TkA04G454250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G454250

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 114508559-114508990 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

432 bp · TkA04G454250|TK1151|cDNA

ATGAGGAAGGGAAAGAAGATCGAGAAACTCATGCCAATGAAGAAATTCACGAACATTAGTTGGAAGCTACTGTCTATAGAACTAAAACAAGAAACGAGGGCCCCGGGTAGTGACGATCACTACCCCTATGATGAGTTGAAAATAAAACTCATGAGAATGAATTTCGCATTCCATAACGATCAATTGCCACAAAACCTTATGATCTTCTGTCGCGGTTTGTTTGCTGATGATTCTAAGGTTACACAAGAAGACATTGATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

432 bp · TkA04G454250|TK1151|CDS

ATGAGGAAGGGAAAGAAGATCGAGAAACTCATGCCAATGAAGAAATTCACGAACATTAGTTGGAAGCTACTGTCTATAGAACTAAAACAAGAAACGAGGGCCCCGGGTAGTGACGATCACTACCCCTATGATGAGTTGAAAATAAAACTCATGAGAATGAATTTCGCATTCCATAACGATCAATTGCCACAAAACCTTATGATCTTCTGTCGCGGTTTGTTTGCTGATGATTCTAAGGTTACACAAGAAGACATTGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

143 aa · TkA04G454250|TK1151|PROTEIN

MRKGKKIEKLMPMKKFTNISWKLLSIELKQETRAPGSDDHYPYDELKIKLMRMNFAFHNDQLPQNLMIFCRGLFADDSKVTQEDIDKIVEEVKERKKREQEAADDGDDDDAEEKAAKEKADEDDDGEDDAEEKSVKDEDEDDD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G454250`
TK1151 ID	TkA04G454250
OH-1004 ID	LXL04_037677
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	84.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 41.259 / OH-1004 17.933 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G454250`
位置	Chr04:114508559-114508990 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_037677` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.548

排名 1 · TkA04G454250 · TK1151

细胞质0.360

排名 2 · TkA04G454250 · TK1151

细胞外0.118

排名 3 · TkA04G454250 · TK1151

细胞膜0.071

排名 4 · TkA04G454250 · TK1151

线粒体0.056

排名 5 · TkA04G454250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09184PPP4R222-142 aa

PF05997Nop5251-129 aa

PF31011UBR7_C62-98 aa

PF12226Astro_capsid_p72-143 aa

PF02724CDC4576-141 aa

PF08432Vfa178-137 aa

PF24181TPR_TTI1_C79-133 aa

PF11705RNA_pol_3_Rpc3180-143 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G454250	`PF09184`	PPP4R2	22	142	0.05	13.9
TkA04G454250	`PF05997`	Nop52	51	129	0.19	12.0
TkA04G454250	`PF31011`	UBR7_C	62	98	0.0072	17.3
TkA04G454250	`PF12226`	Astro_capsid_p	72	143	3.0	7.6
TkA04G454250	`PF02724`	CDC45	76	141	3.6	6.5
TkA04G454250	`PF08432`	Vfa1	78	137	1.7	9.7
TkA04G454250	`PF24181`	TPR_TTI1_C	79	133	0.75	10.1
TkA04G454250	`PF11705`	RNA_pol_3_Rpc31	80	143	2.0	9.1
TkA04G454250	`PF04147`	Nop14	84	141	2.9	6.7
TkA04G454250	`PF11702`	DUF3295	86	134	6.2	6.8
TkA04G454250	`PF31011`	UBR7_C	130	139	0.0072	17.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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