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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G031320
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 8494238-8496136 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1299 bp · TkA05G031320|TK1151|cDNA

ATGCTCCTAAAATCCAGCTTTAATTTCAACGGTAACACAACTTATTCGCAACTCCTTTTCGCCCAAACCCCAGAACCCAATGGTTACGTCTGGAACACCCTCATCCATGGCCTTGCTTCCCGTGACCACTTTCAAGAATCAATCAAATACTTCCACTCCATGCGCCAAAATGGTTTCTTACCGAACTACTTCACTTCCCCTTTCGTCCTCAAAGCATGCACTAGGGTTTTAGATTTGAGATTGGGCGTAGAGCTCCACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1299 bp · TkA05G031320|TK1151|CDS

ATGCTCCTAAAATCCAGCTTTAATTTCAACGGTAACACAACTTATTCGCAACTCCTTTTCGCCCAAACCCCAGAACCCAATGGTTACGTCTGGAACACCCTCATCCATGGCCTTGCTTCCCGTGACCACTTTCAAGAATCAATCAAATACTTCCACTCCATGCGCCAAAATGGTTTCTTACCGAACTACTTCACTTCCCCTTTCGTCCTCAAAGCATGCACTAGGGTTTTAGATTTGAGATTGGGCGTAGAGCTCCACAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

432 aa · TkA05G031320|TK1151|PROTEIN

MLLKSSFNFNGNTTYSQLLFAQTPEPNGYVWNTLIHGLASRDHFQESIKYFHSMRQNGFLPNYFTSPFVLKACTRVLDLRLGVELHTIMVKVGHDLTGLVSTSLVDTYSKCGSMEKALVTFDQMLEKDAVTWGAMIQGYASNGKPKEALEFFNKFGIHPDGKTFIGVLCGCTHGGLVDDGRRFFNGMSTFFSLIPEIEHYGCMVDLYGKSGLLNEAHLLIQNMPMKPNAIVWGALLSGCRLHINTQLAEHVLKKLIELEP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G031320
TK1151 IDTkA05G031320
OH-1004 IDLXL04_019228
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)67.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 93.908
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G031320
位置Chr05:8494238-8496136 (-)
描述Similar to PCMP-H84: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g08820
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g08820 推测含五重复肽蛋白 At3g08820。 暂无已核实直接文献
At2g03880 含五聚肽重复的蛋白At2g03880，线粒体定位。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At3g62890 含五重复肽重复序列的蛋白At3g62890。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019228 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08070
ath:AT2G29760
ath:AT3G08820
ath:AT3G12770
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.614
排名 1 · TkA05G031320 · TK1151
质体0.196
排名 2 · TkA05G031320 · TK1151
细胞核0.061
排名 3 · TkA05G031320 · TK1151
细胞质0.050
排名 4 · TkA05G031320 · TK1151
过氧化物酶体0.008
排名 5 · TkA05G031320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12854PPR_125-55 aa
PF13812PPR_325-73 aa
PF13041PPR_226-73 aa
PF01535PPR30-59 aa
PF23276TPR_2431-66 aa
PF13428TPR_1431-55 aa
PF00515TPR_134-51 aa
PF07719TPR_241-51 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G031320PF12854PPR_125553.9e-1762.4
TkA05G031320PF13812PPR_325736.2e-0730.1
TkA05G031320PF13041PPR_226731.3e-2693.1
TkA05G031320PF01535PPR30591.2e-32110.5
TkA05G031320PF23276TPR_2431661.5e-0628.9
TkA05G031320PF13428TPR_1431550.03615.5
TkA05G031320PF00515TPR_134510.004317.5
TkA05G031320PF07719TPR_241510.03415.0
TkA05G031320PF23276TPR_24691271.5e-0628.9
TkA05G031320PF01535PPR70931.2e-32110.5
TkA05G031320PF00515TPR_170790.004317.5
TkA05G031320PF01535PPR1021271.2e-32110.5
TkA05G031320PF13041PPR_21021271.3e-2693.1
TkA05G031320PF12854PPR_11021243.9e-1762.4
TkA05G031320PF13812PPR_31021276.2e-0730.1
TkA05G031320PF14559TPR_191041290.01716.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SR82拟南芥sp|Q9SR82|PP219_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0882054.000%Swiss-Prot高置信
Q9SI53拟南芥sp|Q9SI53|PP147_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial46.100%Swiss-Prot中等置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic45.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SY02拟南芥sp|Q9SY02|PP301_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275047.600%Swiss-Prot中等置信
Q683I9拟南芥sp|Q683I9|PP295_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g6289047.200%Swiss-Prot中等置信

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