TkA06G016070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G016070

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 4330802-4333559 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2230 bp · TkA06G016070|TK1151|cDNA

CCACTGCACTGATTTTTTTGTTGGTTAATATTATTATCACCTCTCTGTCTCTCATCACACACAAGACACAGCAGCTAACGAGTAACAGTCGCCAACAACCCATCTGAATGGCTCCAGGTTCTTATCTGTAATTAAGAATCTTTCTGGATCTCTATTGATGATTTCTGCATAGCATCGGTGCCTTGAGATCTGCATTTCGTAAACTCTTTCTGATAGATCACAGCCATGCCTGGTTTAGTTTCAGTGAAGACGCCGCCCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1218 bp · TkA06G016070|TK1151|CDS

ATGCCTGGTTTAGTTTCAGTGAAGACGCCGCCCAGAATCACCATACCTGAGGATAGCCAGAACCAGAGTAACCAGATCCGGCCGACTCCTGAACGTTCTGACTCGGTTAACACCAAAAATACCCCACCGGCACAACGGAGACCTCCGTCGCCGTCTCCTTCGTCCTCACGCGCGAAGCCGTCGCCAGATCGGGGATCTGGAAAGAAGAAATCGCCGGAAAAACACTCTTTACTTGATGAGTCGTCGCTGGACAACCCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

405 aa · TkA06G016070|TK1151|PROTEIN

MPGLVSVKTPPRITIPEDSQNQSNQIRPTPERSDSVNTKNTPPAQRRPPSPSPSSSRAKPSPDRGSGKKKSPEKHSLLDESSLDNPDLGPFLLKLARDTIASGDGPGKALDYALRASKSFERCAVEGEPSLDLAMCLHVVAAIYCSLGRFEEAIPVLDRAIKVPEVSRGADHALAAFSGYMQLGDTHSMLGQLDRSIECYKEGLKIQMEALGDTDPRVAETCRYLAEAHVQAMQFDEADTLCKRTLEIHRVHSPPASLEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G016070`
TK1151 ID	TkA06G016070
OH-1004 ID	LXL04_026292
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.531 / OH-1004 65.397 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G016070

位置 Chr06:4330802-4333559 (-)

描述 Similar to KLCR1: Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10840`	蛋白质KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 1。	暂无已核实直接文献
`At1g27500`	蛋白 KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 3。	暂无已核实直接文献
`At3g27960`	蛋白质相关动力蛋白轻链 2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026292 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007368 determination of left/right symmetry 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0045494 photoreceptor cell maintenance 生物过程

GO:0060271 cilium assembly 生物过程

GO:0060287 epithelial cilium movement involved in determination of left/right asymmetry 生物过程

GO:0090090 negative regulation of canonical Wnt signaling pathway 生物过程

GO:2000095 regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27500

ath:AT3G27960

ath:AT4G10840

hsa:27031

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.579

排名 1 · TkA06G016070 · TK1151

细胞核0.300

排名 2 · TkA06G016070 · TK1151

细胞膜0.147

排名 3 · TkA06G016070 · TK1151

高尔基体0.071

排名 4 · TkA06G016070 · TK1151

质体0.066

排名 5 · TkA06G016070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29814TPR_Myxo64-119 aa

PF13432TPR_1694-123 aa

PF24885TPR_NPHP3114-253 aa

PF13424TPR_12118-163 aa

PF25063ARM_TT21_C119-163 aa

PF12895ANAPC3131-159 aa

PF13374TPR_10133-172 aa

PF12968DUF3856134-162 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G016070	`PF29814`	TPR_Myxo	64	119	0.2	12.7
TkA06G016070	`PF13432`	TPR_16	94	123	2.3e-07	31.8
TkA06G016070	`PF24885`	TPR_NPHP3	114	253	4.6e-18	66.2
TkA06G016070	`PF13424`	TPR_12	118	163	3.7e-39	133.5
TkA06G016070	`PF25063`	ARM_TT21_C	119	163	0.0001	22.9
TkA06G016070	`PF12895`	ANAPC3	131	159	0.0054	17.7
TkA06G016070	`PF13374`	TPR_10	133	172	7.4e-23	80.5
TkA06G016070	`PF12968`	DUF3856	134	162	5.5e-06	27.1
TkA06G016070	`PF14938`	SNAP	134	155	7.1e-06	26.4
TkA06G016070	`PF22883`	Consortin_N	134	155	0.14	12.8
TkA06G016070	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	135	174	2e-07	31.5
TkA06G016070	`PF07719`	TPR_2	136	162	3.5e-23	80.4
TkA06G016070	`PF13424`	TPR_12	137	207	3.7e-39	133.5
TkA06G016070	`PF13431`	TPR_17	137	154	0.0036	18.2
TkA06G016070	`PF13176`	TPR_7	138	161	2.3e-15	56.0
TkA06G016070	`PF13428`	TPR_14	138	165	1.4e-13	50.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81629`	拟南芥	sp\|O81629\|KLCR1_ARATH Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 1	68.700%	Swiss-Prot	高置信
`F4HSX9`	拟南芥	sp\|F4HSX9\|KLCR3_ARATH Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 3	60.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LII8`	拟南芥	sp\|Q9LII8\|KLCR2_ARATH Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 2	58.400%	Swiss-Prot	高置信

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