TkA06G054490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G054490

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 14735480-14742029 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3318 bp · TkA06G054490|TK1151|cDNA

AAGTTTTCTAATGTCAGTCCTATGCTCTTGGCGACTTCTTCCCACGGGGCCACGAACTCCTCCCTTCACCTTGCCGGAGGACGAGCGAAGATCGGTATAAATCGGCGATCTTCATTTGATCTAGTGTTTTCCTTTTCATCTCCTGTTTTGGATACCAGAGAAGATGGAATTAAGACAGGTATTTACTGTAGATCTTCTTGAGAGATATGCAGCAAAAGGTCATGGAGTTATTACTTGTATGGCATCTGGAAACGATGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2952 bp · TkA06G054490|TK1151|CDS

ATGGAATTAAGACAGGTATTTACTGTAGATCTTCTTGAGAGATATGCAGCAAAAGGTCATGGAGTTATTACTTGTATGGCATCTGGAAACGATGTCATTGTTCTAGGAACCAGTACCGGATGGCTAATCAGGCATGACTTTGGTGTTGGTGATTCCTTTGATATTGATCTGTCCACGGGTAGACCTGGGGACCAATCCGTCCACAGAGTTTTTGTTGATCCAGGTGGCAGTCATTGTATCGCCACAGTTGTAGGCAGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

983 aa · TkA06G054490|TK1151|PROTEIN

MELRQVFTVDLLERYAAKGHGVITCMASGNDVIVLGTSTGWLIRHDFGVGDSFDIDLSTGRPGDQSVHRVFVDPGGSHCIATVVGSGGSDTYYMHARWTKPRVLVKLRGLVVNTVAWNRQQITEASTREVILGTENGQLHEIAVDEKDKREKYVKFLFELEFAQAFEGLQMETASSNNGTRYYIMAVTRTRLYSFTGIGLLETIFASYVERAVHFMELPGEIPNSELHFFIKQRRAVHFAWLSGAGIYHGGLNFGAQNRS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G054490`
TK1151 ID	TkA06G054490
OH-1004 ID	LXL04_037841
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	38.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 33.876 / OH-1004 81.026 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G054490

位置 Chr06:14735480-14742029 (-)

描述 Similar to VPS18: Vacuolar sorting protein 18

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12470`	胚胎发生过程中必需的蛋白质。	Distinct sets of tethering complexes, SNARE complexes, and Rab GTPases mediate membrane fusion at the vacuole in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1073/pnas.1717839115

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037841 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006904 vesicle docking involved in exocytosis 生物过程

GO:0007032 endosome organization 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0010015 root morphogenesis 生物过程

GO:0048284 organelle fusion 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0030897 HOPS complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12470

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.529

排名 1 · TkA06G054490 · TK1151

高尔基体0.246

排名 2 · TkA06G054490 · TK1151

细胞核0.244

排名 3 · TkA06G054490 · TK1151

溶酶体／液泡0.243

排名 4 · TkA06G054490 · TK1151

细胞膜0.128

排名 5 · TkA06G054490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05131Pep3_Vps1817-358 aa

PF28736VPS18_solenoid_1st373-532 aa

PF19964EAD11487-510 aa

PF00637Clathrin496-554 aa

PF28737VPS18_solenoid_2nd535-738 aa

PF19964EAD11538-576 aa

PF19964EAD11607-639 aa

PF00637Clathrin608-740 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G054490	`PF05131`	Pep3_Vps18	17	358	1.6e-82	278.1
TkA06G054490	`PF28736`	VPS18_solenoid_1st	373	532	1.2e-35	123.8
TkA06G054490	`PF19964`	EAD11	487	510	0.027	15.1
TkA06G054490	`PF00637`	Clathrin	496	554	1.2e-07	32.2
TkA06G054490	`PF28737`	VPS18_solenoid_2nd	535	738	5.3e-62	209.9
TkA06G054490	`PF19964`	EAD11	538	576	0.027	15.1
TkA06G054490	`PF19964`	EAD11	607	639	0.027	15.1
TkA06G054490	`PF00637`	Clathrin	608	740	1.2e-07	32.2
TkA06G054490	`PF18570`	Nup54_57_C	789	805	0.19	12.1
TkA06G054490	`PF19964`	EAD11	796	834	0.027	15.1
TkA06G054490	`PF14634`	zf-RING_5	829	838	0.31	11.8
TkA06G054490	`PF12861`	zf-ANAPC11	830	887	1.8	9.4
TkA06G054490	`PF12678`	zf-rbx1	832	879	0.016	16.2
TkA06G054490	`PF13639`	zf-RING_2	832	837	0.1	13.6
TkA06G054490	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	832	840	3.8	8.4
TkA06G054490	`PF23555`	zf-RING_Vps41	833	887	0.00032	21.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IDS7`	拟南芥	sp\|F4IDS7\|VPS18_ARATH Vacuolar sorting protein 18	78.200%	Swiss-Prot	高置信

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