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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G366570
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 90772245-90774640 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1180 bp · TkA06G366570|TK1151|cDNA

CATCCGCGCAGTCTCGCAATTACCGAACAAGCTCGACACATCTGCGATTCATCTCCATCTGCTCGACATCTGCGACTCATCAGAGCAATTACTTCGATCTCCATCTGCTCGACATCTGCCGTCTGTATCCATCTTCAAAGCGCCATTAATGCCTTCGACCTACCTCTGAAGCGAACCCCATCCACCCGCCTCCATCTCCTATCCCTCAAATCGATTCTCTCTGAAATCGGCATCTACCGGCTTTAACTCCATCTCCTCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

837 bp · TkA06G366570|TK1151|CDS

ATGAACATCGGTTCTTCCTCACTGAGAATCCAGTCTTTACAGACGGCTTTATACCCCGTCGGAATTGATAAAATTCAATTGAGATATGCAACAACAATAACCTGTGGGTTGAGAAAATCCTCGAGGACGAGAAGGCATACCGATGGGGTTTTGTCAACCGAAGCGATACAGGCAGTTCAGTCTCTCAAATTAGCTGCCAGAAACCCATCAAAACTCGACCAAGTATTCGATTCCAAGCTCACTCGTCTCTTGAAAGATGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

278 aa · TkA06G366570|TK1151|PROTEIN

MNIGSSSLRIQSLQTALYPVGIDKIQLRYATTITCGLRKSSRTRRHTDGVLSTEAIQAVQSLKLAARNPSKLDQVFDSKLTRLLKDDLLDAFLELQRQQHLDIALKVFEFMRKEAWYEPDQSHYGDLMLMFGKKKLIIKVENIFCKLIKEGLKPDTRVYTELIGAYLKVDMIDKAMEAYKLMKSSGCVPDELTLTIMIRNFESVGRDDLAEIIKSDCAQYLDSPNKFLKQVARKYAKWKEKYNKGAYIWESLIYVTFSVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G366570
TK1151 IDTkA06G366570
OH-1004 IDLXL04_009730
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)36.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 61.151 / OH-1004 66.926
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G366570
位置Chr06:90772245-90774640 (+)
描述Similar to THA8: Protein THYLAKOID ASSEMBLY 8, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g46870 弱结合特定单链 RNA (ssRNA)。
Structure of a PLS-class pentatricopeptide repeat protein provides insights into mechanism of RNA recognition.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.496828
At3g53170 含五肽重复结构的蛋白 At3g53170。 暂无已核实直接文献
At3g06430 含五次肽重复序列的蛋白At3g06430，叶绿体定位。 暂无已核实直接文献
At3g27750 胚胎发生过程中必需的蛋白质。
A short PPR protein required for the splicing of specific group II introns in angiosperm chloroplasts.2012 · DOI: 10.1261/rna.032623.112
Structure of a PLS-class pentatricopeptide repeat protein provides insights into mechanism of RNA recognition.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.496828

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009730 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003727 single-stranded RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G62350
ath:AT1G74750
ath:AT2G35130
ath:AT3G27750
ath:AT3G46870
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.891
排名 1 · TkA06G366570 · TK1151
线粒体0.101
排名 2 · TkA06G366570 · TK1151
细胞核0.035
排名 3 · TkA06G366570 · TK1151
细胞质0.022
排名 4 · TkA06G366570 · TK1151
细胞膜0.011
排名 5 · TkA06G366570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276TPR_2487-181 aa
PF29070MSC6_N88-179 aa
PF07875Coat_F92-119 aa
PF13812PPR_396-133 aa
PF13041PPR_297-115 aa
PF17177PPR_long98-208 aa
PF12854PPR_1100-112 aa
PF01535PPR101-113 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G366570PF23276TPR_24871814.7e-0627.3
TkA06G366570PF29070MSC6_N881794.7e-0523.4
TkA06G366570PF07875Coat_F921190.07414.0
TkA06G366570PF13812PPR_3961332.6e-0628.1
TkA06G366570PF13041PPR_2971155.6e-1452.7
TkA06G366570PF17177PPR_long982088.5e-0626.0
TkA06G366570PF12854PPR_11001121e-0525.9
TkA06G366570PF01535PPR1011138.6e-0729.5
TkA06G366570PF13041PPR_21201635.6e-1452.7
TkA06G366570PF01535PPR1241528.6e-0729.5
TkA06G366570PF13812PPR_31431942.6e-0628.1
TkA06G366570PF23276TPR_241481974.7e-0627.3
TkA06G366570PF12854PPR_11511831e-0525.9
TkA06G366570PF13041PPR_21542005.6e-1452.7
TkA06G366570PF01535PPR1581878.6e-0729.5
TkA06G366570PF07875Coat_F1701880.07414.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9STF9拟南芥sp|Q9STF9|THA8L_ARATH Protein THYLAKOID ASSEMBLY 8-like, chloroplastic33.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SCP4拟南芥sp|Q9SCP4|PP279_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g5317031.700%Swiss-Prot中等置信
Q9SQU6拟南芥sp|Q9SQU6|PP216_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic29.300%Swiss-Prot低置信
Q9LVW6拟南芥sp|Q9LVW6|THA8_ARATH Protein THYLAKOID ASSEMBLY 8, chloroplastic29.300%Swiss-Prot低置信

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