TkA05G058200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G058200

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 15493245-15499115 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3923 bp · TkA05G058200|TK1151|cDNA

AAAGAACTTCTTCTTCCTTTATCTTCTTTCTCCACCGTTTTTGTTCCAAAAAATAAAATATACATATATAGCCGTTGGATTGAACAAAAGAAAGAAGAAAATAAAAGAACGCCGCGTCTATAGCGTTGCAAGGAGAACGGTCCAGAACGCCAAAGGGGGCCGGGGCGGTGTTGAAACGCTGAGAACGGCGTTCCGCCAGAGCGACGTCCGCGGCGTTGTCCGCGTTTCAACATATGCATGTGTATAATAATGTAGGTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2589 bp · TkA05G058200|TK1151|CDS

ATGACATGTGCAGCTTGTGTTAATTCCATTGAAGGAATCTTAAGAAAGCTTCATGGTGTTAAAAAAGCTGTGGTTGCTCTCACTACTTCACTAGGGGAAGTTGAATATGACCCTTCTATAGTTAGCAAGGATGAAATCATCAATGCTATTGAAGATGCAGGTTTTGAGGCTTCACTTGCACAAAGCAGTGGACAAGACAGAATGATGTTTTTAATAACAGGGATATTAGATCAGTTGGATGAAAATACGTTAGATGGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

862 aa · TkA05G058200|TK1151|PROTEIN

MTCAACVNSIEGILRKLHGVKKAVVALTTSLGEVEYDPSIVSKDEIINAIEDAGFEASLAQSSGQDRMMFLITGILDQLDENTLDGILGNLKGVKQFDFNKMTSEVDVLFDSEVLSPRDLVDAIHEESGGDFEVHVKNPHERMITQNLEESSHMLHHFLFSLSLGIPIFALRFICPHIPFLNYLLLSWIGPFQFGDWLRVIMCSLIQFIVGKRFYVAGFRALRRGATNMDVLVAMGTSAAYFYSIYALLYGAVTGFWSMT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G058200`
TK1151 ID	TkA05G058200
OH-1004 ID	LXL04_019530
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 84.843 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G058200

位置 Chr05:15493245-15499115 (+)

描述 Similar to RAN1: Copper-transporting ATPase RAN1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g44790`	涉及铜输入到电池中。	暂无已核实直接文献
`At1g63440`	涉及铜输入到电池中。	The Arabidopsis heavy metal P-type ATPase HMA5 interacts with metallochaperones and functions in copper detoxification of roots.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02601.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0665800`	金属外排转运蛋白，可能在锌、铜、铅和镉等重金属的解毒中发挥作用，尤其是在芽中。	Rice P1B-type heavy-metal ATPase, OsHMA9, is a metal efflux protein.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.102236
`Os02g0196600`	铜转运蛋白，介导根液泡中的铜转运。	A heavy metal P-type ATPase OsHMA4 prevents copper accumulation in rice grain.2016 · DOI: 10.1038/ncomms12138
`Os04g0556000`	铜转运蛋白在促进铜从根到芽的转运中发挥重要作用。	A member of the heavy metal P-type ATPase OsHMA5 is involved in xylem loading of copper in rice.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.226225

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019530 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009636 response to toxic substance 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010273 detoxification of copper ion 生物过程

GO:0046688 response to copper ion 生物过程

GO:0055070 copper ion homeostasis 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0071280 cellular response to copper ion 生物过程

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63440

ath:AT5G44790

dosa:Os04g0556000

dosa:Os06g0665800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.351

排名 1 · TkA05G058200 · TK1151

细胞膜0.180

排名 2 · TkA05G058200 · TK1151

高尔基体0.170

排名 3 · TkA05G058200 · TK1151

溶酶体／液泡0.146

排名 4 · TkA05G058200 · TK1151

细胞质0.145

排名 5 · TkA05G058200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00403HMA1-56 aa

PF00403HMA86-126 aa

PF00122E1-E2_ATPase314-402 aa

PF00702Hydrolase511-750 aa

PF00122E1-E2_ATPase624-636 aa

PF08282Hydrolase_3682-708 aa

PF08282Hydrolase_3725-778 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G058200	`PF00403`	HMA	1	56	1.1e-17	64.9
TkA05G058200	`PF00403`	HMA	86	126	1.1e-17	64.9
TkA05G058200	`PF00122`	E1-E2_ATPase	314	402	3.1e-24	85.4
TkA05G058200	`PF00702`	Hydrolase	511	750	2.2e-28	100.7
TkA05G058200	`PF00122`	E1-E2_ATPase	624	636	3.1e-24	85.4
TkA05G058200	`PF08282`	Hydrolase_3	682	708	0.0002	21.9
TkA05G058200	`PF08282`	Hydrolase_3	725	778	0.0002	21.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S7J8`	拟南芥	sp\|Q9S7J8\|HMA7_ARATH Copper-transporting ATPase RAN1	68.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SH30`	拟南芥	sp\|Q9SH30\|HMA5_ARATH Probable copper-transporting ATPase HMA5	48.600%	Swiss-Prot	中等置信
`A0A0P0X004`	水稻	sp\|A0A0P0X004\|HMA9_ORYSJ Cation-transporting ATPase HMA5	66.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q6H7M3`	水稻	sp\|Q6H7M3\|HMA4_ORYSJ Copper-transporting ATPase HMA4	49.000%	Swiss-Prot	中等置信
`A3AWA4`	水稻	sp\|A3AWA4\|HMA5_ORYSJ Copper-transporting ATPase HMA5	47.500%	Swiss-Prot	中等置信

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