TkA06G037110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G037110

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 9962903-9967391 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3187 bp · TkA06G037110|TK1151|cDNA

CTAATCCATCTCACCGCCACAGGAACTCGCTATCTCTGATTTGCGATGGCGATGGCGATGGCGATGGCAATGGGGTTTGCTACCGCAGTTAAGTTTAAGGCCAGCTCTATCATCAACAACAGTGATCACAACCATGCGCTTGATGCATCGTATGTGAAACGCGCCGCCGAGTTATCTGACAAGTCAGCCGGTTTTACCTCACCGCATCCTAACTTTGGTTGCGTGATATCAACTACCAGCAGCTCGAGGAATGTCGTCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1812 bp · TkA06G037110|TK1151|CDS

ATGGCGATGGCGATGGCGATGGCAATGGGGTTTGCTACCGCAGTTAAGTTTAAGGCCAGCTCTATCATCAACAACAGTGATCACAACCATGCGCTTGATGCATCGTATGTGAAACGCGCCGCCGAGTTATCTGACAAGTCAGCCGGTTTTACCTCACCGCATCCTAACTTTGGTTGCGTGATATCAACTACCAGCAGCTCGAGGAATGTCGTCGGAGAAGGATATCTTTACGCGCAAGGGACGAAGCCGGCCGAGGTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

603 aa · TkA06G037110|TK1151|PROTEIN

MAMAMAMAMGFATAVKFKASSIINNSDHNHALDASYVKRAAELSDKSAGFTSPHPNFGCVISTTSSSRNVVGEGYLYAQGTKPAEVQAVEAAGEYCRGATAYVNMEPGDCDGDNTALSALIQAGISRVVIGIRHPLQHLRGKAIQALRSEGLQVDVLGEDLRSVSMEDALKSCLLVNAPLLYRSASRVPFSVLKYAMTLDGKIAASSGHASWISSKKSRSRVFELRGRSDAVIVGGNTVRKDNPRLTPRHGGGHLPMRIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G037110`
TK1151 ID	TkA06G037110
OH-1004 ID	LXL04_025943
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G037110

位置 Chr06:9962903-9967391 (-)

描述 Similar to PYRR: Riboflavin biosynthesis protein PYRR, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47390`	嘧啶还原酶参与核黄素生物合成途径。	Identification and characterization of the missing pyrimidine reductase in the plant riboflavin biosynthesis pathway.2013 · DOI: 10.1104/pp.112.208488

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025943 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009231 riboflavin biosynthetic process 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0046443 FAD metabolic process 生物过程

GO:1901135 carbohydrate derivative metabolic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0008703 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity 分子功能

GO:0008835 diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase activity 分子功能

GO:0016799 hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds 分子功能

GO:0017113 dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity 分子功能

GO:0050661 NADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

aae:aq_138

ath:AT3G47390

syn:slr0066

zma:101202729

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.894

排名 1 · TkA06G037110 · TK1151

细胞质0.091

排名 2 · TkA06G037110 · TK1151

线粒体0.082

排名 3 · TkA06G037110 · TK1151

细胞核0.061

排名 4 · TkA06G037110 · TK1151

过氧化物酶体0.050

排名 5 · TkA06G037110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30753PMS2CL24-67 aa

PF00383dCMP_cyt_deam_135-131 aa

PF01872RibD_C190-393 aa

PF08719NADAR430-583 aa

PF30753PMS2CL475-531 aa

PF00383dCMP_cyt_deam_1543-561 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G037110	`PF30753`	PMS2CL	24	67	0.0034	17.7
TkA06G037110	`PF00383`	dCMP_cyt_deam_1	35	131	8.8e-07	29.5
TkA06G037110	`PF01872`	RibD_C	190	393	3.6e-44	151.7
TkA06G037110	`PF08719`	NADAR	430	583	1.1e-34	120.7
TkA06G037110	`PF30753`	PMS2CL	475	531	0.0034	17.7
TkA06G037110	`PF00383`	dCMP_cyt_deam_1	543	561	8.8e-07	29.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STY4`	拟南芥	sp\|Q9STY4\|RIBRX_ARATH Riboflavin biosynthesis protein PYRR, chloroplastic	69.700%	Swiss-Prot	高置信

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