TkA05G314440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G314440

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 77585370-77587827 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1506 bp · TkA05G314440|TK1151|cDNA

TTCTTTTCTCCTCTTTCTCTCTTTCTCTCTCCATCTCTCTCTGTTCTTCCCAAGGGAAGAACAACATGGCAATGCCCATTTTCCTTCTTCTCACTCTTCTTGCTCCTATCTCCACTTTCTCTTCAAATGTACAAGATCCTAACTTTGTAGTAGAACATTTCCACAGGAGAGTTAATGAATCCAGGAGGAATATGGGATTCTTGTCTTGTGGGACAGGAAATCCAATTGATGATTGTTGGCGATGTGACAAGAATTGGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1203 bp · TkA05G314440|TK1151|CDS

ATGGCAATGCCCATTTTCCTTCTTCTCACTCTTCTTGCTCCTATCTCCACTTTCTCTTCAAATGTACAAGATCCTAACTTTGTAGTAGAACATTTCCACAGGAGAGTTAATGAATCCAGGAGGAATATGGGATTCTTGTCTTGTGGGACAGGAAATCCAATTGATGATTGTTGGCGATGTGACAAGAATTGGGAACGTAACCGCCAACGTTTAGCAGATTGCGCAATTGGGTTTGGAAAGCAAGCCATTGGTGGTCGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

400 aa · TkA05G314440|TK1151|PROTEIN

MAMPIFLLLTLLAPISTFSSNVQDPNFVVEHFHRRVNESRRNMGFLSCGTGNPIDDCWRCDKNWERNRQRLADCAIGFGKQAIGGRDGKIYVVTDSKNDDPVNPKPGTLRYGVIQNEPLWIIFAHDMTIKLKEELMMNSFKTIDGRGADVHIAGGPCITIQYVTNIIIHGINIHDCKQGGNTDVRDSPDHSGFRTISDGDGISIFGGSHVWVDHCSLANCHDGLIDAIHGSTAITISNNYMTHHDKVMLLGHSDSSTQDK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G314440`
TK1151 ID	TkA05G314440
OH-1004 ID	LXL04_020825
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G314440

位置 Chr05:77585370-77587827 (-)

描述 Similar to At5g63180: Probable pectate lyase 22

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g67750`	可能的果胶酸裂解酶5。	暂无已核实直接文献
`At5g63180`	可能的果胶酸裂解酶22。	暂无已核实直接文献
`At4g24780`	可能的果胶酸裂解酶18。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020825 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0030570 pectate lyase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G67750

ath:AT3G27400

ath:AT4G13710

ath:AT4G24780

ath:AT5G63180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.494

排名 1 · TkA05G314440 · TK1151

溶酶体／液泡0.219

排名 2 · TkA05G314440 · TK1151

细胞质0.110

排名 3 · TkA05G314440 · TK1151

内质网0.092

排名 4 · TkA05G314440 · TK1151

细胞膜0.072

排名 5 · TkA05G314440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23331VWC2L_C54-74 aa

PF00544Pectate_lyase_4132-335 aa

PF13229Beta_helix154-241 aa

PF13229Beta_helix198-250 aa

PF23331VWC2L_C204-223 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G314440	`PF23331`	VWC2L_C	54	74	0.61	10.8
TkA05G314440	`PF00544`	Pectate_lyase_4	132	335	8e-23	81.7
TkA05G314440	`PF13229`	Beta_helix	154	241	0.00045	20.6
TkA05G314440	`PF13229`	Beta_helix	198	250	0.00045	20.6
TkA05G314440	`PF23331`	VWC2L_C	204	223	0.61	10.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FXD8`	拟南芥	sp\|Q9FXD8\|PLY5_ARATH Probable pectate lyase 5	78.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q93Z25`	拟南芥	sp\|Q93Z25\|PLY22_ARATH Probable pectate lyase 22	79.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C5M8`	拟南芥	sp\|Q9C5M8\|PLY18_ARATH Probable pectate lyase 18	77.100%	Swiss-Prot	高置信

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