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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G463270
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 116951053-116957059 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

507 bp · TkA04G463270|TK1151|cDNA

AACTTGGTTCTCCTATCAACAAAACGTACTCAAAGATTACCTTTCAAGCTTCATGGTCTTCCGGTGTGTTCAACATTCCATCCCACAAGATCAATCTTTTTTGTTTCAACAAAAAAGAATGTTAGGGTTTATGATCTTGTGAAAAGGACCTTCATCAAGAAGCTTGAAGCTGGTGTTCGTGAAATCTCCTCCATTTCCATGCATCCTGGTGGTGATAATGTTAATGTTGGGAGAAAGGATGGGAAGTTAGGTTGGTTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

507 bp · TkA04G463270|TK1151|CDS

AACTTGGTTCTCCTATCAACAAAACGTACTCAAAGATTACCTTTCAAGCTTCATGGTCTTCCGGTGTGTTCAACATTCCATCCCACAAGATCAATCTTTTTTGTTTCAACAAAAAAGAATGTTAGGGTTTATGATCTTGTGAAAAGGACCTTCATCAAGAAGCTTGAAGCTGGTGTTCGTGAAATCTCCTCCATTTCCATGCATCCTGGTGGTGATAATGTTAATGTTGGGAGAAAGGATGGGAAGTTAGGTTGGTTTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

168 aa · TkA04G463270|TK1151|PROTEIN

NLVLLSTKRTQRLPFKLHGLPVCSTFHPTRSIFFVSTKKNVRVYDLVKRTFIKKLEAGVREISSISMHPGGDNVNVGRKDGKLGWFDVDLSSTPYKILNNDPKDITNVAFHKNYPLFASCSDDCTAYAGNNMVYSDLNQNPLIVPLEILHCHTTTNGRGRFFKILLRD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G463270
TK1151 IDTkA04G463270
OH-1004 IDLXL04_038766
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)83.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 52.381 / OH-1004 15.575
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G463270
位置Chr04:116951053-116957059 (+)
描述Similar to BOP1: Ribosome biogenesis protein BOP1 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g40360 需要用于核糖体RNA的成熟和大核糖体亚基的形成（通过相似性）。
Analysis of Block of cell proliferation 1 (BOP1) activity in strawberry and Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2016.01.002

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0435400 参与核糖体RNA成熟及大核糖体亚基的形成。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038766 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程
GO:0000448 cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000460 maturation of 5.8S rRNA 生物过程
GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000466 maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0007276 gamete generation 生物过程
GO:0008283 cell population proliferation 生物过程
GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程
GO:0051302 regulation of cell division 生物过程
GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G40360
dosa:Os07g0435400
mbr:MONBRDRAFT_37129
mmu:12181
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.594
排名 1 · TkA04G463270 · TK1151
细胞质0.320
排名 2 · TkA04G463270 · TK1151
细胞膜0.045
排名 3 · TkA04G463270 · TK1151
内质网0.034
排名 4 · TkA04G463270 · TK1151
线粒体0.031
排名 5 · TkA04G463270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23760Beta-prop_DCAF125-89 aa
PF23381Beta-prop_IFT122_1st16-83 aa
PF00400WD4018-45 aa
PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd19-90 aa
PF23098Beta-prop_NOL10_N19-114 aa
PF16755Beta-prop_NUP159_NUP21420-96 aa
PF24817WD40_WDHD1_1st23-118 aa
PF25174Beta-prop_THOC325-124 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G463270PF23760Beta-prop_DCAF125890.2810.8
TkA04G463270PF23381Beta-prop_IFT122_1st16835.5e-0626.6
TkA04G463270PF00400WD4018451.5e-0732.4
TkA04G463270PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd19900.004616.9
TkA04G463270PF23098Beta-prop_NOL10_N191140.04713.5
TkA04G463270PF16755Beta-prop_NUP159_NUP21420960.04413.8
TkA04G463270PF24817WD40_WDHD1_1st231180.0003420.6
TkA04G463270PF25174Beta-prop_THOC3251242.2e-0627.6
TkA04G463270PF24807WD40_CDC20-Fz251271.2e-0525.4
TkA04G463270PF23414Beta-prop_EML_2261271.5e-0835.1
TkA04G463270PF24796WDR55301220.05113.3
TkA04G463270PF25175Beta-prop_WDR5311231.1e-0525.7
TkA04G463270PF25172Beta-prop_WDR3_2nd321250.0002221.3
TkA04G463270PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st321220.004417.2
TkA04G463270PF25173Beta-prop_WDR3_1st331253.6e-0834.0
TkA04G463270PF24814WD40_Prp19371259.8e-0832.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IH25拟南芥sp|F4IH25|BOP1_ARATH Ribosome biogenesis protein BOP1 homolog66.200%Swiss-Prot高置信
Q0D6V7水稻sp|Q0D6V7|BOP1_ORYSJ Ribosome biogenesis protein BOP1 homolog66.900%Swiss-Prot高置信

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