TkA06G441000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G441000

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 108958181-108965783 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1512 bp · TkA06G441000|TK1151|cDNA

ATCTTGTTTTGCGAGAATCAGGTACCAAAAAAATGGATTCATTCACGGTGCAGATGAACCCAAATGTTTCGATATACATGTGTAATCTCACACACACGAAACGTTTCATACTTGATCTCTTTCTTCCACTTTGCGCGCGAACAGAAGAAGATGAAGAACACGCGATTCACTGGACGCAAAGTGTCACCCAAATGGATACTCATTTTCAGCATCTTCAGCTTCGCCTTTGGCATGTTCTTCACCAACAGGGTGCTTGCTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1254 bp · TkA06G441000|TK1151|CDS

ATGTTTCGATATACATGTGTAATCTCACACACACGAAACGTTTCATACTTGATCTCTTTCTTCCACTTTGCGCGCGAACAGAAGAAGATGAAGAACACGCGATTCACTGGACGCAAAGTGTCACCCAAATGGATACTCATTTTCAGCATCTTCAGCTTCGCCTTTGGCATGTTCTTCACCAACAGGGTGCTTGCTCCGCTTGATTCCGATGGAAGGGTTATGCGGCGGCGAGAACAAGAAATCAAAATTGTTTCCGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

417 aa · TkA06G441000|TK1151|PROTEIN

MFRYTCVISHTRNVSYLISFFHFAREQKKMKNTRFTGRKVSPKWILIFSIFSFAFGMFFTNRVLAPLDSDGRVMRRREQEIKIVSDNCITNKDTDLLGAIHKSDEAIRSLGNSLSKLRMELPIAERSPEKVNHESLQANNTVSEKDSRRKKAFVVIGINTAFSSRRRRDSVRETWMPRGEKLIQLEKENGIVVRFMIGHSATSKSILDRAIDSEESQHKDFLRLKHVEGYHELTAKTRTFFATAFAKWDAKFYVKVDDDV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G441000`
TK1151 ID	TkA06G441000
OH-1004 ID	LXL04_022845
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.801 / OH-1004 99.758 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G441000

位置 Chr06:108958181-108965783 (-)

描述 Similar to B3GALT7: Beta-1,3-galactosyltransferase 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77810`	Beta-1,3-半乳糖基转移酶，可将半乳糖从 UDP-半乳糖转移至具有末端糖基残基的底物。	Identification of a novel group of putative Arabidopsis thaliana beta-(1,3)-galactosyltransferases.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9351-3
`At1g33430`	β-1,3-半乳糖基转移酶，将半乳糖从 UDP-半乳糖转移到具有末端糖基残基的底物上。	暂无已核实直接文献
`At1g05170`	β-1,3-半乳糖基转移酶，将半乳糖从 UDP-半乳糖转移到具有末端糖基残基的底物上。	暂无已核实直接文献
`At1g22015`	β-1,3-半乳糖基转移酶，将半乳糖从 UDP-半乳糖转移到具有末端糖基残基的底物上。	暂无已核实直接文献
`At1g32930`	参与阿拉伯半乳糖蛋白中β-1,6-连结半乳聚糖侧链延长的β-半乳糖基转移酶。	A galactosyltransferase acting on arabinogalactan protein glycans is essential for embryo development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12281 Galactosyltransferases from Arabidopsis thaliana in the biosynthesis of type II arabinogalactan: molecular interaction enhances enzyme activity.2014 · DOI: 10.1186/1471-2229-14-90

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022845 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0010407 non-classical arabinogalactan protein metabolic process 生物过程

GO:0010584 pollen exine formation 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0008378 galactosyltransferase activity 分子功能

GO:0048531 beta-1,3-galactosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05170

ath:AT1G22015

ath:AT1G32930

ath:AT1G33430

ath:AT1G77810

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.804

排名 1 · TkA06G441000 · TK1151

内质网0.085

排名 2 · TkA06G441000 · TK1151

细胞膜0.074

排名 3 · TkA06G441000 · TK1151

细胞质0.062

排名 4 · TkA06G441000 · TK1151

细胞外0.056

排名 5 · TkA06G441000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30244HI_10372-32 aa

PF13334DUF409441-124 aa

PF15770DUF4699129-175 aa

PF30355zf_C2H2-Disco155-170 aa

PF01762Galactosyl_T166-363 aa

PF02434Fringe231-329 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G441000	`PF30244`	HI_1037	2	32	0.28	12.3
TkA06G441000	`PF13334`	DUF4094	41	124	1.2e-16	61.6
TkA06G441000	`PF15770`	DUF4699	129	175	0.24	11.4
TkA06G441000	`PF30355`	zf_C2H2-Disco	155	170	0.044	14.6
TkA06G441000	`PF01762`	Galactosyl_T	166	363	8.5e-49	166.7
TkA06G441000	`PF02434`	Fringe	231	329	3.1e-05	24.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NQB7`	拟南芥	sp\|Q6NQB7\|B3GT7_ARATH Beta-1,3-galactosyltransferase 7	64.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C809`	拟南芥	sp\|Q9C809\|B3GT8_ARATH Probable beta-1,3-galactosyltransferase 8	59.400%	Swiss-Prot	高置信
`A8MRC7`	拟南芥	sp\|A8MRC7\|B3GT2_ARATH Probable beta-1,3-galactosyltransferase 2	57.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LM60`	拟南芥	sp\|Q9LM60\|B3GT5_ARATH Probable beta-1,3-galactosyltransferase 5	58.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9MAP8`	拟南芥	sp\|Q9MAP8\|B3GT6_ARATH Beta-1,6-galactosyltransferase GALT31A	58.500%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情