TkA04G490980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G490980

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 124105185-124106885 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1554 bp · TkA04G490980|TK1151|cDNA

GAGGGGCTCCCTCCCCCTATTAATTTGAACCCCCACTCTTCCAGCCTGCCCCTCCATTTTGAATACCTGCTACAAGTCTTAATCCCGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTTGTCTTTCTCTTTCTCTCTCCAAAGCTTTCAACCCCTCCTTTTTGGGTGACAGTTCGCACAAAAGTATTCTTAAATACAAAACCCTTTATTCATCTTAGTGTTCCAAGCTTATTTGTAGAATCTGCCTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1095 bp · TkA04G490980|TK1151|CDS

ATGGGGAGGCACTCTTGTTGTTATAAACAAAAGCTAAGAAAAGGTCTATGGTCCCCTGAAGAAGATGAAAAGCTCATCAAACATATCACTAAATTCGGCCATGGCTGCTGGAGCTCCGTCCCTAAACTTGCAGGCCTTGAAAGATGTGGCAAGAGTTGCAGGCTCCGATGGATTAACTACTTGAGGCCTGATTTGAAACGAGGCACATTCTCTCAACAAGAAGAGAAACTTATAATCGAATTGCATGCAGTTTTAGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

364 aa · TkA04G490980|TK1151|PROTEIN

MGRHSCCYKQKLRKGLWSPEEDEKLIKHITKFGHGCWSSVPKLAGLERCGKSCRLRWINYLRPDLKRGTFSQQEEKLIIELHAVLGNKWSQIAAQLPGRTDNEIKNLWNSSIKKKLRQRGIDPNTHKPLSEVNDDRKDPSGSNEKNSQGSYLEEKTEPLTAAMGSSYPVVDNPPPATHEFFLNRFVTTHETATKQPNSHHLSGFLPFNYTQQQQQPPPPESADIFFNNESKSSSELIPEFTTGISNPILSAPPRNTVNFH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G490980`
TK1151 ID	TkA04G490980
OH-1004 ID	LXL04_038989
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 82.207 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G490980

位置 Chr04:124105185-124106885 (+)

描述 Similar to MYB61: Transcription factor MYB61

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09540`	协调下游靶基因小型网络的转录因子；这些基因参与木质部形成、木质部细胞分化、侧根形成等多个植物生长发育过程。	AtMYB61, an R2R3-MYB transcription factor controlling stomatal aperture in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.06.041 MUM ENHANCERS are important for seed coat mucilage production and mucilage secretory cell differentiation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/jxb/erp102 AtMYB61, an R2R3-MYB transcription factor, functions as a pleiotropic regulator via a small gene network.2012 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2012.04201.x Interactions between the R2R3-MYB transcription factor, AtMYB61, and target DNA binding sites.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0065132 AaMYB1 and its orthologue AtMYB61 affect terpene metabolism and trichome development in Artemisia annua and Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13509
`At5g26660`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g61250`	可能通过抑制 ANT 在花发育中发挥作用的转录因子。	Characterization of Arabidopsis MYB transcription factor gene AtMYB17 and its possible regulation by LEAFY and AGL15.2009 · DOI: 10.1016/s1673-8527(08)60096-x LATE MERISTEM IDENTITY2 acts together with LEAFY to activate APETALA1.2011 · DOI: 10.1242/dev.063073

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038989 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09540

ath:AT3G61250

ath:AT5G26660

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.881

排名 1 · TkA04G490980 · TK1151

细胞质0.230

排名 2 · TkA04G490980 · TK1151

线粒体0.023

排名 3 · TkA04G490980 · TK1151

细胞膜0.019

排名 4 · TkA04G490980 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA04G490980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15963Myb_DNA-bind_78-34 aa

PF00249Myb_DNA-binding14-61 aa

PF13921Myb_DNA-bind_617-76 aa

PF23588HTH_CHD1_Hrp317-40 aa

PF00249Myb_DNA-binding67-110 aa

PF13921Myb_DNA-bind_670-119 aa

PF15963Myb_DNA-bind_770-113 aa

PF26683Tyr_recomb_halo_N102-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G490980	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	8	34	0.011	16.2
TkA04G490980	`PF00249`	Myb_DNA-binding	14	61	2.3e-33	114.7
TkA04G490980	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	17	76	4.9e-21	75.4
TkA04G490980	`PF23588`	HTH_CHD1_Hrp3	17	40	0.0095	16.6
TkA04G490980	`PF00249`	Myb_DNA-binding	67	110	2.3e-33	114.7
TkA04G490980	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	70	119	4.9e-21	75.4
TkA04G490980	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	70	113	0.011	16.2
TkA04G490980	`PF26683`	Tyr_recomb_halo_N	102	128	0.087	13.6
TkA04G490980	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	346	361	4.9e-21	75.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZQ2`	拟南芥	sp\|Q8VZQ2\|MYB61_ARATH Transcription factor MYB61	43.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8LPH6`	拟南芥	sp\|Q8LPH6\|MYB86_ARATH Transcription factor MYB86	84.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M2D9`	拟南芥	sp\|Q9M2D9\|MYB17_ARATH Transcription factor MYB17	69.000%	Swiss-Prot	低置信

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