TkA06G182370 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G182370

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 47636676-47638240 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

666 bp · TkA06G182370|TK1151|cDNA

ATGCAGGCTAAAAGACACTTTACAGAAGCTCTTGTTGATGGCAATGTGCTCTTTAAACTTGGAGATGATGGCTATGTTCAGCTGAAGAAGAGGGCGAGGACAGCTACATACTTGGTGCCTTATTCAACCTACCAAAACTTGCCACGTGGATGTGGGGCCATGTCTACAGGACTATGCTTGGGTGCTAATATGGCCAATGTTAATCTTGTCACGGTGAGGAATGAATCAGCAGAAGATTTCTTGCAATTGCTAAAGGAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

666 bp · TkA06G182370|TK1151|CDS

ATGCAGGCTAAAAGACACTTTACAGAAGCTCTTGTTGATGGCAATGTGCTCTTTAAACTTGGAGATGATGGCTATGTTCAGCTGAAGAAGAGGGCGAGGACAGCTACATACTTGGTGCCTTATTCAACCTACCAAAACTTGCCACGTGGATGTGGGGCCATGTCTACAGGACTATGCTTGGGTGCTAATATGGCCAATGTTAATCTTGTCACGGTGAGGAATGAATCAGCAGAAGATTTCTTGCAATTGCTAAAGGAATG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

221 aa · TkA06G182370|TK1151|PROTEIN

MQAKRHFTEALVDGNVLFKLGDDGYVQLKKRARTATYLVPYSTYQNLPRGCGAMSTGLCLGANMANVNLVTVRNESAEDFLQLLKEWEKLCQSYSLIGGGDSQPKEEPATIEEDEEVRWKGYGPEEDTWEPLEGLSDCYDKIKEFVIQLCFAMTINKAQGQTIQNVGIYLPEPVFPHGQLYVALSRGISRGNTKVLVKPNDRSNGDDVYTSNVIYKEVLFD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G182370`
TK1151 ID	TkA06G182370
OH-1004 ID	LXL04_024061
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	69.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G182370

位置 Chr06:47636676-47638240 (+)

描述 Similar to CMT3: DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q5KQL9`	参与CpXpG DNA甲基化。	暂无已核实直接文献
`Os10g0104900`	参与CpXpG DNA甲基化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024061 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010069 zygote asymmetric cytokinesis in embryo sac 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0044027 negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0141010 transposable element silencing by siRNA-mediated DNA methylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

GO:0003886 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity 分子功能

GO:0031625 ubiquitin protein ligase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69770

dosa:Os03g0226800

dosa:Os05g0224800

dosa:Os05g0224900

dosa:Os10g0104900

osa:4338140

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.418

排名 1 · TkA06G182370 · TK1151

细胞核0.259

排名 2 · TkA06G182370 · TK1151

细胞外0.121

排名 3 · TkA06G182370 · TK1151

线粒体0.116

排名 4 · TkA06G182370 · TK1151

过氧化物酶体0.077

排名 5 · TkA06G182370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00385Chromo116-145 aa

PF02689Herpes_Helicase147-214 aa

PF13538UvrD_C_2150-186 aa

PF01443Viral_helicase1150-186 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G182370	`PF00385`	Chromo	116	145	4.1e-09	36.9
TkA06G182370	`PF02689`	Herpes_Helicase	147	214	0.00048	19.0
TkA06G182370	`PF13538`	UvrD_C_2	150	186	0.005	17.4
TkA06G182370	`PF01443`	Viral_helicase1	150	186	0.3	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5KQL9`	水稻	sp\|Q5KQL9\|CMT2_ORYSJ DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT2	37.000%	Swiss-Prot	低置信
`C0SQ89`	水稻	sp\|C0SQ89\|CMT3_ORYSJ DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3	38.500%	Swiss-Prot	低置信

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