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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G307860
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 77674147-77678185 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1964 bp · TkA04G307860|TK1151|cDNA

TTCCTCCATTTATACCGGCCCAAGTCATCGCACTATATAACGAGGACGGCTCTCACAAAAATATCTTCTCGCAAGAATCAACCCTATCTGGATTTAGGGTCTCTGCGATCGGTCTAGGGTTCTTATCAATCAACCTTTTACCTCAATTTAACCAATAGTTTCTGTTAGGGTTTCTATCTCGTATTGTTCTACTGTAATACATAGTTTGATTCGTCTACTCGATTAGTTTTTCTTTTTCACAAGATGATGCAACCAGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1335 bp · TkA04G307860|TK1151|CDS

ATGATGCAACCAGGAAACGGTATGGCACCACTACCAAGGGCTCCGATGCAGCCGCCACCACAACAGCAACAGCAGTACCAACAACCGCCACCGCAACAGCAGTGGATGATGCCTCCACCACATCAACAACAGCACCAACAACCACTGCCGCCTCACATGTGGGCCCATCAGCAGGCACCACCGCAGCAGCAGCAGCAACAAACACAGCAGATGATGCAAGGAAATCAGCAGTCGCAGCAGTATTCTTCTGCTCCGGCGAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

444 aa · TkA04G307860|TK1151|PROTEIN

MMQPGNGMAPLPRAPMQPPPQQQQQYQQPPPQQQWMMPPPHQQQHQQPLPPHMWAHQQAPPQQQQQQTQQMMQGNQQSQQYSSAPASSDEIRSLWIGDLQYWMDEAYVTNCFYTTGEVSTVKIIRNKQTGQPEGYGFIEFRSRAGAENALQTYNGTLMPSTEQNFRLNWATLGAGERRNDDTPDYTIFVGDLAADVSDYILQETFKTVYPSVKGAKVVTDRTTGRTKGYGFVRFGDESEQVRAMSEMNGVLCSSRPMRIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G307860
TK1151 IDTkA04G307860
OH-1004 IDLXL04_027086
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)68.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 81.081 / OH-1004 81.068
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G307860
位置Chr04:77674147-77678185 (-)
描述Similar to RBP45: Polyadenylate-binding protein RBP45
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g27000 异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。 暂无已核实直接文献
At1g11650 异质核核糖核蛋白 - 结合 mRNA 聚腺苷酸尾的蛋白质，可能参与前 mRNA 成熟的某些步骤。
Phylogenetic and expression analysis of RNA-binding proteins with triple RNA recognition motifs in plants.2011 · DOI: 10.1007/s10059-011-0001-2
At5g54900 异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0625800 RNA 结合蛋白，与谷醇溶蛋白 RNA 的 5'-CDS 内的顺式定位元件或邮政编码结合。
Targeted Endoplasmic Reticulum Localization of Storage Protein mRNAs Requires the RNA-Binding Protein RBP-L.2019 · DOI: 10.1104/pp.18.01434
Zipcode RNA-Binding Proteins and Membrane Trafficking Proteins Cooperate to Transport Glutelin mRNAs in Rice Endosperm.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00111
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027086 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0010193 response to ozone 生物过程
GO:0051028 mRNA transport 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008143 poly(A) binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11650
ath:AT4G27000
ath:AT5G54900
dosa:Os04g0625800
osa:4337064
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.855
排名 1 · TkA04G307860 · TK1151
细胞质0.377
排名 2 · TkA04G307860 · TK1151
细胞膜0.034
排名 3 · TkA04G307860 · TK1151
内质网0.024
排名 4 · TkA04G307860 · TK1151
线粒体0.017
排名 5 · TkA04G307860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03153TFIIA21-83 aa
PF14703PHM7_cyt54-88 aa
PF22976RRM_1057-86 aa
PF16367RRM_793-147 aa
PF00076RRM_194-161 aa
PF09251PhageP22-tail102-169 aa
PF13893RRM_5110-152 aa
PF28441RRM_11115-154 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G307860PF03153TFIIA21830.2711.8
TkA04G307860PF14703PHM7_cyt54880.6510.9
TkA04G307860PF22976RRM_1057860.0002921.6
TkA04G307860PF16367RRM_7931477.3e-0729.8
TkA04G307860PF00076RRM_1941612.4e-46156.2
TkA04G307860PF09251PhageP22-tail1021690.04412.9
TkA04G307860PF13893RRM_51101529.1e-0832.6
TkA04G307860PF28441RRM_111151540.01816.1
TkA04G307860PF22976RRM_101171650.0002921.6
TkA04G307860PF28442DUF84001191560.0116.7
TkA04G307860PF14703PHM7_cyt1211520.6510.9
TkA04G307860PF14605Nup35_RRM_21331500.008416.7
TkA04G307860PF08777RRM_31361530.02615.3
TkA04G307860PF25015RBD_AKAP-17A1361510.06613.3
TkA04G307860PF14703PHM7_cyt1842170.6510.9
TkA04G307860PF09707Cas_Cas2CT19781862430.07613.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q93W34拟南芥sp|Q93W34|RP45C_ARATH Polyadenylate-binding protein RBP45C66.900%Swiss-Prot高置信
Q9SAB3拟南芥sp|Q9SAB3|RB45B_ARATH Polyadenylate-binding protein RBP45B62.200%Swiss-Prot高置信
Q9FPJ8拟南芥sp|Q9FPJ8|RB45A_ARATH Polyadenylate-binding protein RBP45A60.200%Swiss-Prot高置信
Q0J9Y2水稻sp|Q0J9Y2|RBPL_ORYSJ RNA-binding protein L62.000%Swiss-Prot高置信

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