RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G095250
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 24801758-24804046 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1880 bp · TkA04G095250|TK1151|cDNA

CAGCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATAACCTACAGACAATCTGAGGTTTCAAGAACCGACGGATTGATCTCTAGGGCACAACGTAAACAACATTAAATTTTTGGCCTACCCAACTCCAAGATAAGATGCAATCATCTCCAAACTCACCCAACACACACAAGATTCCCCTCTATAAATTTGTGCAATAATCTTTTCTTTCTCGGTCTTCGTGGGCGAAAATCCAAAAAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1314 bp · TkA04G095250|TK1151|CDS

ATGGATAGCGCATCAGCTGTTCAACATTTAGACCCACCAGGAGCATGCGCTCTATGCCACAGAATTCTTCCATTAGAGTATGACGTCATTGGACTTGAATCCATGAGCATATGCGGCGACTGTAAATTCCTATTTCTAGAAGATTCCGACACCCCATCTCACCACATCCACCAAAGAACTCCAAGACCAAGAAGAAGAACAACAACAAGATACACCAACACCAACACCAACACTTCAGAATCAATCGAAAACATCTTCTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

437 aa · TkA04G095250|TK1151|PROTEIN

MDSASAVQHLDPPGACALCHRILPLEYDVIGLESMSICGDCKFLFLEDSDTPSHHIHQRTPRPRRRTTTRYTNTNTNTSESIENIFSTMINNQSSRNNNPPPPHLPLPDLDNHSIDTSSRGSRRWRRVFSDTESDGFDSVYGESDAISYGVYGGDDDDSDASIDVHSFLGDSDTDIDPMHAGFHQWTSDDEDNNNNNNNNNTLGSLIARVHLQRTLTSDNDNSVHVRISERRQRERERERRGDEIEGHSGDYLDARSFEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G095250
TK1151 IDTkA04G095250
OH-1004 IDLXL04_035544
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)47.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 26.316 / OH-1004 32.676
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G095250
位置Chr04:24801758-24804046 (+)
描述Similar to RING1: E3 ubiquitin-protein ligase RING1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g19950 E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。 暂无已核实直接文献
At5g64920 E3 泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。
The RING finger motif of photomorphogenic repressor COP1 specifically interacts with the RING-H2 motif of a novel Arabidopsis protein.1999 · DOI: 10.1074/jbc.274.39.27674
Biochemical evidence for ubiquitin ligase activity of the Arabidopsis COP1 interacting protein 8 (CIP8).2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01298.x
At3g46620 参与正向调控脱落酸依赖干旱胁迫响应的E3泛素蛋白连接酶。
Suppression of Arabidopsis RING-DUF1117 E3 ubiquitin ligases, AtRDUF1 and AtRDUF2, reduces tolerance to ABA-mediated drought stress.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.02.131
The E3 ligase AtRDUF1 positively regulates salt stress responses in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0071078

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0488800 在体外具有E3泛素-蛋白连接酶活性。
Molecular dissection of Oryza sativa salt-induced RING Finger Protein 1 (OsSIRP1): possible involvement in the sensitivity response to salinity stress.2016 · DOI: 10.1111/ppl.12459
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035544 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程
GO:0090378 seed trichome elongation 生物过程
GO:1902006 negative regulation of L-proline biosynthetic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G40830
ath:AT3G19950
ath:AT3G56580
dosa:Os05g0488800
osa:4339152
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.465
排名 1 · TkA04G095250 · TK1151
细胞核0.349
排名 2 · TkA04G095250 · TK1151
溶酶体／液泡0.121
排名 3 · TkA04G095250 · TK1151
内质网0.116
排名 4 · TkA04G095250 · TK1151
细胞膜0.089
排名 5 · TkA04G095250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09845OapC13-85 aa
PF23145Zf_2nd_IFT12115-21 aa
PF13639zf-RING_216-30 aa
PF23137HVO_075816-42 aa
PF23555zf-RING_Vps4116-23 aa
PF25998U-box_ZFPL116-24 aa
PF23217DUF706616-36 aa
PF23145Zf_2nd_IFT12134-47 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G095250PF09845OapC13850.08813.8
TkA04G095250PF23145Zf_2nd_IFT12115211.49.4
TkA04G095250PF13639zf-RING_216301.1e-1042.3
TkA04G095250PF23137HVO_075816420.6610.5
TkA04G095250PF23555zf-RING_Vps4116231.29.5
TkA04G095250PF25998U-box_ZFPL116241.69.9
TkA04G095250PF23217DUF706616364.68.0
TkA04G095250PF23145Zf_2nd_IFT12134471.49.4
TkA04G095250PF13923zf-C3HC4_237486.9e-0832.9
TkA04G095250PF23146Zf_IFT144_1st37420.610.8
TkA04G095250PF12861zf-ANAPC1138430.002518.5
TkA04G095250PF13751DDE_Tnp_1_657962.69.0
TkA04G095250PF23217DUF70662162344.68.0
TkA04G095250PF13751DDE_Tnp_1_62222612.69.0
TkA04G095250PF09845OapC2722980.08813.8
TkA04G095250PF23137HVO_07582923080.6610.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LPN7拟南芥sp|Q8LPN7|RNG1L_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like45.000%Swiss-Prot低置信
Q9SPL2拟南芥sp|Q9SPL2|CIP8_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase CIP842.700%Swiss-Prot低置信
Q9SNB6拟南芥sp|Q9SNB6|RDUF1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RDUF143.400%Swiss-Prot低置信
Q6AVN2水稻sp|Q6AVN2|SIRP1_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SIRP139.000%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看