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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G177350
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 46474893-46475942 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1050 bp · TkA06G177350|TK1151|cDNA

ATGGCAATGTCCGCCCTGATACGGCCACCACATTTCATTGCGCTTGAACATGACACTCTCAAACTCCTAAAATACTTAGCGGGAACTAGAAACCTTGAGCTCGGTAAAGTAATTCACGCCCGTTTGATTGTCTCTGATCAATCCTCTGAATATAATACACTCGAGACCAACGCGCTGATCGACCTTTACTCCAAATGTGCGGCACTGGGATCTGCACGCCAAGTGTTCGATAAAATGACCAAACGAGATGTAGTTTCCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1050 bp · TkA06G177350|TK1151|CDS

ATGGCAATGTCCGCCCTGATACGGCCACCACATTTCATTGCGCTTGAACATGACACTCTCAAACTCCTAAAATACTTAGCGGGAACTAGAAACCTTGAGCTCGGTAAAGTAATTCACGCCCGTTTGATTGTCTCTGATCAATCCTCTGAATATAATACACTCGAGACCAACGCGCTGATCGACCTTTACTCCAAATGTGCGGCACTGGGATCTGCACGCCAAGTGTTCGATAAAATGACCAAACGAGATGTAGTTTCCTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

349 aa · TkA06G177350|TK1151|PROTEIN

MAMSALIRPPHFIALEHDTLKLLKYLAGTRNLELGKVIHARLIVSDQSSEYNTLETNALIDLYSKCAALGSARQVFDKMTKRDVVSWSSLMAGLFQNGFSFEVLKSFNSMVSENDEFCQPNEYIFTLVLSSCSTLRYIQLGRQCHGYVLKSGLIFYEYVKNALVRLYSMMPDVVGAMEVLVSVPGYNTCTYNLILNGLIEHNYLHEASDIVKKMLTEQIMWDKSTYITIFTLCARLQDPYLGQQVHNKLLKSDIEFDVYV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G177350
TK1151 IDTkA06G177350
OH-1004 IDLXL04_024107
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.994 / OH-1004 49.138
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G177350
位置Chr06:46474893-46475942 (+)
描述Similar to EMB2744: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39680
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At2g03380 含五肽重复序列的蛋白 At2g03380，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At3g14330 含五肽重复序列的蛋白质 At3g14330。 暂无已核实直接文献
At3g22150 含五肽重复蛋白的蛋白 At3g22150，存在于叶绿体中。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024107 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G27610
ath:AT4G30700
ath:AT5G39680
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.648
排名 1 · TkA06G177350 · TK1151
质体0.203
排名 2 · TkA06G177350 · TK1151
细胞核0.040
排名 3 · TkA06G177350 · TK1151
细胞质0.032
排名 4 · TkA06G177350 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA06G177350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09098Dehyd-heme_bind18-92 aa
PF17049AEP137-85 aa
PF17867AAA_lid_743-108 aa
PF23276TPR_2444-85 aa
PF13812PPR_350-82 aa
PF13762MNE152-83 aa
PF13041PPR_257-84 aa
PF01535PPR57-83 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G177350PF09098Dehyd-heme_bind18920.1612.3
TkA06G177350PF17049AEP137850.03913.8
TkA06G177350PF17867AAA_lid_7431080.06114.3
TkA06G177350PF23276TPR_2444858.6e-0936.1
TkA06G177350PF13812PPR_350822.5e-1350.6
TkA06G177350PF13762MNE152830.1912.4
TkA06G177350PF13041PPR_257849.6e-34116.0
TkA06G177350PF01535PPR57831.7e-2691.3
TkA06G177350PF12854PPR_157803.8e-1556.0
TkA06G177350PF00637Clathrin57790.01515.8
TkA06G177350PF17177PPR_long60816.5e-0626.4
TkA06G177350PF13041PPR_2821329.6e-34116.0
TkA06G177350PF12854PPR_182983.8e-1556.0
TkA06G177350PF13812PPR_3831322.5e-1350.6
TkA06G177350PF17177PPR_long84846.5e-0626.4
TkA06G177350PF01535PPR851141.7e-2691.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic29.700%Swiss-Prot低置信
Q9ZQ74拟南芥sp|Q9ZQ74|PP146_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03380, mitochondrial29.700%Swiss-Prot低置信
Q9SVP7拟南芥sp|Q9SVP7|PP307_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365030.300%Swiss-Prot中等置信
Q9LUL5拟南芥sp|Q9LUL5|PP229_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1433029.200%Swiss-Prot低置信
Q9LIE7拟南芥sp|Q9LIE7|PP246_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22150, chloroplastic29.100%Swiss-Prot低置信

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