TkA04G175510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G175510

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 45439363-45442073 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1883 bp · TkA04G175510|TK1151|cDNA

AATATTTTACTAACAATTCCATATATAACCCCTAATGAGACCGTTCAACATTTAATTTTTTACCCAAAGAGAAAGGCCGGATTTTTCCACTCCAGAGTCAGGAAACGGCTTTTTCTTCGATCAAATCCATCGGTGGTCTCCGTCAGTAGCATAAGATCTCGAATTAGAAAACCCACACATTCAAAAGAGATGGAATCGAATCAAAGAAGAAAGAGCGGGATCAATCTCCCGGCTGGGATGTCGGAGACATCTCTACGCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1701 bp · TkA04G175510|TK1151|CDS

AATATTTTACTAACAATTCCATATATAACCCCTAATGAGACCGTTCAACATTTAATTTTTTACCCAAAGAGAAAGGCCGGATTTTTCCACTCCAGAGTCAGGAAACGGCTTTTTCTTCGATCAAATCCATCGGTGGTCTCCGTCAGTAGCATAAGATCTCGAATTAGAAAACCCACACATTCAAAAGAGATGGAATCGAATCAAAGAAGAAAGAGCGGGATCAATCTCCCGGCTGGGATGTCGGAGACATCTCTACGCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

566 aa · TkA04G175510|TK1151|PROTEIN

NILLTIPYITPNETVQHLIFYPKRKAGFFHSRVRKRLFLRSNPSVVSVSSIRSRIRKPTHSKEMESNQRRKSGINLPAGMSETSLRLNTGAGSPSPLIRALSSPSPRIMSPRTISNLTSSPSSKSAGACSDRFIPCRSSSRLHTFGLPDKASPVKEGGGASNEAYTRLLRCELFGPDFGFSSPAGGTKGSGPYSSPASSPSKNMLRFKTDSSGQNSPYSGSILGQDNGLSSESVTPPKPPRKVQKHHTRVLDAPSLQDDF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G175510`
TK1151 ID	TkA04G175510
OH-1004 ID	LXL04_035045
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.936 / OH-1004 94.473 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G175510

位置 Chr04:45439363-45442073 (-)

描述 Similar to FZR3: Protein FIZZY-RELATED 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13840`	激活蛋白，调节后期促进复合物/环体的泛素连接酶活性和底物特异性。	Arabidopsis anaphase-promoting complexes: multiple activators and wide range of substrates might keep APC perpetually busy.2005 · DOI: 10.4161/cc.4.8.1856
`At4g22910`	激活蛋白，调节后期促进复合物/环体的泛素连接酶活性和底物特异性。	Arabidopsis anaphase-promoting complexes: multiple activators and wide range of substrates might keep APC perpetually busy.2005 · DOI: 10.4161/cc.4.8.1856 FZR2/CCS52A1 expression is a determinant of endoreduplication and cell expansion in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.132449 APC/C-CCS52A complexes control meristem maintenance in the Arabidopsis root.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0901193106
`At4g11920`	激活蛋白，调节后期促进复合物/环体的泛素连接酶活性和底物特异性。	Arabidopsis anaphase-promoting complexes: multiple activators and wide range of substrates might keep APC perpetually busy.2005 · DOI: 10.4161/cc.4.8.1856 APC/C-CCS52A complexes control meristem maintenance in the Arabidopsis root.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0901193106

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035045 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031145 anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

GO:0032877 positive regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0042023 DNA endoreduplication 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G11920

ath:AT4G22910

ath:AT5G13840

mtr:25493638

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.650

排名 1 · TkA04G175510 · TK1151

细胞质0.336

排名 2 · TkA04G175510 · TK1151

细胞膜0.045

排名 3 · TkA04G175510 · TK1151

线粒体0.035

排名 4 · TkA04G175510 · TK1151

内质网0.028

排名 5 · TkA04G175510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23609Beta-prop_EIPR1111-126 aa

PF23798Beta-prop_SPT8241-329 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz251-540 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st262-351 aa

PF25174Beta-prop_THOC3265-364 aa

PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd265-369 aa

PF23389Beta-prop_WDR19_1st266-364 aa

PF23383Beta-prop_IFT140_1st267-353 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G175510	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	111	126	0.03	14.5
TkA04G175510	`PF23798`	Beta-prop_SPT8	241	329	0.015	14.9
TkA04G175510	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	251	540	6.4e-127	423.6
TkA04G175510	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	262	351	3.2e-25	89.6
TkA04G175510	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	265	364	6.4e-41	140.9
TkA04G175510	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	265	369	8.4e-16	58.9
TkA04G175510	`PF23389`	Beta-prop_WDR19_1st	266	364	3.6e-20	73.0
TkA04G175510	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	267	353	1.6e-11	44.3
TkA04G175510	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	269	369	4e-39	135.3
TkA04G175510	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	269	438	2.9e-26	93.1
TkA04G175510	`PF24796`	WDR55	269	411	1.9e-12	47.6
TkA04G175510	`PF25460`	Beta-prop_Aladin	269	352	3.6e-12	46.8
TkA04G175510	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	270	351	3.6e-07	30.4
TkA04G175510	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	272	369	2.1e-37	129.3
TkA04G175510	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	277	370	5.1e-34	118.6
TkA04G175510	`PF30552`	CFAP251_N	277	331	1.7e-08	34.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPL5`	拟南芥	sp\|Q8LPL5\|FZR3_ARATH Protein FIZZY-RELATED 3	75.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q8L3Z8`	拟南芥	sp\|Q8L3Z8\|FZR2_ARATH Protein FIZZY-RELATED 2	62.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VZS9`	拟南芥	sp\|Q8VZS9\|FZR1_ARATH Protein FIZZY-RELATED 1	61.600%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情