TkA06G075210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G075210

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 20165346-20170477 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

680 bp · TkA06G075210|TK1151|cDNA

TCTAAATTTGGAGGGGTAAAGTGTAAATAATGAGAAGTTGATCAAATCTTAACCGAAACCAGCTCCACCACCACCTGCAACACAAATCCACTATCCCTCATTCCCTCCCCTCCCTCTCTCTCATCCCCCGCTCTGAAAATGGCGACGGTTCCTCTTGGGACGCATTTCTACCATTGTTGTCCCTCTGAAAGCCCTAAATTCCGTATAATTTCCAGAAAATATAAACGATCTTCTTTGCATGACAGTAGAAAAGGGAGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2694 bp · TkA06G075210|TK1151|CDS

ATGGCGACGGTTCCTCTTGGGACGCATTTCTACCATTGTTGTCCCTCTGAAAGCCCTAAATTCCGTATAATTTCCAGAAAATATAAACGATCTTCTTTGCATGACAGTAGAAAAGGGAGTTTTATGGTAAAAAATGGCGCCAAAAGCTGCAAGTTCGGACAATCTTTTGATTGTAGGATTCTGTCCACCACCGTCAGAGCTTCTTCTAGTACCTCCATCTCGGACGCAGCTCTCCTTGACGCAGCCGTGTCCGATGACGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

897 aa · TkA06G075210|TK1151|PROTEIN

MATVPLGTHFYHCCPSESPKFRIISRKYKRSSLHDSRKGSFMVKNGAKSCKFGQSFDCRILSTTVRASSSTSISDAALLDAAVSDDVIYRETFPLQRIEKVEGKISIRLDSGKDEENWQLTIGCNLPGKWVLHWGVNYENDPDSEWDQPPVDMIPQDSITIKDYAIQTPFTKSSTDSIYEVKIDFNTKSSIAAINFVLKDEETGSWYQYRGRDFKVPLVDFSLDYNNAVATKQGFAIWPGTSGQLSGTLVKSEDSLSENE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G075210`
TK1151 ID	TkA06G075210
OH-1004 ID	LXL04_025209
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G075210

位置 Chr06:20165346-20170477 (+)

描述 Similar to AMY3: Alpha-amylase 3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g69830`	在体外具有内淀粉分解活性，但似乎不需要分解叶子中的瞬时淀粉。	alpha-Amylase is not required for breakdown of transitory starch in Arabidopsis leaves.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m413638200 Starch granule biosynthesis in Arabidopsis is abolished by removal of all debranching enzymes but restored by the subsequent removal of an endoamylase.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.063487 Arabidopsis thaliana AMY3 is a unique redox-regulated chloroplastic α-amylase.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.514794 Regulation of Leaf Starch Degradation by Abscisic Acid Is Important for Osmotic Stress Tolerance in Plants.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00143
`At1g76130`	可能的 α-淀粉酶似乎不需要分解叶子中的暂时淀粉。	alpha-Amylase is not required for breakdown of transitory starch in Arabidopsis leaves.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m413638200

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0473600`	对于萌发过程中胚乳淀粉的分解很重要。	暂无已核实直接文献
`Os09g0457600`	对于萌发过程中胚乳淀粉的分解很重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025209 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0005983 starch catabolic process 生物过程

GO:0005987 sucrose catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0004556 alpha-amylase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69830

ath:AT1G76130

dosa:Os09g0457500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.966

排名 1 · TkA06G075210 · TK1151

线粒体0.038

排名 2 · TkA06G075210 · TK1151

细胞质0.036

排名 3 · TkA06G075210 · TK1151

过氧化物酶体0.026

排名 4 · TkA06G075210 · TK1151

细胞核0.024

排名 5 · TkA06G075210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07821Alpha-amyl_C24-23 aa

PF23166Ig_N_CWD1100-218 aa

PF23166Ig_N_CWD1282-401 aa

PF00128Alpha-amylase388-419 aa

PF04055Radical_SAM450-591 aa

PF00128Alpha-amylase527-602 aa

PF13893RRM_5557-611 aa

PF00128Alpha-amylase642-679 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G075210	`PF07821`	Alpha-amyl_C2	4	23	5.4e-23	81.8
TkA06G075210	`PF23166`	Ig_N_CWD1	100	218	2.1e-66	222.3
TkA06G075210	`PF23166`	Ig_N_CWD1	282	401	2.1e-66	222.3
TkA06G075210	`PF00128`	Alpha-amylase	388	419	1e-17	65.2
TkA06G075210	`PF04055`	Radical_SAM	450	591	0.036	15.0
TkA06G075210	`PF00128`	Alpha-amylase	527	602	1e-17	65.2
TkA06G075210	`PF13893`	RRM_5	557	611	0.0035	17.7
TkA06G075210	`PF00128`	Alpha-amylase	642	679	1e-17	65.2
TkA06G075210	`PF07821`	Alpha-amyl_C2	838	895	5.4e-23	81.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94A41`	拟南芥	sp\|Q94A41\|AMY3_ARATH Alpha-amylase 3, chloroplastic	66.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LFG1`	拟南芥	sp\|Q8LFG1\|AMY2_ARATH Probable alpha-amylase 2	51.100%	Swiss-Prot	中等置信
`P27934`	水稻	sp\|P27934\|AMY3E_ORYSJ Alpha-amylase isozyme 3E	49.000%	Swiss-Prot	中等置信
`P27937`	水稻	sp\|P27937\|AMY3B_ORYSJ Alpha-amylase isozyme 3B	48.500%	Swiss-Prot	中等置信

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