TkA04G119260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G119260

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 30991973-30993257 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1154 bp · TkA04G119260|TK1151|cDNA

CTACAATCGCACATATAAATACGCGCACGGATTCACCAACCCATTAACGAATTCATTAATTGTAAGCAAGAAAAAGTGTTCTTAGAAAAACCAAACTGCACAACCCTCAAATCCCTCACCCCAAATCCATCCACAAACTCAATCGCCAAAATCTAAAGATTACCCAGCTTCAAGGCGAAGATTTAGAGGCAGAACCCCCGAAAATCCCTATCTGTCAGTTGCCAAATCGATTCAATTTTGATGTATCATCAGGATACCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

681 bp · TkA04G119260|TK1151|CDS

ATGTATCATCAGGATACCGACTGGGCAATCGATGCCGCGGCAGCAGTAGCGGCCGAGTCTACGTGGACAAGATACGAAGATAAGTTGTTTGAGGATGCGTTGGTGATGTTTCCCGACGATGTGATCGGACGGTGGCAGAAGATCGCCGAAGCGGTGCCTGGTAAGACGGCGGAGCAGGTCAGAGCTCATTACGAGGTGTTGGTACATGATTTGCTACAGATTGATTCCGGTCAGGTGGAATTACCAAGTTACACTGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

226 aa · TkA04G119260|TK1151|PROTEIN

MYHQDTDWAIDAAAAVAAESTWTRYEDKLFEDALVMFPDDVIGRWQKIAEAVPGKTAEQVRAHYEVLVHDLLQIDSGQVELPSYTDDDGEDSFLSWDPELRASQISFGMAKGSKHGDGERKKGTPWTEEEHRLFLIGLQRYGKGDWRSISRNVVVSRTPTQVASHAQKYFLRQNSMKKERKRSSIHDITTTADTMAVPPPPPPTNFQGGATPQLGYERQQNFGYPM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G119260`
TK1151 ID	TkA04G119260
OH-1004 ID	LXL04_012827
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	52.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 76.549 / OH-1004 81.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G119260

位置 Chr04:30991973-30993257 (+)

描述 Similar to DIVARICATA: Transcription factor DIVARICATA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g08520`	通过结合特定启动子基序5′-(A/T)AACCAT-3′，协调脱落酸（ABA）生物合成及信号相关基因的转录激活因子。	Salt-Related MYB1 Coordinates Abscisic Acid Biosynthesis and Signaling during Salt Stress in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00962

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8A9B2`	与基因启动子中的 5'-TATCCA-3' 元件结合的转录激活剂。	暂无已核实直接文献
`Os01g0524500`	与基因启动子中的 5'-TATCCA-3' 元件结合的转录激活剂。	Three novel MYB proteins with one DNA binding repeat mediate sugar and hormone regulation of alpha-amylase gene expression.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001735 Convergent starvation signals and hormone crosstalk in regulating nutrient mobilization upon germination in cereals.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097741

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012827 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010116 positive regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08520

dosa:Os10g0562100

osa:4349391

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.941

排名 1 · TkA04G119260 · TK1151

细胞质0.165

排名 2 · TkA04G119260 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA04G119260 · TK1151

内质网0.012

排名 4 · TkA04G119260 · TK1151

线粒体0.011

排名 5 · TkA04G119260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15963Myb_DNA-bind_719-65 aa

PF01285TEA19-41 aa

PF00249Myb_DNA-binding21-64 aa

PF23082Myb_DNA-binding_221-61 aa

PF21227Myb_DNA-binding_722-28 aa

PF13921Myb_DNA-bind_642-68 aa

PF21227Myb_DNA-binding_745-68 aa

PF15963Myb_DNA-bind_7119-150 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G119260	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	19	65	0.003	18.0
TkA04G119260	`PF01285`	TEA	19	41	0.18	12.8
TkA04G119260	`PF00249`	Myb_DNA-binding	21	64	1.2e-23	83.7
TkA04G119260	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	21	61	1.2e-08	35.6
TkA04G119260	`PF21227`	Myb_DNA-binding_7	22	28	0.027	15.1
TkA04G119260	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	42	68	1.3e-07	32.4
TkA04G119260	`PF21227`	Myb_DNA-binding_7	45	68	0.027	15.1
TkA04G119260	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	119	150	0.003	18.0
TkA04G119260	`PF00249`	Myb_DNA-binding	125	170	1.2e-23	83.7
TkA04G119260	`PF23082`	Myb_DNA-binding_2	125	178	1.2e-08	35.6
TkA04G119260	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	126	163	1.3e-07	32.4
TkA04G119260	`PF21227`	Myb_DNA-binding_7	126	163	0.027	15.1
TkA04G119260	`PF01285`	TEA	126	143	0.18	12.8
TkA04G119260	`PF01285`	TEA	150	168	0.18	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNN6`	拟南芥	sp\|Q9FNN6\|SRM1_ARATH Transcription factor SRM1	52.200%	Swiss-Prot	高置信
`B8A9B2`	水稻	sp\|B8A9B2\|MYBS1_ORYSI Transcription factor MYBS1	47.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8LH59`	水稻	sp\|Q8LH59\|MYBS1_ORYSJ Transcription factor MYBS1	47.300%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情