RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G022270
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 6040923-6042658 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1064 bp · TkA05G022270|TK1151|cDNA

ATAAGTTTTAGGGCACTTTATGCAAAATACGACCAAAACCTAAAACTAGAAATTAATGAATAAAAGCCTAAAAGGGTAGAAAACTTGGGAAACAATACAAGTCCGGACGGGTATAAGCTCATCGTTCGCAGTTTGCCAGTTCTTCATTCTTCAGCTCAATTCAACCTTGATTCTTCCAGATCCACGTTAAGATGTCTCGAAGGTACGACAGCCGGACCACAATCTTCTCCCCGGAGGGCCGCCTCTACCAAGTGGAATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

747 bp · TkA05G022270|TK1151|CDS

ATGTCTCGAAGGTACGACAGCCGGACCACAATCTTCTCCCCGGAGGGCCGCCTCTACCAAGTGGAATACGCAATGGAAGCGATCGGAAACGCGGGGTCTGCCATCGGGATCCTGTCAAAAGACGGAGTCGTCCTTGTCGGCGAAAAAAAGGTCACCTCAAAGCTCCTCCAAACCTCCACCTCCACCGAGAAAATGTACAAAATCGACGACCATGTCGCCTGTGCAGTCGCCGGAATAATGTCGGACGCCAACATCCTCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

248 aa · TkA05G022270|TK1151|PROTEIN

MSRRYDSRTTIFSPEGRLYQVEYAMEAIGNAGSAIGILSKDGVVLVGEKKVTSKLLQTSTSTEKMYKIDDHVACAVAGIMSDANILINTARVAAQRYTFSYQTPMPVEQLVQSLCDTKQGYTQFGGLRPFGVSFLFAGWDKNYGFQLYMSDPSGNYGGWKAAAVGANNQAAQSMLKQDYKEEISREEAVQLALKVLSKTMDSTSLTAEKLELAEVFLDGGKVKYQVCSPENLGKMLVKYGVTQAPVDT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G022270
TK1151 IDTkA05G022270
OH-1004 IDLXL04_019137
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.790 / OH-1004 80.858
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G022270
位置Chr05:6040923-6042658 (+)
描述Similar to PAC1: Proteasome subunit alpha type-4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g22110 蛋白酶体是一种多催化蛋白酶复合物，其特点是能够在中性或微碱性 pH 条件下裂解与离去基团相邻的 Arg、Phe、Tyr、Leu 和 Glu 肽。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: P0C8Y9 蛋白酶体是一种多催化蛋白酶复合物，其特点是能够在中性或微碱性 pH 条件下裂解与离去基团相邻的 Arg、Phe、Tyr、Leu 和 Glu 肽。 暂无已核实直接文献
Os06g0167600 蛋白酶体是一种多催化蛋白酶复合物，其特点是能够在中性或微碱性 pH 条件下裂解与离去基团相邻的 Arg、Phe、Tyr、Leu 和 Glu 肽。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019137 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0000502 proteasome complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005839 proteasome core complex 细胞组分
GO:0019773 proteasome core complex, alpha-subunit complex 细胞组分
GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G22110
dosa:Os06g0167600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.702
排名 1 · TkA05G022270 · TK1151
细胞核0.581
排名 2 · TkA05G022270 · TK1151
线粒体0.056
排名 3 · TkA05G022270 · TK1151
细胞膜0.036
排名 4 · TkA05G022270 · TK1151
内质网0.029
排名 5 · TkA05G022270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10584Proteasome_A_N5-27 aa
PF00227Proteasome30-214 aa
PF12953DUF384281-81 aa
PF12953DUF3842161-194 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G022270PF10584Proteasome_A_N5271.4e-1350.9
TkA05G022270PF00227Proteasome302143.3e-58197.2
TkA05G022270PF12953DUF384281810.1113.6
TkA05G022270PF12953DUF38421611940.1113.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81148拟南芥sp|O81148|PSA4A_ARATH Proteasome subunit alpha type-4-A88.000%Swiss-Prot高置信
P0C8Y9水稻sp|P0C8Y9|PSA4B_ORYSI Proteasome subunit alpha type-4-284.500%Swiss-Prot高置信
Q5VRG3水稻sp|Q5VRG3|PSA4B_ORYSJ Proteasome subunit alpha type-4-284.500%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看