RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G412280
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 103836670-103842273 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1456 bp · TkA04G412280|TK1151|cDNA

ATGATCTGTGTTTTCTTGTTTCTTCATTGGTTTTTTTATGATCGCGACAATGATGAAGGGAGAAATCGAGAAAAGCTTCTACGGTTATTTTTACTCAAATACGCTTTACAGATTCCGACCTGCCATCTGCTTCCCATCTCTCGATTTCTCCACGAAACAGGAAAGAGGTTAATTGGACTAAAGAATATATTAGCAAGACAACTACAGAACATGCCTAAGGAATACATTGTTTGTCTTGTGATGGATAGGTATGATAGATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1269 bp · TkA04G412280|TK1151|CDS

ATGATCTGTGTTTTCTTGTTTCTTCATTGGTTTTTTTATGATCGCGACAATGATGAAGGGAGAAATCGAGAAAAGCTTCTACGGTTATTTTTACTCAAATACGCTTTACAGATTCCGACCTGCCATCTGCTTCCCATCTCTCGATTTCTCCACGAAACAGGAAAGAGGTTAATTGGACTAAAGAATATATTAGCAAGACAACTACAGAACATGCCTAAGGAATACATTGTTTGTCTTGTGATGGATAGGTATGATAGATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

422 aa · TkA04G412280|TK1151|PROTEIN

MICVFLFLHWFFYDRDNDEGRNREKLLRLFLLKYALQIPTCHLLPISRFLHETGKRLIGLKNILARQLQNMPKEYIVCLVMDRYDRSQICNGYWWNYMPPLCQGFTKDIFLEKERWHGYLKDYDGGILMECKIDPKFPYTDLSTMIHHQRRKHLACFDYHNDGLIYHWETFQGSKIKMVFKGFKFITERAHHRDHLIREMAAILARKSISALRNRQFVITGQSLHAHNIGARSFATKHSFSTDKDDEEREKLAIEMSKDW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G412280
TK1151 IDTkA04G412280
OH-1004 IDLXL04_017473
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)93.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 52.844 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G412280
位置Chr04:103836670-103842273 (-)
描述Similar to NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g79010 线粒体膜呼吸链NADH脱氢酶（复合体I）的核心亚基，被认为属于催化所需的最小组装单元。 暂无已核实直接文献
At1g16700 线粒体膜呼吸链NADH脱氢酶（复合体I）的核心亚基，被认为属于催化所需的最小组装单元。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017473 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006120 mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone 生物过程
GO:0032981 mitochondrial respiratory chain complex I assembly 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0045271 respiratory chain complex I 细胞组分
GO:0003954 NADH dehydrogenase activity 分子功能
GO:0008137 NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity 分子功能
GO:0016651 oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
GO:0051539 4 iron, 4 sulfur cluster binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G16700
ath:AT1G79010
nta:107776985
sot:102589342
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.711
排名 1 · TkA04G412280 · TK1151
质体0.171
排名 2 · TkA04G412280 · TK1151
细胞质0.056
排名 3 · TkA04G412280 · TK1151
细胞核0.047
排名 4 · TkA04G412280 · TK1151
内质网0.037
排名 5 · TkA04G412280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05042Caleosin9-18 aa
PF05042Caleosin151-175 aa
PF08782c-SKI_SMAD_bind308-338 aa
PF14697Fer4_21316-339 aa
PF13746Fer4_18317-336 aa
PF00037Fer4320-339 aa
PF12837Fer4_6320-338 aa
PF12797Fer4_2320-335 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G412280PF05042Caleosin9180.005217.4
TkA04G412280PF05042Caleosin1511750.005217.4
TkA04G412280PF08782c-SKI_SMAD_bind3083387.47.5
TkA04G412280PF14697Fer4_213163391.2e-0835.7
TkA04G412280PF13746Fer4_183173360.1912.7
TkA04G412280PF00037Fer43203392.1e-1350.2
TkA04G412280PF12837Fer4_63203381.7e-0731.6
TkA04G412280PF12797Fer4_23203354e-0627.2
TkA04G412280PF13237Fer4_103203735.5e-0626.9
TkA04G412280PF05187Fer4_ETF_QO3203481.210.0
TkA04G412280PF13183Fer4_83213371.4e-0835.8
TkA04G412280PF12800Fer4_43213350.000123.0
TkA04G412280PF13534Fer4_173213360.003218.7
TkA04G412280PF13370Fer4_133213350.4911.8
TkA04G412280PF13459Fer4_153213342.59.6
TkA04G412280PF12838Fer4_73223762.2e-1247.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q42599拟南芥sp|Q42599|NDS8A_ARATH NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial83.400%Swiss-Prot中等置信
Q9FX83拟南芥sp|Q9FX83|NDS8B_ARATH NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-B, mitochondrial83.900%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看