TkA04G407790 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G407790

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 102504325-102508913 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2495 bp · TkA04G407790|TK1151|cDNA

TTGAGATTCAATTCAAAAGGCCAAAAAACACAAACCGTATGCTTGCGTTGCCTTCTTTTTCTCCCTCCATAGTCAAAGTGGGAAGACGAGAGGAGCGAGAGCAGTGTGGGGGGTGATCTTTTGGCGCCCTTTCCTTTAACTTTCGGCCATTTTCGCACTCTAAGATTCTCCTGCCTCTTATCGTTTCTCTTACACGCACCACCTGTTCTGTTTAATGGCGTCCGGGCAAGAGTCATCTGCAATTAAGGGTGCGAAAGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1929 bp · TkA04G407790|TK1151|CDS

ATGGCGTCCGGGCAAGAGTCATCTGCAATTAAGGGTGCGAAAGTGCTTATGGTTGGTGCTGGTGGCATCGGCTGCGAGCTTCTCAAAACCCTAGCTCTATCGGGTTTTCAAGACATTCACATCATTGACATGGACACCATAGAAGTGAGCAACCTAAACAGGCAATTCTTATTTCGTCAATCACATGTTGGCCAATCCAAGGCAAAAGTTGCTTGTGATGCTGTCCTAAGATTCAGGCCTCAAATTAGCATCACACCTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

642 aa · TkA04G407790|TK1151|PROTEIN

MASGQESSAIKGAKVLMVGAGGIGCELLKTLALSGFQDIHIIDMDTIEVSNLNRQFLFRQSHVGQSKAKVACDAVLRFRPQISITPYHANVKDPDFNVDFFKQFNVILNGLDNLDARRHVNRLCLAAGVPLVESGTTGFLGQVTVHIKGQTECYECQPKPAPKTYPVCTITSTPSKFVHCIVWAKDLLFAKLFGDKNQDNDLNVRSNDTASSSSDHSEDVFERKKDEDIEQYGKRIFNHVFGHNIESALSNEETWKNRNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G407790`
TK1151 ID	TkA04G407790
OH-1004 ID	LXL04_038226
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G407790

位置 Chr04:102504325-102508913 (+)

描述 Similar to SAE2: SUMO-activating enzyme subunit 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g21470`	二聚酶充当 SUMO1 和 SUMO2 的 E1 连接酶。	Genetic analysis of SUMOylation in Arabidopsis: conjugation of SUMO1 and SUMO2 to nuclear proteins is essential.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.102285

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038226 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0031510 SUMO activating enzyme complex 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016740 transferase activity 分子功能

GO:0019948 SUMO activating enzyme activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G21470

dre:406672

xla:399235

xtr:549845

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.537

排名 1 · TkA04G407790 · TK1151

细胞核0.476

排名 2 · TkA04G407790 · TK1151

线粒体0.091

排名 3 · TkA04G407790 · TK1151

细胞膜0.078

排名 4 · TkA04G407790 · TK1151

内质网0.071

排名 5 · TkA04G407790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00899ThiF8-437 aa

PF01488Shikimate_DH8-56 aa

PF29668BilD_C15-122 aa

PF03435Sacchrp_dh_NADP15-133 aa

PF10585UBA_E1_SCCH174-210 aa

PF31277Damicornin192-240 aa

PF13630SdpI238-260 aa

PF31277Damicornin266-296 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G407790	`PF00899`	ThiF	8	437	1.6e-64	218.0
TkA04G407790	`PF01488`	Shikimate_DH	8	56	0.003	18.4
TkA04G407790	`PF29668`	BilD_C	15	122	0.0013	19.0
TkA04G407790	`PF03435`	Sacchrp_dh_NADP	15	133	0.017	16.1
TkA04G407790	`PF10585`	UBA_E1_SCCH	174	210	3.6e-09	37.6
TkA04G407790	`PF31277`	Damicornin	192	240	3.0	8.9
TkA04G407790	`PF13630`	SdpI	238	260	0.89	10.4
TkA04G407790	`PF31277`	Damicornin	266	296	3.0	8.9
TkA04G407790	`PF10585`	UBA_E1_SCCH	275	374	3.6e-09	37.6
TkA04G407790	`PF13630`	SdpI	382	397	0.89	10.4
TkA04G407790	`PF14732`	UAE_UbL	447	539	5.7e-23	82.0
TkA04G407790	`PF10585`	UBA_E1_SCCH	581	603	3.6e-09	37.6
TkA04G407790	`PF14732`	UAE_UbL	584	636	5.7e-23	82.0
TkA04G407790	`PF31277`	Damicornin	588	623	3.0	8.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJT1`	拟南芥	sp\|Q9SJT1\|SAE2_ARATH SUMO-activating enzyme subunit 2	69.600%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情