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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G499960
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 126226214-126228079 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1623 bp · TkA04G499960|TK1151|cDNA

ATGTCTCAAACAAGAGCGAGGGCATTCCAAACGGTGAAATCTGTTAATTATTACTATAAGGTATGTAGTACTACAAATGCTTCACGCAGTTATTGCTCAAGTAGTTCCTTCAAAGCCCACCCTTTTGTTAAAGAAATTAGCACTCTTAGTTCTGCGGCCAAGAATGTGAGCTCTGATTTCCGAAACCCTAATGAGTTCCCAGGTGCTGGCACAAACTATAATGGATACGGCAAAGATTGGTCTACAGAAAGTAAAAGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1623 bp · TkA04G499960|TK1151|CDS

ATGTCTCAAACAAGAGCGAGGGCATTCCAAACGGTGAAATCTGTTAATTATTACTATAAGGTATGTAGTACTACAAATGCTTCACGCAGTTATTGCTCAAGTAGTTCCTTCAAAGCCCACCCTTTTGTTAAAGAAATTAGCACTCTTAGTTCTGCGGCCAAGAATGTGAGCTCTGATTTCCGAAACCCTAATGAGTTCCCAGGTGCTGGCACAAACTATAATGGATACGGCAAAGATTGGTCTACAGAAAGTAAAAGTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

540 aa · TkA04G499960|TK1151|PROTEIN

MSQTRARAFQTVKSVNYYYKVCSTTNASRSYCSSSSFKAHPFVKEISTLSSAAKNVSSDFRNPNEFPGAGTNYNGYGKDWSTESKSEYERHRKQLYNLNGNYPYNIMDHSSNRSIVVNDQLPNGSCSDMVNSQLQAVDERRLLGTIQELDAFCKNGKLKEAVEVLDLLEQNKVSVDIPRYLFLMKACGESQALTAAKHVHNHLTRSVPHLNVSIYNKILEMYSNCGSMEDAYKVFDKMPQRNLSSWDTMITGLAKNGHGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G499960
TK1151 IDTkA04G499960
OH-1004 IDLXL04_039054
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)86.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G499960
位置Chr04:126226214-126228079 (-)
描述Similar to PCMP-H63: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32450, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g32450 含五聚肽重复的蛋白 At4g32450，线粒体。 暂无已核实直接文献
At2g25580 含五聚肽序列重复的蛋白At2g25580。 暂无已核实直接文献
At2g34370 含五肽重复序列的线粒体蛋白At2g34370。 暂无已核实直接文献
At1g29710 含五螺旋肽重复结构蛋白 At1g29710，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039054 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G29710
ath:AT2G15690
ath:AT2G25580
ath:AT2G34370
ath:AT4G32450
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.481
排名 1 · TkA04G499960 · TK1151
线粒体0.392
排名 2 · TkA04G499960 · TK1151
细胞核0.072
排名 3 · TkA04G499960 · TK1151
细胞质0.040
排名 4 · TkA04G499960 · TK1151
细胞膜0.012
排名 5 · TkA04G499960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13408Zn_ribbon_recom16-40 aa
PF29070MSC6_N142-256 aa
PF22330Rib_mS39_PPR146-256 aa
PF13041PPR_2149-187 aa
PF01535PPR149-171 aa
PF13812PPR_3149-189 aa
PF23276TPR_24149-237 aa
PF17177PPR_long149-187 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G499960PF13408Zn_ribbon_recom16405.78.1
TkA04G499960PF29070MSC6_N1422563.5e-0730.4
TkA04G499960PF22330Rib_mS39_PPR1462560.05713.9
TkA04G499960PF13041PPR_21491872.3e-2279.6
TkA04G499960PF01535PPR1491714.7e-2277.3
TkA04G499960PF13812PPR_31491894.8e-1143.3
TkA04G499960PF23276TPR_241492376.2e-1039.8
TkA04G499960PF17177PPR_long1491873.8e-0730.4
TkA04G499960PF12854PPR_11501663.6e-2072.1
TkA04G499960PF17177PPR_long1803403.8e-0730.4
TkA04G499960PF12854PPR_12102383.6e-2072.1
TkA04G499960PF13812PPR_32102414.8e-1143.3
TkA04G499960PF13041PPR_22112442.3e-2279.6
TkA04G499960PF01535PPR2142424.7e-2277.3
TkA04G499960PF13041PPR_22422782.3e-2279.6
TkA04G499960PF12854PPR_12422683.6e-2072.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SUU7拟南芥sp|Q9SUU7|PP346_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32450, mitochondrial51.500%Swiss-Prot高置信
Q680H3拟南芥sp|Q680H3|PP170_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2558049.700%Swiss-Prot中等置信
Q8S8Q7拟南芥sp|Q8S8Q7|PP183_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g34370, mitochondrial46.300%Swiss-Prot中等置信
Q9C6G2拟南芥sp|Q9C6G2|PPR63_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g29710, mitochondrial42.800%Swiss-Prot中等置信
O81767拟南芥sp|O81767|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399037.600%Swiss-Prot中等置信

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