TkA06G004630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G004630

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 1129176-1133163 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1165 bp · TkA06G004630|TK1151|cDNA

CCCCACCCGACCCGTCTTTACCCCTTATCTGCTCCCCTTTTGTTGCTCATCTCATCTCATAAGTCCCTAAAAAGCAGATCCAAGGTGGTTGTTAATCTGTCAATTCACTACAATCAATCAACTCAAATCAATCAATCAATCATATCCCAACCCCCACATAAATCTCCGAACAAACTAACAAAAAAAAACATGTCAATCTCGTCCTCCTCCACGACCTCCCCCACCGTGCCACAGTTCCTCCACCACCTCGCTCCTCCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

882 bp · TkA06G004630|TK1151|CDS

CACCCCCACCCGACCCGTCTTTACCCCTTATCTGCTCCCCTTTTGTTGCTCATCTCATCTCATAAGTCCCTAAAAAGCAGATCCAAGGTGGTTGTTAATCTGTCAATTCACTACAATCAATCAACTCAAATCAATCAATCAATCATATCCCAACCCCCACATAAATCTCCGAACAAACTAACAAAAAAAAACATGTCAATCTCGTCCTCCTCCACGACCTCCCCCACCGTGCCACAGTTCCTCCACCACCTCGCTCCTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

293 aa · TkA06G004630|TK1151|PROTEIN

HPHPTRLYPLSAPLLLLISSHKSLKSRSKVVVNLSIHYNQSTQINQSIISQPPHKSPNKLTKKNMSISSSSTTSPTVPQFLHHLAPPSCSDQLCYVQCTHCDTVLAVSVPCTSLFKTVTVRCGHCTNLLPLSMPGLLLPPSVNQYHITHTNFFSPSNHTLLDDQIPNGASNFLINPNYANEFSLTARGGFRELPKPPVTNRPPEKRQRVPSAYNRFIKEEIQRIKAGNPDISHREAFSAAAKNWAHFPHIHFGLMPDQTT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G004630`
TK1151 ID	TkA06G004630
OH-1004 ID	LXL04_026563
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.222 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G004630

位置 Chr06:1129176-1133163 (-)

描述 Similar to YAB1: Axial regulator YABBY 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45190`	参与胚胎发生和器官发生过程中下侧细胞命运的决定。	暂无已核实直接文献
`At4g00180`	参与胚胎发生和器官发生过程中下侧细胞命运的决定。	YABBY polarity genes mediate the repression of KNOX homeobox genes in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.004911 YABBYs and the transcriptional corepressors LEUNIG and LEUNIG_HOMOLOG maintain leaf polarity and meristem activity in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.070458

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2X7Q3`	蛋白质 YABBY 4。	暂无已核实直接文献
`Os02g0643200`	似乎与韧皮部细胞分化相关。	暂无已核实直接文献
`Os10g0508300`	蛋白质 YABBY 3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026563 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009933 meristem structural organization 生物过程

GO:0009944 polarity specification of adaxial/abaxial axis 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0010158 abaxial cell fate specification 生物过程

GO:0010450 inflorescence meristem growth 生物过程

GO:0045165 cell fate commitment 生物过程

GO:0090706 specification of plant organ position 生物过程

GO:1902183 regulation of shoot apical meristem development 生物过程

GO:2000024 regulation of leaf development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45190

ath:AT4G00180

dosa:Os02g0643200

dosa:Os04g0536300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.843

排名 1 · TkA06G004630 · TK1151

细胞质0.228

排名 2 · TkA06G004630 · TK1151

细胞膜0.053

排名 3 · TkA06G004630 · TK1151

内质网0.051

排名 4 · TkA06G004630 · TK1151

质体0.020

排名 5 · TkA06G004630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10238Eapp_C27-107 aa

PF18608XAF1_C87-106 aa

PF24868YABBY_N89-138 aa

PF11331Zn_ribbon_1295-132 aa

PF10122Zn_ribbon_Com96-106 aa

PF22910EDR4-like_1st96-105 aa

PF13719Zn_ribbon_596-127 aa

PF13717Zn_ribbon_496-104 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G004630	`PF10238`	Eapp_C	27	107	0.012	16.8
TkA06G004630	`PF18608`	XAF1_C	87	106	0.19	12.0
TkA06G004630	`PF24868`	YABBY_N	89	138	1.6e-23	82.7
TkA06G004630	`PF11331`	Zn_ribbon_12	95	132	0.27	11.7
TkA06G004630	`PF10122`	Zn_ribbon_Com	96	106	0.4	10.9
TkA06G004630	`PF22910`	EDR4-like_1st	96	105	0.98	9.8
TkA06G004630	`PF13719`	Zn_ribbon_5	96	127	6.0	7.4
TkA06G004630	`PF13717`	Zn_ribbon_4	96	104	8.2	7.2
TkA06G004630	`PF13717`	Zn_ribbon_4	117	127	8.2	7.2
TkA06G004630	`PF10238`	Eapp_C	119	127	0.012	16.8
TkA06G004630	`PF18608`	XAF1_C	119	132	0.19	12.0
TkA06G004630	`PF10122`	Zn_ribbon_Com	119	129	0.4	10.9
TkA06G004630	`PF22910`	EDR4-like_1st	119	130	0.98	9.8
TkA06G004630	`PF04690`	YABBY	194	253	6.3e-37	126.5
TkA06G004630	`PF06244`	Ccdc124	199	247	0.011	16.8
TkA06G004630	`PF09011`	HMG_box_2	203	246	0.00051	21.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22152`	拟南芥	sp\|O22152\|YAB1_ARATH Axial regulator YABBY 1	51.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9XFB1`	拟南芥	sp\|Q9XFB1\|YAB3_ARATH Axial regulator YABBY 3	53.700%	Swiss-Prot	高置信
`A2X7Q3`	水稻	sp\|A2X7Q3\|YAB4_ORYSI Protein YABBY 4	48.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6H668`	水稻	sp\|Q6H668\|YAB4_ORYSJ Protein YABBY 4	48.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8L556`	水稻	sp\|Q8L556\|YAB3_ORYSJ Protein YABBY 3	44.700%	Swiss-Prot	中等置信

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