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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G380290
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 94455280-94457173 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

810 bp · TkA05G380290|TK1151|cDNA

GGAATATCTGAGGTCTGAATTATCACTTGGCTACTGAAATCTTAATCTACTCTAAAACCTCTGTAAATGATGGCATTCAGCCGAAATGCATTATAGATCTGGTAAAACATGCGTTATAACATAAGCTTAAAAATTGCAGATTGTAATGTTGGAACATAATCCATTGTTGGATGGCAGATCAGAAGGAAGCGATCGGTTTGGAGCATGGAGGATCAACGCAGATATCATGTCATACGAGGAACTGGTGGAATTGAGTGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

915 bp · TkA05G380290|TK1151|CDS

ATGGCTACTGTAACTCCTGAACATAGGAGACAGAGGAAACCCAGAATCAAATCACACTCTGAAACCCCTAATTCCACTAATGCTACCGAATCCAGGGAACGTCTTTCTCCGAGGGTAAAGCTGTTTGGGTTTTTGAGTCTGGGATGTGGTCGACGTTCCTCGCCGGCAGTGGCTGTGCATCCTCCGGTGAGAATCCTGCCGGAAAAGACAAGAAGGAGGACAAGGAAGAAGAAGCAGAAGCAGAGAAGAAACAGGGGATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

304 aa · TkA05G380290|TK1151|PROTEIN

MATVTPEHRRQRKPRIKSHSETPNSTNATESRERLSPRVKLFGFLSLGCGRRSSPAVAVHPPVRILPEKTRRRTRKKKQKQRRNRGSCPENVVVNVPDVCCTPPGIGFTYDVAQSTSTDAHRRNHRQRSRTTRQVADLQQPWSTAEIDATAFIRSNISDSRQFNRLQRRSPGGISEIVMLEHNPLLDGRSEGSDRFGAWRINADIMSYEELVELSDRIGYVGGGLQEEEILNCLRRPKKSFFKSFDFNSRVKDSKCSICQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G380290
TK1151 IDTkA05G380290
OH-1004 IDLXL04_008119
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)43.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 47.368 / OH-1004 22.591
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G380290
位置Chr05:94455280-94457173 (-)
描述Similar to RHG1A: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHG1A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g34040 E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。
Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500
At2g15530 E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。
Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0648800 可能的E3泛素蛋白连接酶，作用于HAL3下游，并且对HAL3调控的植物生长必需。 暂无已核实直接文献
Os01g0667700 可能的 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008119 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0061659 ubiquitin-like protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G15530
ath:AT4G34040
ath:AT5G42940
dosa:Os01g0667700
dosa:Os04g0648800
osa:4326322
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.467
排名 1 · TkA05G380290 · TK1151
细胞核0.397
排名 2 · TkA05G380290 · TK1151
细胞膜0.283
排名 3 · TkA05G380290 · TK1151
内质网0.055
排名 4 · TkA05G380290 · TK1151
高尔基体0.040
排名 5 · TkA05G380290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13445zf-RING_UBOX78-89 aa
PF29452FAR1_N251-301 aa
PF17120zf-RING_16252-294 aa
PF13920zf-C3HC4_3253-298 aa
PF12678zf-rbx1254-297 aa
PF14446Prok-RING_1254-285 aa
PF22908PHD_NSD254-292 aa
PF13639zf-RING_2255-297 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G380290PF13445zf-RING_UBOX78890.0002121.9
TkA05G380290PF29452FAR1_N2513010.01715.8
TkA05G380290PF17120zf-RING_162522940.03114.6
TkA05G380290PF13920zf-C3HC4_32532980.001419.1
TkA05G380290PF12678zf-rbx12542971.2e-0629.3
TkA05G380290PF14446Prok-RING_12542850.06614.1
TkA05G380290PF22908PHD_NSD2542923.58.7
TkA05G380290PF13639zf-RING_22552972.8e-1144.2
TkA05G380290PF13923zf-C3HC4_22552966.9e-0729.7
TkA05G380290PF14634zf-RING_52552980.0002221.8
TkA05G380290PF00097zf-C3HC42562960.000122.8
TkA05G380290PF13445zf-RING_UBOX2562940.0002121.9
TkA05G380290PF17123zf-RING_112562830.0005320.3
TkA05G380290PF12906RINGv2562960.4611.4
TkA05G380290PF23555zf-RING_Vps412682960.710.3
TkA05G380290PF12861zf-ANAPC112692980.1113.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O49500拟南芥sp|O49500|MBR2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MBR243.100%Swiss-Prot低置信
Q9ZQF9拟南芥sp|Q9ZQF9|MBR1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MBR141.000%Swiss-Prot低置信
Q7XTV7水稻sp|Q7XTV7|HIP1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase HIP147.700%Swiss-Prot中等置信
Q5QLR5水稻sp|Q5QLR5|ZFP1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase ZFP139.800%Swiss-Prot低置信

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