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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G483460
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 122141903-122144758 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2334 bp · TkA04G483460|TK1151|cDNA

ATGCATCTTCGCTCAAGAACTCCACTTAAAAATCTCTTCTTCAATGCCTTCAATAAAACCCATTTCATCTCCCTCTTCAAGAACTCTCCTCAGTCTTACACACAGAAGTCCTCTATTTCATCCTACTTCACTTCTCTACAACTCAGCCCACCTACACCTGAAACCCATTCACCCCTTAAAAGGAAACGCTCTCTTAAAAAGTGGGATAAAGAGAAGCTAAGACGGTATTCGGAAAAACTGCGTGACTGTGCTGCGAATCG...

CDS

下载 CDS FASTA

2334 bp · TkA04G483460|TK1151|CDS

ATGCATCTTCGCTCAAGAACTCCACTTAAAAATCTCTTCTTCAATGCCTTCAATAAAACCCATTTCATCTCCCTCTTCAAGAACTCTCCTCAGTCTTACACACAGAAGTCCTCTATTTCATCCTACTTCACTTCTCTACAACTCAGCCCACCTACACCTGAAACCCATTCACCCCTTAAAAGGAAACGCTCTCTTAAAAAGTGGGATAAAGAGAAGCTAAGACGGTATTCGGAAAAACTGCGTGACTGTGCTGCGAATCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

777 aa · TkA04G483460|TK1151|PROTEIN

MHLRSRTPLKNLFFNAFNKTHFISLFKNSPQSYTQKSSISSYFTSLQLSPPTPETHSPLKRKRSLKKWDKEKLRRYSEKLRDCAANRSLNEGKAIHKQIKNMEFGKQLHGEILKSGFFSDGHVGSSLVDLYAKCGDLENAEKVCLFLPEQNPVSWNSLLNGFALMGDNQKALNLFCKMKETETKFNKYTLSTILKGCASSKNLKVGQVLHSMAITSGCENEEFVSCNLVDMYSKCGQPYDALKVFSQIKSPDVVTWSAII...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G483460
TK1151 IDTkA04G483460
OH-1004 IDLXL04_038938
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)80.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 98.959
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G483460
位置Chr04:122141903-122144758 (-)
描述Similar to PCMP-H42: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g13650
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At3g49170 可能在胚胎发生中起作用。 暂无已核实直接文献
At4g33170 含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。 暂无已核实直接文献
At5g09950 推测为含有五聚重复肽的蛋白质At5g09950。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038938 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G57430
ath:AT4G13650
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.731
排名 1 · TkA04G483460 · TK1151
质体0.158
排名 2 · TkA04G483460 · TK1151
细胞核0.048
排名 3 · TkA04G483460 · TK1151
细胞质0.039
排名 4 · TkA04G483460 · TK1151
细胞膜0.008
排名 5 · TkA04G483460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22470Histone_HNS_N62-97 aa
PF01535PPR100-117 aa
PF17177PPR_long107-144 aa
PF00637Clathrin120-144 aa
PF01535PPR125-143 aa
PF12854PPR_1125-143 aa
PF13041PPR_2126-143 aa
PF13812PPR_3126-143 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G483460PF22470Histone_HNS_N62970.113.3
TkA04G483460PF01535PPR1001171.1e-42142.0
TkA04G483460PF17177PPR_long1071445.1e-1143.1
TkA04G483460PF00637Clathrin1201440.006417.0
TkA04G483460PF01535PPR1251431.1e-42142.0
TkA04G483460PF12854PPR_11251439.2e-2690.0
TkA04G483460PF13041PPR_21261432.4e-57191.6
TkA04G483460PF13812PPR_31261431.4e-2589.8
TkA04G483460PF23276TPR_241261433.4e-0834.2
TkA04G483460PF13176TPR_71261440.1712.8
TkA04G483460PF10602RPN71271430.1312.7
TkA04G483460PF20431E_motif1471831.4e-2486.8
TkA04G483460PF29070MSC6_N1502032.6e-1040.7
TkA04G483460PF13041PPR_21511982.4e-57191.6
TkA04G483460PF12854PPR_11511799.2e-2690.0
TkA04G483460PF13812PPR_31521971.4e-2589.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q7Y211拟南芥sp|Q7Y211|PP285_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic32.700%Swiss-Prot中等置信
Q5G1T1拟南芥sp|Q5G1T1|PP272_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic34.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SMZ2拟南芥sp|Q9SMZ2|PP347_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3317032.400%Swiss-Prot中等置信
Q9FIB2拟南芥sp|Q9FIB2|PP373_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0995034.000%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic32.000%Swiss-Prot中等置信

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