RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G084780
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 22945855-22954438 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1361 bp · TkA05G084780|TK1151|cDNA

ATGAAATCAACAACAACGAATTACATTAATTGCAATTGTTAATTTGCTATATCGCCGGCCGAGACACAACCAATAAACACCTGGGCAAGTAAACTAAGCCCACGTTATATAACCAATTTGATGCTGATTGACCCCTGTTTTCGTACTTTAGCTCTCTCACTTCTTTTCCAAAACCCGTTGATCACTTTACTCTCGTTTCCATCAAGATGAATGATTTGCTTAGCGAATCGTTTGTGAGTGATGCAAAAGATCATCCTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

930 bp · TkA05G084780|TK1151|CDS

ATGAATGATTTGCTTAGCGAATCGTTTGTGAGTGATGCAAAAGATCATCCTCCAAAAGATATGGATATACAGATGGGTACTCGACTTCCTAGAAGTAATTCAGACATGGGAATGGAAGCTTTTAATAAGCAGATACAAGAGATAGAGAAACAAGTGGATAAGCTTTCAGTATTATTAAAAAAGCTCAAGGATTCTAATGAGGAGTCGAAATCCGTTACAAAAGCATCTTCCATGAAAGCCATTAGGAAACGAATGGAGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

309 aa · TkA05G084780|TK1151|PROTEIN

MNDLLSESFVSDAKDHPPKDMDIQMGTRLPRSNSDMGMEAFNKQIQEIEKQVDKLSVLLKKLKDSNEESKSVTKASSMKAIRKRMEKDVDEVGKIARNVKVKIEAINKENLANRQKPGCGPGTGVDRSRTNMTNSLAKKFRDIMTEFQTLRQKIDDEYREVVERRVITVTGTRPDEETINNLIETGNSEQIFQNAMKEMGRGQVLNTLEEIQERHDAVREIEKKLLDLHQIYLDMAVLVDAQGDLLDNIESQVTNAVDHV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G084780
TK1151 IDTkA05G084780
OH-1004 IDLXL04_019765
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 85.437 / OH-1004 79.042
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G084780
位置Chr05:22945855-22954438 (+)
描述Similar to SYP131: Putative syntaxin-131
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g08080 囊泡运输蛋白，在分泌途径中发挥作用（可能）。
Syntaxin of plant proteins SYP123 and SYP132 mediate root hair tip growth in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pcu048
Concerted Action of Evolutionarily Ancient and Novel SNARE Complexes in Flowering-Plant Cytokinesis.2018 · DOI: 10.1016/j.devcel.2017.12.027
Unusual Roles of Secretory SNARE SYP132 in Plasma Membrane H+-ATPase Traffic and Vegetative Plant Growth.2019 · DOI: 10.1104/pp.19.00266
At3g03800 在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g11250 在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g61290 在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0164300 参与分泌途径的小泡转运蛋白（根据相似性推测）。
The Rice Qa-SNAREs in SYP13 Subfamily Are Involved in Regulating Arbuscular Mycorrhizal Symbiosis and Seed Fertility.2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.898286
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019765 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006887 exocytosis 生物过程
GO:0006897 endocytosis 生物过程
GO:0006906 vesicle fusion 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0048278 vesicle docking 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0061025 membrane fusion 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009504 cell plate 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11250
ath:AT1G61290
ath:AT5G08080
dosa:Os07g0164300
osa:4342474
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.742
排名 1 · TkA05G084780 · TK1151
细胞质0.218
排名 2 · TkA05G084780 · TK1151
细胞核0.067
排名 3 · TkA05G084780 · TK1151
内质网0.063
排名 4 · TkA05G084780 · TK1151
溶酶体／液泡0.063
排名 5 · TkA05G084780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03961FapA21-103 aa
PF14802TMEM19222-67 aa
PF08429PLU-123-117 aa
PF29947C5orf2233-87 aa
PF05335DUF74533-83 aa
PF23338PTHB1_hp33-71 aa
PF21109Stonustoxin_helical34-66 aa
PF24615Spectrin_Anc-1_234-103 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G084780PF03961FapA211038.16.7
TkA05G084780PF14802TMEM19222670.3110.8
TkA05G084780PF08429PLU-1231171.38.9
TkA05G084780PF29947C5orf2233875.48.4
TkA05G084780PF05335DUF74533838.96.7
TkA05G084780PF23338PTHB1_hp33719.07.5
TkA05G084780PF21109Stonustoxin_helical34660.03315.0
TkA05G084780PF24615Spectrin_Anc-1_2341031.79.7
TkA05G084780PF00261Tropomyosin35990.01415.5
TkA05G084780PF26551DUF818035641.210.4
TkA05G084780PF13155Toprim_235671.89.7
TkA05G084780PF06013WXG10036631.110.3
TkA05G084780PF00804Syntaxin371951.9e-50171.4
TkA05G084780PF10046BLOC1_237621.510.0
TkA05G084780PF22975EPS8_2nd381041.99.5
TkA05G084780PF08653DASH_Dam138672.38.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VZU2拟南芥sp|Q8VZU2|SY132_ARATH Syntaxin-13263.900%Swiss-Prot高置信
Q9SRV7拟南芥sp|Q9SRV7|SY131_ARATH Putative syntaxin-13161.200%Swiss-Prot高置信
Q9SXB0拟南芥sp|Q9SXB0|SY125_ARATH Syntaxin-12546.500%Swiss-Prot中等置信
O64791拟南芥sp|O64791|SY124_ARATH Syntaxin-12445.800%Swiss-Prot中等置信
Q7XIE2水稻sp|Q7XIE2|SY132_ORYSJ Syntaxin-13260.500%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看