TkA05G089810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G089810

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 24261436-24266092 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3342 bp · TkA05G089810|TK1151|cDNA

ATGCAGCCAGTTAGACTTAGACTAATTGCCTCACGAACTACAGATGGGAGACTAACCAATCTACCAGTTGTGTCTGAAATTGCTGCTTTACTTCCAGGAGATGCAGATGAAACTAATAATCGTGATGTACTAATTGAGGAACGTGGTACTAGACACATAAAAAGGATCTCTGAACTCCACCCAAAGTATATGGCATTGCAGTATCCTCTACTTTTTCCATATGGTGAAGATGGATACGGTCTGCATATTCCAATGAATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3342 bp · TkA05G089810|TK1151|CDS

ATGCAGCCAGTTAGACTTAGACTAATTGCCTCACGAACTACAGATGGGAGACTAACCAATCTACCAGTTGTGTCTGAAATTGCTGCTTTACTTCCAGGAGATGCAGATGAAACTAATAATCGTGATGTACTAATTGAGGAACGTGGTACTAGACACATAAAAAGGATCTCTGAACTCCACCCAAAGTATATGGCATTGCAGTATCCTCTACTTTTTCCATATGGTGAAGATGGATACGGTCTGCATATTCCAATGAATAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1113 aa · TkA05G089810|TK1151|PROTEIN

MQPVRLRLIASRTTDGRLTNLPVVSEIAALLPGDADETNNRDVLIEERGTRHIKRISELHPKYMALQYPLLFPYGEDGYGLHIPMNTGTTDRKNISLLEYYCFRLHFRDSEAHNLHRAGHLFHTYIVDAYAAVTENNLDWYKRNQNKIRSELYHGLHESYFNGERNVDSIGRRSILPASFTGGPRHMVQQYQDAMAICRWAGPPDLFVTMTCNPRWIEIDRHVRKLVPGQQHTDRPDIFARVFKIKLDELMNDIRKKTTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G089810`
TK1151 ID	TkA05G089810
OH-1004 ID	LXL04_014316
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	78.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 38.479 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA05G089810`
位置	Chr05:24261436-24266092 (-)
描述	Similar to pif1: ATP-dependent DNA helicase PIF1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_014316` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程 GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0010224 response to UV-B 生物过程 GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程 GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G08020 cje:Cj0945c hsa:80119 rno:367645 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.916

排名 1 · TkA05G089810 · TK1151

细胞质0.151

排名 2 · TkA05G089810 · TK1151

线粒体0.033

排名 3 · TkA05G089810 · TK1151

细胞膜0.012

排名 4 · TkA05G089810 · TK1151

细胞外0.010

排名 5 · TkA05G089810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14214Helitron_like_N100-278 aa

PF23343REP_ORF2-G2P207-286 aa

PF26475DUF8148_C265-294 aa

PF23343REP_ORF2-G2P397-449 aa

PF13191AAA_16511-551 aa

PF05970PIF1652-873 aa

PF04851ResIII653-703 aa

PF25199nSTAND_NTPase5657-705 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G089810	`PF14214`	Helitron_like_N	100	278	2.1e-48	165.8
TkA05G089810	`PF23343`	REP_ORF2-G2P	207	286	0.23	12.4
TkA05G089810	`PF26475`	DUF8148_C	265	294	0.068	13.1
TkA05G089810	`PF23343`	REP_ORF2-G2P	397	449	0.23	12.4
TkA05G089810	`PF13191`	AAA_16	511	551	0.023	16.0
TkA05G089810	`PF05970`	PIF1	652	873	6.4e-81	271.9
TkA05G089810	`PF04851`	ResIII	653	703	0.25	12.0
TkA05G089810	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	657	705	0.3	11.6
TkA05G089810	`PF13191`	AAA_16	663	702	0.023	16.0
TkA05G089810	`PF13604`	AAA_30	663	712	0.038	14.5
TkA05G089810	`PF10923`	BrxC_BrxD	664	706	0.14	11.8
TkA05G089810	`PF24883`	NPHP3_N	670	703	0.074	14.0
TkA05G089810	`PF13401`	AAA_22	671	699	0.078	14.0
TkA05G089810	`PF21530`	Pif1_2B_dom	943	988	6.6e-21	74.5
TkA05G089810	`PF26475`	DUF8148_C	1004	1054	0.068	13.1
TkA05G089810	`PF14214`	Helitron_like_N	1009	1022	2.1e-48	165.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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