TkA04G455550 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G455550

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 114832847-114840557 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3846 bp · TkA04G455550|TK1151|cDNA

CGTCTGACCGTGGAAAGTGTCAACGTAATCTCTCCCTTGGCATTGTCTGACATCATCTACGCACATTCTTCTTCAAACCACTTTGACGAATCTGAAAACCGAACAATTTTTCTTTGGGATCTTCAGACTAAACTCTACTGCAAAGAGAGAGAGAGCAGAAAATGGGCCATGGAAGTTCGAAATCAAATTCGTTGGACGAGTCTTCAGACTCATCCGGTGGTACAATTACAAATTCAAAACCACCTCCGTCGTTTCGCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1956 bp · TkA04G455550|TK1151|CDS

ATGGGCCATGGAAGTTCGAAATCAAATTCGTTGGACGAGTCTTCAGACTCATCCGGTGGTACAATTACAAATTCAAAACCACCTCCGTCGTTTCGCGAAAGAATCAAACAGAAATTACACCTCCACCGTCGGCCGGCCGCTTCACAGCATGCTAAACTCAACCGTCACGAGGATTTCGCCGGCATCGCTTTGGTCACTCTAATTAGTGCGGAAATGAAATTCAAGGACAAGTGGCTTGCTTGCATTTCAATTGGAGAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

651 aa · TkA04G455550|TK1151|PROTEIN

MGHGSSKSNSLDESSDSSGGTITNSKPPPSFRERIKQKLHLHRRPAASQHAKLNRHEDFAGIALVTLISAEMKFKDKWLACISIGEQTFRTDTSDQTNMPTWNSEKKFVLESNGPHMAKISVFETNRLSKNNLIGYCEIDLFEFLSRVSDSDIEVFDLFDPSSSNVVVGKISISCSVEDPIETEKSFARRILSIVDYNGDGKLSFSEFSELINAFGNQLAAKKKEELFKSADVNGDGVVSMDELATLLAMQQEKEPLMNC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G455550`
TK1151 ID	TkA04G455550
OH-1004 ID	LXL04_038686
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G455550

位置 Chr04:114832847-114840557 (-)

描述 Similar to PSD2: Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g25970`	催化将磷脂酰丝氨酸（PtdSer）转化为磷脂酰乙醇胺（PtdEtn）。	Deficiency in phosphatidylserine decarboxylase activity in the psd1 psd2 psd3 triple mutant of Arabidopsis affects phosphatidylethanolamine accumulation in mitochondria.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.095414
`At5g57190`	催化将磷脂酰丝氨酸（PtdSer）转化为磷脂酰乙醇胺（PtdEtn）。	Deficiency in phosphatidylserine decarboxylase activity in the psd1 psd2 psd3 triple mutant of Arabidopsis affects phosphatidylethanolamine accumulation in mitochondria.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.095414

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0959800`	催化将磷脂酰丝氨酸（PtdSer）转化为磷脂酰乙醇胺（PtdEtn）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038686 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006646 phosphatidylethanolamine biosynthetic process 生物过程

GO:0006656 phosphatidylcholine biosynthetic process 生物过程

GO:0016540 protein autoprocessing 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005795 Golgi stack 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G25970

ath:AT5G57190

dosa:Os01g0959800

ppa:PAS_chr3_1127

spo:2543178

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.264

排名 1 · TkA04G455550 · TK1151

细胞质0.251

排名 2 · TkA04G455550 · TK1151

细胞膜0.185

排名 3 · TkA04G455550 · TK1151

高尔基体0.183

排名 4 · TkA04G455550 · TK1151

线粒体0.158

排名 5 · TkA04G455550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00168C282-145 aa

PF10358NT-C2118-176 aa

PF13499EF-hand_7130-165 aa

PF00168C2153-177 aa

PF00036EF-hand_1154-164 aa

PF13405EF-hand_6154-165 aa

PF30347RSA-1_C185-254 aa

PF29176Allatotropin-like_C187-208 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G455550	`PF00168`	C2	82	145	1.3e-08	35.7
TkA04G455550	`PF10358`	NT-C2	118	176	0.052	13.9
TkA04G455550	`PF13499`	EF-hand_7	130	165	8.7e-10	39.5
TkA04G455550	`PF00168`	C2	153	177	1.3e-08	35.7
TkA04G455550	`PF00036`	EF-hand_1	154	164	1.4e-11	43.8
TkA04G455550	`PF13405`	EF-hand_6	154	165	1.6e-09	37.4
TkA04G455550	`PF30347`	RSA-1_C	185	254	0.094	13.6
TkA04G455550	`PF29176`	Allatotropin-like_C	187	208	0.0011	19.2
TkA04G455550	`PF13499`	EF-hand_7	188	247	8.7e-10	39.5
TkA04G455550	`PF13405`	EF-hand_6	188	216	1.6e-09	37.4
TkA04G455550	`PF00036`	EF-hand_1	189	214	1.4e-11	43.8
TkA04G455550	`PF13833`	EF-hand_8	191	211	1.3e-05	25.6
TkA04G455550	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	191	213	0.0092	17.1
TkA04G455550	`PF01839`	FG-GAP	191	202	0.075	13.7
TkA04G455550	`PF13202`	EF-hand_5	193	211	2.5e-11	43.2
TkA04G455550	`PF00404`	Dockerin_1	196	246	0.00036	21.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A4GNA8`	拟南芥	sp\|A4GNA8\|PSD3_ARATH Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme 3	76.200%	Swiss-Prot	高置信
`F4KAK5`	拟南芥	sp\|F4KAK5\|PSD2_ARATH Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme 2	73.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q5JN42`	水稻	sp\|Q5JN42\|PSD2_ORYSJ Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme 2	73.800%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情