TkA05G358170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G358170

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 88896293-88897974 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

405 bp · TkA05G358170|TK1151|cDNA

ATGTTGCTAGTGGGTCCAAGTCTTGGAGCCGCGGTAGCAGTTGACTTTGTTGCCAACCATCCAGAAGCTGTTGATAAGTTGATTTTGATTAATGCAAGTGTGTATGCAGAAGGCACAGGAAACCTCTCTAAGTTACCAAGAAGTGTAGCATTTGCTGGAATTGCTCGATTACATTGTCTGTTACCTTGGTGGGAAGAAGCAACAGTTGATTTTATGAGTAGTGGGGGATACAACGTCTCTACCCAAATTAACCAGATATA...

CDS

下载 CDS FASTA

405 bp · TkA05G358170|TK1151|CDS

ATGTTGCTAGTGGGTCCAAGTCTTGGAGCCGCGGTAGCAGTTGACTTTGTTGCCAACCATCCAGAAGCTGTTGATAAGTTGATTTTGATTAATGCAAGTGTGTATGCAGAAGGCACAGGAAACCTCTCTAAGTTACCAAGAAGTGTAGCATTTGCTGGAATTGCTCGATTACATTGTCTGTTACCTTGGTGGGAAGAAGCAACAGTTGATTTTATGAGTAGTGGGGGATACAACGTCTCTACCCAAATTAACCAGATATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

134 aa · TkA05G358170|TK1151|PROTEIN

MLLVGPSLGAAVAVDFVANHPEAVDKLILINASVYAEGTGNLSKLPRSVAFAGIARLHCLLPWWEEATVDFMSSGGYNVSTQINQIYSKLSGHPSAHGLDLANADRVALALLAPPRSLAHVHDVHAQASVSDSF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G358170`
TK1151 ID	TkA05G358170
OH-1004 ID	LXL04_021155
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	69.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 52.985 / OH-1004 30.178 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G358170

位置 Chr05:88896293-88897974 (-)

描述 Similar to mhpC: 2-hydroxy-6-oxononadienedioate/2-hydroxy-6-oxononatrienedioate hydrolase (Escherichia coli (strain SE11)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39220`	水解酶参与生育酚生物合成。	Genome-wide association identifies a missing hydrolase for tocopherol synthesis in plants.2022 · DOI: 10.1073/pnas.2113488119

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021155 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010189 vitamin E biosynthetic process 生物过程

GO:0019380 3-phenylpropionate catabolic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0016788 hydrolase activity, acting on ester bonds 分子功能

GO:0018771 2-hydroxy-6-oxonona-2,4-dienedioate hydrolase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0052823 2-hydroxy-6-oxonona-2,4,7-trienedioate hydrolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G39220

ecr:ECIAI1_0350

ecx:EcHS_A0413

ecy:ECSE_0374

eum:ECUMN_0392

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.334

排名 1 · TkA05G358170 · TK1151

细胞质0.190

排名 2 · TkA05G358170 · TK1151

质体0.159

排名 3 · TkA05G358170 · TK1151

内质网0.122

排名 4 · TkA05G358170 · TK1151

细胞核0.095

排名 5 · TkA05G358170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12146Hydrolase_42-38 aa

PF12048DUF35302-42 aa

PF00561Abhydrolase_13-34 aa

PF03096Ndr4-39 aa

PF06431Polyoma_lg_T_C51-82 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G358170	`PF12146`	Hydrolase_4	2	38	0.0017	18.4
TkA05G358170	`PF12048`	DUF3530	2	42	0.0094	16.0
TkA05G358170	`PF00561`	Abhydrolase_1	3	34	0.019	15.4
TkA05G358170	`PF03096`	Ndr	4	39	0.02	14.3
TkA05G358170	`PF06431`	Polyoma_lg_T_C	51	82	0.2	11.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84JL7`	拟南芥	sp\|Q84JL7\|VTE7_ARATH Alpha/beta hydrolase domain-containing protein VTE7	50.800%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情