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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G024810
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 6730881-6733280 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2115 bp · TkA05G024810|TK1151|cDNA

ATGACCACCGACGGTCACCGGCCCAACAACTTCGCTTTCCCAGCTGTTCTAAAAGCAGTAACGGAAACTCAGGCCTTCAATTTGGGTGCACAGGTTCATGGCGCTGTTGTTAAACTTGGGTACGATGCATCTTCAGTGACGGTTGCGAATACGCTCTTGAATATGTATGGGAAATCTGGGAGTTTAAACGATGTCCTCAAGGTGTTCGATAAAATTACTGAAAGAGATAAAGTGTCGTGGAACACTTTATTAGCGTCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2115 bp · TkA05G024810|TK1151|CDS

ATGACCACCGACGGTCACCGGCCCAACAACTTCGCTTTCCCAGCTGTTCTAAAAGCAGTAACGGAAACTCAGGCCTTCAATTTGGGTGCACAGGTTCATGGCGCTGTTGTTAAACTTGGGTACGATGCATCTTCAGTGACGGTTGCGAATACGCTCTTGAATATGTATGGGAAATCTGGGAGTTTAAACGATGTCCTCAAGGTGTTCGATAAAATTACTGAAAGAGATAAAGTGTCGTGGAACACTTTATTAGCGTCATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

704 aa · TkA05G024810|TK1151|PROTEIN

MTTDGHRPNNFAFPAVLKAVTETQAFNLGAQVHGAVVKLGYDASSVTVANTLLNMYGKSGSLNDVLKVFDKITERDKVSWNTLLASLCRLEEWELALDMFRRMHIDKVEPNSFTLVSMSLACSNLENRHGVMLGKQVHAYSLKIGDTMSFTNNSLMSMYAKLGRIQDSVSLFEMFPGKNIISWNTMISSLSQQDRFEEAMAVFQLMIQEEMKPDGVTISSVLPACSHLELLHHGKQIHAYALRNSNLIENSYVSSALVDM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G024810
TK1151 IDTkA05G024810
OH-1004 IDLXL04_019165
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)86.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.858 / OH-1004 61.192
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G024810
位置Chr05:6730881-6733280 (+)
描述Similar to PCMP-H81: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At5g16860 含五基重复蛋白 At5g16860。 暂无已核实直接文献
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At5g09950 推测为含有五聚重复肽的蛋白质At5g09950。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019165 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G57430
ath:AT4G13650
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.594
排名 1 · TkA05G024810 · TK1151
质体0.261
排名 2 · TkA05G024810 · TK1151
细胞核0.066
排名 3 · TkA05G024810 · TK1151
细胞质0.031
排名 4 · TkA05G024810 · TK1151
过氧化物酶体0.007
排名 5 · TkA05G024810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_21-18 aa
PF13812PPR_32-20 aa
PF23276TPR_2416-73 aa
PF17177PPR_long17-74 aa
PF13041PPR_246-75 aa
PF29070MSC6_N49-91 aa
PF01535PPR50-75 aa
PF12854PPR_150-71 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G024810PF13041PPR_21181.3e-52176.4
TkA05G024810PF13812PPR_32208e-1555.4
TkA05G024810PF23276TPR_2416736.4e-0936.5
TkA05G024810PF17177PPR_long17740.0001222.3
TkA05G024810PF13041PPR_246751.3e-52176.4
TkA05G024810PF29070MSC6_N49913e-1247.1
TkA05G024810PF01535PPR50759.5e-61198.6
TkA05G024810PF12854PPR_150713e-29101.1
TkA05G024810PF13812PPR_350748e-1555.4
TkA05G024810PF20431E_motif52684.1e-2382.1
TkA05G024810PF23276TPR_24641196.4e-0936.5
TkA05G024810PF12854PPR_1751033e-29101.1
TkA05G024810PF13041PPR_2761191.3e-52176.4
TkA05G024810PF13812PPR_3771148e-1555.4
TkA05G024810PF01535PPR781049.5e-61198.6
TkA05G024810PF17177PPR_long961230.0001222.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic56.300%Swiss-Prot高置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic42.900%Swiss-Prot中等置信
Q9LFL5拟南芥sp|Q9LFL5|PP390_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g1686038.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333037.400%Swiss-Prot中等置信
Q9FIB2拟南芥sp|Q9FIB2|PP373_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0995039.200%Swiss-Prot中等置信

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