TkA05G061280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G061280

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 16305199-16309750 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2342 bp · TkA05G061280|TK1151|cDNA

AGCGGGTGGTGTGCTCAAGGAATTAACTTGGAGTGGTCTAACCTATTAAAAGACAAAAAAGTCGCACTTTTTTTTGCTGCCTTTCTTTGGGAATCTCCTCATCAAAACAGCTTTTTAACAAATTTCCCAGCAAAATTTCCATGAAAAATCGAAATCCCTTTTCTTTCTTGTTTCGTTTTCCCTCGGATTTATCTAAACGAATTGCTCAACCCTCTTCATAACAATCAATCTTTCAATCTGCACACACCCACACACAAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1767 bp · TkA05G061280|TK1151|CDS

ATGATGCTTCCCGCCACAGCCTTTTCATCATCTTCATCTTCATCAGCTAATTCAGCTGTTGTTCGAGTGGATAAAGCCACCAGCGAATTCTTGAACGGCCCTGATTGGACTCTTAACATCGATATTTGCGACACCATCAACGCGAATCATTGGCTTGCAAAAGATGTTGTTAAGGCTTTAAAGAAAAGGTTACAACACAAGAACCCTCATGTTCAACTGCTTTGCTTGACGCTTTTAGAAACAATGGTAAAGAATTGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

588 aa · TkA05G061280|TK1151|PROTEIN

MMLPATAFSSSSSSSANSAVVRVDKATSEFLNGPDWTLNIDICDTINANHWLAKDVVKALKKRLQHKNPHVQLLCLTLLETMVKNCGDNVHHQIAERNILPEMIKIVKKKTDMRVREKILVLLDSWQEAFGGRGGKYPQYYFAYDELRQSGVQFPHRSPDAAPIFTPPVTHPSFGPPQPNYGMPSNSSTRLDEAMASEIENLSLSVIESMRNVSDLLSEMLQEVDPNDRAAVKDEVIVDVVDRCRSNQKKLMQMLASTSD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G061280`
TK1151 ID	TkA05G061280
OH-1004 ID	LXL04_019540
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G061280

位置 Chr05:16305199-16309750 (+)

描述 Similar to TOL6: TOM1-like protein 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g38410`	作为降解蛋白质向液泡排序的守门员。	暂无已核实直接文献
`At5g01760`	可能有助于ESCRT机械装置的装载。	暂无已核实直接文献
`At4g32760`	可能有助于ESCRT机械装置的装载。	暂无已核实直接文献
`At1g76970`	可能有助于ESCRT机械装置的装载。	暂无已核实直接文献
`At1g21380`	可能有助于ESCRT机械装置的装载。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019540 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0043328 protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

GO:0005771 multivesicular body 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031901 early endosome membrane 细胞组分

GO:0035091 phosphatidylinositol binding 分子功能

GO:0043130 ubiquitin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76970

ath:AT2G38410

ath:AT4G32760

ath:AT5G01760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.594

排名 1 · TkA05G061280 · TK1151

高尔基体0.311

排名 2 · TkA05G061280 · TK1151

细胞核0.146

排名 3 · TkA05G061280 · TK1151

细胞膜0.134

排名 4 · TkA05G061280 · TK1151

溶酶体／液泡0.105

排名 5 · TkA05G061280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00790VHS18-132 aa

PF01417ENTH18-97 aa

PF13646HEAT_230-73 aa

PF11099M11L41-109 aa

PF30746TMCO641-123 aa

PF16997Wap144-123 aa

PF14676FANCI_S244-119 aa

PF12348CLASP_N45-108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G061280	`PF00790`	VHS	18	132	4.3e-35	121.3
TkA05G061280	`PF01417`	ENTH	18	97	0.0095	16.7
TkA05G061280	`PF13646`	HEAT_2	30	73	0.18	12.9
TkA05G061280	`PF11099`	M11L	41	109	0.0077	17.3
TkA05G061280	`PF30746`	TMCO6	41	123	0.21	11.0
TkA05G061280	`PF16997`	Wap1	44	123	0.016	15.1
TkA05G061280	`PF14676`	FANCI_S2	44	119	0.31	11.9
TkA05G061280	`PF12348`	CLASP_N	45	108	1.1	9.6
TkA05G061280	`PF03127`	GAT	50	75	1.1e-19	71.1
TkA05G061280	`PF04818`	CID	51	128	0.002	19.1
TkA05G061280	`PF24768`	ARM_ARMC5	51	116	0.13	12.4
TkA05G061280	`PF22964`	ZER1-like_2nd	53	120	0.097	12.0
TkA05G061280	`PF11841`	ELMO_ARM	54	123	0.013	16.1
TkA05G061280	`PF21041`	XMAP215_CLASP_TOG	54	120	0.022	15.2
TkA05G061280	`PF23227`	HEAT_MROH2B_C	56	119	0.14	12.2
TkA05G061280	`PF24181`	TPR_TTI1_C	58	114	0.00068	20.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80910`	拟南芥	sp\|O80910\|TOL6_ARATH TOM1-like protein 6	43.500%	Swiss-Prot	中等置信
`F4KAU9`	拟南芥	sp\|F4KAU9\|TOL7_ARATH TOM1-like protein 7	54.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q8L860`	拟南芥	sp\|Q8L860\|TOL9_ARATH TOM1-like protein 9	50.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q6NQK0`	拟南芥	sp\|Q6NQK0\|TOL4_ARATH TOM1-like protein 4	45.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LPL6`	拟南芥	sp\|Q9LPL6\|TOL3_ARATH TOM1-like protein 3	47.700%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情