RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G049910
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 13591238-13592851 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1374 bp · TkA06G049910|TK1151|cDNA

ATGTTGAATGCTGCATTGTTATATAAAAATGGGAATCTGATCACCTTGCTTGAAAACTGCAAATCATTGTCCCAATTCAAACAAATGCATTCCATTATGATCACATTGGGGCTTCCACTTACCCAAGAAGACGCATTCGTATCAAGCTTTCTCTCTTTCGCAGCCACTCACTCCAAGAACATGGATTACGCTTACGCTATTTTTCTTCAACTTCCAAACCCGACCATCTTCAACTGGAACACCATCATCAGGGGTTACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1374 bp · TkA06G049910|TK1151|CDS

ATGTTGAATGCTGCATTGTTATATAAAAATGGGAATCTGATCACCTTGCTTGAAAACTGCAAATCATTGTCCCAATTCAAACAAATGCATTCCATTATGATCACATTGGGGCTTCCACTTACCCAAGAAGACGCATTCGTATCAAGCTTTCTCTCTTTCGCAGCCACTCACTCCAAGAACATGGATTACGCTTACGCTATTTTTCTTCAACTTCCAAACCCGACCATCTTCAACTGGAACACCATCATCAGGGGTTACTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

457 aa · TkA06G049910|TK1151|PROTEIN

MLNAALLYKNGNLITLLENCKSLSQFKQMHSIMITLGLPLTQEDAFVSSFLSFAATHSKNMDYAYAIFLQLPNPTIFNWNTIIRGYSKSKNPNKSISVFVDMLRMGLTPDHLTYPFLAKAASHLQEARLGLSIHGRVVRDGFEADRFVKNSLIHFSASFKDADYARKLFDEMPNKNLVSWNSMLDCYVKCREVSLARQVFDLMPERDVISWSSMIDGYVKGSEYTEALAIFQKMHKSGISANEVTMVSVLGACAHLGALE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G049910
TK1151 IDTkA06G049910
OH-1004 IDLXL04_034960
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)39.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 85.339 / OH-1004 72.778
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G049910
位置Chr06:13591238-13592851 (-)
描述Similar to PCMP-E75: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g42920, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g08305 含五重复肽的蛋白质 At5g08305。 暂无已核实直接文献
At2g42920 含五肽重复蛋白 At2g42920，叶绿体型。 暂无已核实直接文献
At1g31920 含五重复肽重复序列的蛋白 At1g31920。 暂无已核实直接文献
At1g74630 含五复肽重复的蛋白 At1g74630。 暂无已核实直接文献
At4g21065 含五聚肽重复的蛋白质 At4g21065。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034960 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G42920
ath:AT3G62890
ath:AT5G06540
ath:AT5G48910
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.661
排名 1 · TkA06G049910 · TK1151
质体0.223
排名 2 · TkA06G049910 · TK1151
细胞核0.038
排名 3 · TkA06G049910 · TK1151
细胞质0.038
排名 4 · TkA06G049910 · TK1151
过氧化物酶体0.007
排名 5 · TkA06G049910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N19-66 aa
PF01801Cytomega_gL38-114 aa
PF17177PPR_long41-115 aa
PF22330Rib_mS39_PPR59-88 aa
PF12854PPR_173-102 aa
PF13041PPR_274-119 aa
PF13812PPR_375-119 aa
PF01535PPR79-107 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G049910PF29070MSC6_N19663e-1143.7
TkA06G049910PF01801Cytomega_gL381140.006716.6
TkA06G049910PF17177PPR_long411153.9e-1143.5
TkA06G049910PF22330Rib_mS39_PPR59880.0004720.7
TkA06G049910PF12854PPR_1731025.9e-30103.4
TkA06G049910PF13041PPR_2741192.3e-52175.6
TkA06G049910PF13812PPR_3751192e-2073.3
TkA06G049910PF01535PPR791074.2e-49162.1
TkA06G049910PF23276TPR_24801702e-1454.4
TkA06G049910PF29070MSC6_N811253e-1143.7
TkA06G049910PF12854PPR_11051145.9e-30103.4
TkA06G049910PF07719TPR_21181275.98.0
TkA06G049910PF17177PPR_long1222063.9e-1143.5
TkA06G049910PF13812PPR_31361752e-2073.3
TkA06G049910PF25064ARM_TT21_5th1491700.01916.0
TkA06G049910PF13041PPR_21501772.3e-52175.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0C8Q7拟南芥sp|P0C8Q7|PP369_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0830558.900%Swiss-Prot高置信
Q9SJG6拟南芥sp|Q9SJG6|PP200_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g42920, chloroplastic43.600%Swiss-Prot中等置信
Q9C6T2拟南芥sp|Q9C6T2|PPR68_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g3192032.300%Swiss-Prot中等置信
Q9CA54拟南芥sp|Q9CA54|PP122_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g7463034.600%Swiss-Prot中等置信
A8MQA3拟南芥sp|A8MQA3|PP330_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2106533.100%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看