TkA05G318190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G318190

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 78540674-78548591 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

324 bp · TkA05G318190|TK1151|cDNA

ATGAGCCAAGAACTGAAAGACACACTCATGCGTAAGTTTGGAGGTCGTATAGGTTCCCTTAAGCAAGAATTTAATAAGAAAAAGAAGAAAGGAAAACTACCAAATGAGGCAAGGGAAACATTACTTAATTGGTGGAATTCACATTATAAATGGCCTTACCCTACTGAAGGTGATAAGATATCGTTGGCGGAAACGACGGGATTAGATCCAAAGCAAATCAACAACTGGTTTATAAATCAAAGGAAGCGGCACTGGAAACC...

CDS

下载 CDS FASTA

324 bp · TkA05G318190|TK1151|CDS

ATGAGCCAAGAACTGAAAGACACACTCATGCGTAAGTTTGGAGGTCGTATAGGTTCCCTTAAGCAAGAATTTAATAAGAAAAAGAAGAAAGGAAAACTACCAAATGAGGCAAGGGAAACATTACTTAATTGGTGGAATTCACATTATAAATGGCCTTACCCTACTGAAGGTGATAAGATATCGTTGGCGGAAACGACGGGATTAGATCCAAAGCAAATCAACAACTGGTTTATAAATCAAAGGAAGCGGCACTGGAAACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

107 aa · TkA05G318190|TK1151|PROTEIN

MSQELKDTLMRKFGGRIGSLKQEFNKKKKKGKLPNEARETLLNWWNSHYKWPYPTEGDKISLAETTGLDPKQINNWFINQRKRHWKPSESMQLAVMGGLPGQYLCDD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G318190`
TK1151 ID	TkA05G318190
OH-1004 ID	LXL04_011589
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	79.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.131 / OH-1004 31.627 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G318190

位置 Chr05:78540674-78548591 (-)

描述 Similar to KNAT6: Homeobox protein knotted-1-like 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g23380`	在分生组织功能中发挥作用。	KNAT6: an Arabidopsis homeobox gene involved in meristem activity and organ separation.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.041988
`At1g70510`	可能在分生组织功能中发挥作用，并可能参与维持细胞处于未分化的分生组织状态。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011589 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009888 tissue development 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0010094 specification of carpel identity 生物过程

GO:0010497 plasmodesmata-mediated intercellular transport 生物过程

GO:0010930 negative regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23380

ath:AT1G70510

sly:544007

zma:542391

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.967

排名 1 · TkA05G318190 · TK1151

细胞质0.103

排名 2 · TkA05G318190 · TK1151

细胞膜0.018

排名 3 · TkA05G318190 · TK1151

线粒体0.013

排名 4 · TkA05G318190 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA05G318190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05920Homeobox_KN3-12 aa

PF03789ELK4-24 aa

PF00046Homeodomain18-29 aa

PF23739HTH_7224-31 aa

PF05920Homeobox_KN44-83 aa

PF00046Homeodomain50-84 aa

PF23739HTH_7261-91 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G318190	`PF05920`	Homeobox_KN	3	12	8.7e-20	71.0
TkA05G318190	`PF03789`	ELK	4	24	8e-09	35.9
TkA05G318190	`PF00046`	Homeodomain	18	29	1.8e-07	31.6
TkA05G318190	`PF23739`	HTH_72	24	31	0.012	16.3
TkA05G318190	`PF05920`	Homeobox_KN	44	83	8.7e-20	71.0
TkA05G318190	`PF00046`	Homeodomain	50	84	1.8e-07	31.6
TkA05G318190	`PF23739`	HTH_72	61	91	0.012	16.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84JS6`	拟南芥	sp\|Q84JS6\|KNAT6_ARATH Homeobox protein knotted-1-like 6	70.200%	Swiss-Prot	高置信
`P46640`	拟南芥	sp\|P46640\|KNAT2_ARATH Homeobox protein knotted-1-like 2	77.400%	Swiss-Prot	高置信

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