · TK1151
细胞质0.115
排名 4 · TkA07G029610 · TK1151
细胞膜0.069
排名 5 · TkA07G029610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12630Pox_polyA_pol_N57-109 aa
PF25563TPR_SYVN1_N61-310 aa
PF13771zf-HC5HC2H339-370 aa
PF02945Endonuclease_7339-374 aa
PF12678zf-rbx1340-387 aa
PF12861zf-ANAPC11340-390 aa
PF13920zf-C3HC4_3342-389 aa
PF13639zf-RING_2343-387 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G029610PF12630Pox_polyA_pol_N571090.01416.5
TkA07G029610PF25563TPR_SYVN1_N613104.5e-1763.1
TkA07G029610PF13771zf-HC5HC2H3393700.3611.8
TkA07G029610PF02945Endonuclease_73393741.010.1
TkA07G029610PF12678zf-rbx13403871.1e-0732.7
TkA07G029610PF12861zf-ANAPC113403901.7e-0525.5
TkA07G029610PF13920zf-C3HC4_33423890.000221.8
TkA07G029610PF13639zf-RING_23433873.1e-0937.7
TkA07G029610PF17120zf-RING_163433850.001818.6
TkA07G029610PF29452FAR1_N3433870.006717.1
TkA07G029610PF13923zf-C3HC4_23443866.9e-0523.3
TkA07G029610PF17123zf-RING_113443690.0002821.2
TkA07G029610PF14634zf-RING_53443880.0006620.3
TkA07G029610PF25998U-box_ZFPL13443900.02715.6
TkA07G029610PF21202SLX1_C3443880.9510.5
TkA07G029610PF00097zf-C3HC43453861.5e-0731.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VYC8拟南芥sp|Q8VYC8|RIN2_ARATH E3 ubiquitin protein ligase RIN256.600%Swiss-Prot高置信
Q8W4Q5拟南芥sp|Q8W4Q5|RIN3_ARATH E3 ubiquitin protein ligase RIN355.700%Swiss-Prot高置信

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