TkA04G475900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G475900

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 120172639-120176775 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1967 bp · TkA04G475900|TK1151|cDNA

CCCGTACGGGCCAAATCCAACGGCCGTAAAACAAGAGGTATGAAGAGGAAAGAGAAAATGCGCTAAGGTTCAGTTTCATTTCATACAATCGTGAAATGATCTCTTCGTTTTCTCATTTCTCTCTCATCGGCACTTGCGATTGTTAAATTTCAGCTTCAACTCTGAAACCCTTAGATTTGAGAGCTATAATCGGTTCTGATTTTCGTAATTTATCGATTAATTAAAGGTAGAAAGACCTAAAAAGGGGGATTCTTGATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1272 bp · TkA04G475900|TK1151|CDS

ATGGGGTTGGAGGATGCAGATCTCGTAGATGATGGAGATGCTGCCGGAGGAGGAAAAGCTGCTTTGTCGGTTTCATGCTCGATTTGCCTCGAGGTTGTCACCGATAACGGAGATCGTGCTTGGGCAAAGCTCCAATGCGGCCATCAATTTCATCTAGATTGCATTGGGTCTGCATTTAATGTGAAGGGAGTGATGCAATGTCCCAACTGTAGGAAAATTGAGAAAGGTCAATGGCTTTATGCAAATGGGTGTCGACCATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

423 aa · TkA04G475900|TK1151|PROTEIN

MGLEDADLVDDGDAAGGGKAALSVSCSICLEVVTDNGDRAWAKLQCGHQFHLDCIGSAFNVKGVMQCPNCRKIEKGQWLYANGCRPYPEFSMDDWTHDEDLYDLSYSESSMWCPFGGFTRLAASFDEGEFPTTAYHDIVGQHAIFTEHAAVSSATHLCPYIAYVQPVHPSSSSSTSSASVGDGGGGGGGGSGPYNTNNQWNNNNNHSQSASSDMANSYGLPSMAMDVRYHTLFPASTARVDQPSISSVMSRRPVRSNPNN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G475900`
TK1151 ID	TkA04G475900
OH-1004 ID	LXL04_038901
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G475900

位置 Chr04:120172639-120176775 (+)

描述 Similar to RFI2: E3 ubiquitin-protein ligase RFI2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47700`	调节由光敏色素（phyA 和 phyB）控制的幼苗褪绿反应，例如对红光和远红光的下胚轴延长反应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0350900`	作为E3连接酶，促进SPL14/IPA1的多泛素化，从而进行后续的蛋白酶体降解。	Tissue-Specific Ubiquitination by IPA1 INTERACTING PROTEIN1 Modulates IPA1 Protein Levels to Regulate Plant Architecture in Rice.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00879

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038901 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0048450 floral organ structural organization 生物过程

GO:0080050 regulation of seed development 生物过程

GO:0090227 regulation of red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47700

dosa:Os01g0350900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.699

排名 1 · TkA04G475900 · TK1151

细胞质0.385

排名 2 · TkA04G475900 · TK1151

细胞膜0.069

排名 3 · TkA04G475900 · TK1151

内质网0.052

排名 4 · TkA04G475900 · TK1151

溶酶体／液泡0.037

排名 5 · TkA04G475900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29452FAR1_N23-71 aa

PF07282Cas12f1-like_TNB23-57 aa

PF27108PHD_Pygo24-56 aa

PF13639zf-RING_225-71 aa

PF13920zf-C3HC4_325-72 aa

PF21202SLX1_C25-71 aa

PF17123zf-RING_1126-55 aa

PF00097zf-C3HC426-70 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G475900	`PF29452`	FAR1_N	23	71	0.0055	17.4
TkA04G475900	`PF07282`	Cas12f1-like_TNB	23	57	4.1	8.3
TkA04G475900	`PF27108`	PHD_Pygo	24	56	0.4	11.5
TkA04G475900	`PF13639`	zf-RING_2	25	71	4.2e-08	34.0
TkA04G475900	`PF13920`	zf-C3HC4_3	25	72	0.49	11.0
TkA04G475900	`PF21202`	SLX1_C	25	71	2.6	9.1
TkA04G475900	`PF17123`	zf-RING_11	26	55	3.3e-07	30.6
TkA04G475900	`PF00097`	zf-C3HC4	26	70	2e-06	28.2
TkA04G475900	`PF13445`	zf-RING_UBOX	26	68	1.4e-05	25.7
TkA04G475900	`PF13923`	zf-C3HC4_2	26	70	9.2e-05	22.9
TkA04G475900	`PF23555`	zf-RING_Vps41	26	70	0.00015	22.0
TkA04G475900	`PF14570`	zf-RING_4	26	72	0.00074	20.0
TkA04G475900	`PF14634`	zf-RING_5	26	72	0.0022	18.6
TkA04G475900	`PF08746`	zf-RING-like	26	70	0.003	18.3
TkA04G475900	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	26	72	0.17	12.7
TkA04G475900	`PF25998`	U-box_ZFPL1	26	61	0.25	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82239`	拟南芥	sp\|O82239\|RFI2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RFI2	38.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5Z8R1`	水稻	sp\|Q5Z8R1\|IPI1_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase IPI1	55.900%	Swiss-Prot	低置信

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