TkA05G198190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G198190

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 50190993-50192822 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

588 bp · TkA05G198190|TK1151|cDNA

ATGTTCAACCTCTCCGTCTCCCCCAAGGTATCCGAATCCCCCATCATCACATTTGAAGAAACATCAACCACTCTCTCACTCCCGACACCTCTTTCATATGCGTGGGTGTTTCGATTTTTGAACCTCAGAGACACTAGAATGACTCTACTAAGACCAGTCGCGGAAGATGTGACAATTCTTGATGTGCAACAACAAGAGATCGAGGCTAGAATATCACAGTTAAATGCGGAGATATCAGAGTTCAATGAATCAATAGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

588 bp · TkA05G198190|TK1151|CDS

ATGTTCAACCTCTCCGTCTCCCCCAAGGTATCCGAATCCCCCATCATCACATTTGAAGAAACATCAACCACTCTCTCACTCCCGACACCTCTTTCATATGCGTGGGTGTTTCGATTTTTGAACCTCAGAGACACTAGAATGACTCTACTAAGACCAGTCGCGGAAGATGTGACAATTCTTGATGTGCAACAACAAGAGATCGAGGCTAGAATATCACAGTTAAATGCGGAGATATCAGAGTTCAATGAATCAATAGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

195 aa · TkA05G198190|TK1151|PROTEIN

MFNLSVSPKVSESPIITFEETSTTLSLPTPLSYAWVFRFLNLRDTRMTLLRPVAEDVTILDVQQQEIEARISQLNAEISEFNESIEKELTLIQEVDIKIKELRKMISALNNQQMSVKAAFRKKKDAVKEIDEKISSAEFALVQSAQENASLRSKIVQSPDKLQVNSAKQVEKDVKFLKDKNNGHCYRFANYRVTG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G198190`
TK1151 ID	TkA05G198190
OH-1004 ID	LXL04_018211
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	71.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 80.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G198190

位置 Chr05:50190993-50192822 (+)

描述 Similar to NUF2: Kinetochore protein NUF2 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g61000`	作为重要着丝粒相关 NDC80 复合体的组成部分，该复合体是染色体分离和纺锤体检查点活性所必需的，以确保正确的细胞分裂。	MUN (MERISTEM UNSTRUCTURED), encoding a SPC24 homolog of NDC80 kinetochore complex, affects development through cell division in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1111/tpj.13823

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018211 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程

GO:0010342 endosperm cellularization 生物过程

GO:0045132 meiotic chromosome segregation 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051315 attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore 生物过程

GO:0051383 kinetochore organization 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005828 kinetochore microtubule 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0031262 Ndc80 complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G61000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.471

排名 1 · TkA05G198190 · TK1151

细胞质0.462

排名 2 · TkA05G198190 · TK1151

线粒体0.062

排名 3 · TkA05G198190 · TK1151

细胞膜0.046

排名 4 · TkA05G198190 · TK1151

内质网0.037

排名 5 · TkA05G198190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25762HAUS140-163 aa

PF07160SKA147-84 aa

PF04513Baculo_PEP_C48-94 aa

PF06320GCN5L149-103 aa

PF14661HAUS6_N50-136 aa

PF14712Snapin_Pallidin52-117 aa

PF08614ATG1654-151 aa

PF20186DUF654954-131 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G198190	`PF25762`	HAUS1	40	163	1.1	9.7
TkA05G198190	`PF07160`	SKA1	47	84	2.8	8.4
TkA05G198190	`PF04513`	Baculo_PEP_C	48	94	0.21	12.3
TkA05G198190	`PF06320`	GCN5L1	49	103	0.015	16.3
TkA05G198190	`PF14661`	HAUS6_N	50	136	0.11	12.8
TkA05G198190	`PF14712`	Snapin_Pallidin	52	117	1.8	9.8
TkA05G198190	`PF08614`	ATG16	54	151	0.035	15.0
TkA05G198190	`PF20186`	DUF6549	54	131	0.054	14.3
TkA05G198190	`PF27605`	ODF2_C	55	166	0.043	13.7
TkA05G198190	`PF09278`	MerR-DNA-bind	55	76	0.21	12.9
TkA05G198190	`PF13600`	DUF4140	55	109	2.3	9.4
TkA05G198190	`PF07889`	DUF1664	58	133	0.59	10.9
TkA05G198190	`PF06005`	ZapB	58	89	9.3	7.5
TkA05G198190	`PF10198`	Ada3	59	152	0.029	15.2
TkA05G198190	`PF22594`	GTP-eEF1A_C	59	96	1.8	9.7
TkA05G198190	`PF08702`	Fib_alpha	59	146	2.9	8.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RXJ0`	拟南芥	sp\|Q8RXJ0\|NUF2_ARATH Kinetochore protein NUF2 homolog	38.800%	Swiss-Prot	中等置信

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