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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G061390
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 16375877-16379675 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1020 bp · TkA04G061390|TK1151|cDNA

TTCCAAACCTGGCAACTCTTACCCTTTAAAATATATCACTTCAAAGTAGTAGAACTCATAGAGAACCTCTTAAAGTTACATGCCCACTAAAGTTTCCATCATGTGTAGTTCTTCATCATCTTCCTCAAGTGGAGATCGTGGTGGTGGCGACGACAGTGGTGGTGGAGCTTGTGGAGGAGAAGAGAGACGGAGGAAGACGATGGGTCGGGGGAGGATTGAGATAAAAAAGATTGAGAATGTCAGTAGTCGACAGGTAACGT...

CDS

下载 CDS FASTA

816 bp · TkA04G061390|TK1151|CDS

ATGCCCACTAAAGTTTCCATCATGTGTAGTTCTTCATCATCTTCCTCAAGTGGAGATCGTGGTGGTGGCGACGACAGTGGTGGTGGAGCTTGTGGAGGAGAAGAGAGACGGAGGAAGACGATGGGTCGGGGGAGGATTGAGATAAAAAAGATTGAGAATGTCAGTAGTCGACAGGTAACGTTTTCAAAACGTCGTGCTGGACTTATGAAGAAAGCTAAAGAGTTGGCAATTCTGTGTGATGCGGAGGTGGGCGTTATCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

271 aa · TkA04G061390|TK1151|PROTEIN

MPTKVSIMCSSSSSSSSGDRGGGDDSGGGACGGEERRRKTMGRGRIEIKKIENVSSRQVTFSKRRAGLMKKAKELAILCDAEVGVIIFSSTGKLYEFASSRLQNIISRYERNLDSSDKPGLVVETRQEVDPEVKALKAEIMKLRKGQRLMMGKELEGLSYKELEHLERQLHDGMLAVKNQKDMALLEEIEQTKLREQRTMQENEALKKQIVDHLNKSSEIHLSGRNIPFITPNPLGCLKRDNGDIGISLHLGLSPHNDHH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G061390
TK1151 IDTkA04G061390
OH-1004 IDLXL04_036243
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G061390
位置Chr04:16375877-16379675 (-)
描述Similar to AGL15: Agamous-like MADS-box protein AGL15
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g57390 可能的转录因子参与开花的负调节，可能通过光周期途径。
The MADS domain factors AGL15 and AGL18 act redundantly as repressors of the floral transition in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03105.x
MADS-complexes regulate transcriptome dynamics during pollen maturation.2007 · DOI: 10.1186/gb-2007-8-11-r249
At5g13790 转录因子参与开花的负调节，可能通过光周期途径。
The MADS-domain protein AGAMOUS-like 15 accumulates in embryonic tissues with diverse origins.1999 · DOI: 10.1104/pp.120.1.121
The embryo MADS domain factor AGL15 acts postembryonically. Inhibition of perianth senescence and abscission via constitutive expression.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.2.183
Effect of regulated overexpression of the MADS domain factor AGL15 on flower senescence and fruit maturation.2002 · DOI: 10.1104/pp.004721
Binding site selection for the plant MADS domain protein AGL15: an in vitro and in vivo study.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m212976200
The embryo MADS domain protein AGAMOUS-Like 15 directly regulates expression of a gene encoding an enzyme involved in gibberellin metabolism.2004 · DOI: 10.1105/tpc.021261
Control of expression and autoregulation of AGL15, a member of the MADS-box family.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02320.x
The MADS domain factors AGL15 and AGL18 act redundantly as repressors of the floral transition in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03105.x
The MADS-domain transcriptional regulator AGAMOUS-LIKE15 promotes somatic embryo development in Arabidopsis and soybean.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.115832
Arabidopsis cold shock domain proteins: relationships to floral and silique development.2009 · DOI: 10.1093/jxb/ern351
Global identification of targets of the Arabidopsis MADS domain protein AGAMOUS-Like15.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.068890
The MADS domain protein AGL15 localizes to the nucleus during early stages of seed development.1996 · DOI: 10.1105/tpc.8.11.1977
At3g57230 可能参与长日光周期开花时间调节的转录因子。
MicroRNA-mediated regulation of stomatal development in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.050377
miR824-Regulated AGAMOUS-LIKE16 Contributes to Flowering Time Repression in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.124685

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036243 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程
GO:0010047 fruit dehiscence 生物过程
GO:0010227 floral organ abscission 生物过程
GO:0010262 somatic embryogenesis 生物过程
GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程
GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程
GO:0045487 gibberellin catabolic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G57230
ath:AT3G57390
ath:AT5G13790
dosa:Os02g0579600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968
排名 1 · TkA04G061390 · TK1151
细胞质0.089
排名 2 · TkA04G061390 · TK1151
细胞膜0.026
排名 3 · TkA04G061390 · TK1151
内质网0.014
排名 4 · TkA04G061390 · TK1151
质体0.011
排名 5 · TkA04G061390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00319SRF-TF50-97 aa
PF22175Ogg-HhH90-178 aa
PF04977DivIC125-145 aa
PF01486K-box126-210 aa
PF00588SpoU_methylase140-169 aa
PF04977DivIC184-212 aa
PF00588SpoU_methylase202-224 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G061390PF00319SRF-TF50979.4e-2792.9
TkA04G061390PF22175Ogg-HhH901780.01815.3
TkA04G061390PF04977DivIC1251451.59.4
TkA04G061390PF01486K-box1262101.3e-1764.4
TkA04G061390PF00588SpoU_methylase1401690.2912.0
TkA04G061390PF04977DivIC1842121.59.4
TkA04G061390PF00588SpoU_methylase2022240.2912.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M2K8拟南芥sp|Q9M2K8|AGL18_ARATH Agamous-like MADS-box protein AGL1842.400%Swiss-Prot中等置信
Q38847拟南芥sp|Q38847|AGL15_ARATH Agamous-like MADS-box protein AGL1546.500%Swiss-Prot中等置信
A2RVQ5拟南芥sp|A2RVQ5|AGL16_ARATH Agamous-like MADS-box protein AGL1653.500%Swiss-Prot中等置信

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