TkA06G034740 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G034740

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 9369822-9372778 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1492 bp · TkA06G034740|TK1151|cDNA

AATTCAATCGGAAAAATAATCCTTGCCGTATATCTATCGGCAGTAAAGATCGGAGGGGACGTATTTTGATCTGCGTGGATGGTTCGATCATCGCCATGGCGTCGTCTCTTTCTCCCTCTACTTCTCTGACCAATATTCCTTCTGACCCAGGCATATTCCAATTTCTTACTCTCTCTATGCATCTTTTGGAATCTAAGTTTTGATACATCTTTTTCACCCATGCGTTCAAGGCGGGGAAGCAGTTCCTGTCCACATTGTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

804 bp · TkA06G034740|TK1151|CDS

ATGCAGTTAGCCTTTAGAGATGCCATATATCTAGTAGATGCAATAGAAGGTGGAAATGCACTAATCGAAGCCTGTAAACCTGCACTTGAATCCAGTCACATCACAAAAGTAATCCATGATTGCAAACGAGATAGTGAGGCATTGTATTTTCAGTTCAACATCAAATTGCACAACGTTTTTGATACCCAGATTGCGTACAGTTTAATTGAAGAACAAGAAGGTGGGACTAAAGTTCCAGATGACTACATATCATTTGTTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

267 aa · TkA06G034740|TK1151|PROTEIN

MQLAFRDAIYLVDAIEGGNALIEACKPALESSHITKVIHDCKRDSEALYFQFNIKLHNVFDTQIAYSLIEEQEGGTKVPDDYISFVSLLADPRYCGVSYLEKEEVRVLLRKDPNFWKYRPLSELMIRAATDDVRFLLYIYDKMVVKMNEKSFWYLAVRGSLYCRCFCISHNNYADWPPIPPIPENLVGKENEPEEEILAVVDVPPGKMGLVIGKRGASILAIKQECDAEIFIGGAKGPPDKVFVIGRVRQVRKAEAIVRG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G034740`
TK1151 ID	TkA06G034740
OH-1004 ID	LXL04_025900
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.502 / OH-1004 67.263 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G034740`
位置	Chr06:9369822-9372778 (+)
描述	Similar to EXD1: piRNA biogenesis protein EXD1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025900` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程 GO:0000460 maturation of 5.8S rRNA 生物过程 GO:0000467 exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程 GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程 GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程 GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程 GO:0071028 nuclear mRNA surveillance 生物过程
KEGG 基因交叉引用	dre:751755 hsa:161829 mmu:241624 rno:313707 xla:431895 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.506

排名 1 · TkA06G034740 · TK1151

细胞核0.472

排名 2 · TkA06G034740 · TK1151

细胞膜0.101

排名 3 · TkA06G034740 · TK1151

线粒体0.059

排名 4 · TkA06G034740 · TK1151

内质网0.056

排名 5 · TkA06G034740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01612DNA_pol_A_exo11-146 aa

PF30842LEKR193-108 aa

PF13083KH_KhpA-B183-223 aa

PF00013KH_1201-258 aa

PF07650KH_2203-230 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G034740	`PF01612`	DNA_pol_A_exo1	1	146	1.5e-18	67.9
TkA06G034740	`PF30842`	LEKR1	93	108	0.26	12.3
TkA06G034740	`PF13083`	KH_KhpA-B	183	223	0.00065	20.3
TkA06G034740	`PF00013`	KH_1	201	258	1.7e-09	38.0
TkA06G034740	`PF07650`	KH_2	203	230	0.014	15.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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