TkA04G038880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G038880

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 10428519-10429379 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

387 bp · TkA04G038880|TK1151|cDNA

ATGCAGATCTTCGTCAAAACCCTAACCGGGAAGACCATCACCCTCGAGGTTGAGAGCAGTGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATTCAAGACAAGGAGGGTATTCCTCCGGATCAGCAGCGGTTGATCTTCGCCGGCAAGCAGCTTGAAGACGGCCGAACCCTCGCTGATTATAACATCCAGAAAGAGTCAACTCTTCATTTGGTATTGAGGCTAAGAGGAGGAATCATTGAGCCTTCTTTGATGGCATTGGCTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

387 bp · TkA04G038880|TK1151|CDS

ATGCAGATCTTCGTCAAAACCCTAACCGGGAAGACCATCACCCTCGAGGTTGAGAGCAGTGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATTCAAGACAAGGAGGGTATTCCTCCGGATCAGCAGCGGTTGATCTTCGCCGGCAAGCAGCTTGAAGACGGCCGAACCCTCGCTGATTATAACATCCAGAAAGAGTCAACTCTTCATTTGGTATTGAGGCTAAGAGGAGGAATCATTGAGCCTTCTTTGATGGCATTGGCTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

128 aa · TkA04G038880|TK1151|PROTEIN

MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLADYNIQKESTLHLVLRLRGGIIEPSLMALARKYNQDKTICRKCYARLHPRAVNCRKKKCGHSNQLRPKKKIK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G038880`
TK1151 ID	TkA04G038880
OH-1004 ID	LXL04_018370
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G038880

位置 Chr04:10428519-10429379 (+)

描述 Similar to UBICEP52-7: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g36170`	可以共价连接到另一个蛋白上，也可以游离（未锚定）。	暂无已核实直接文献
`At3g52590`	可以共价连接到另一个蛋白上，也可以游离（未锚定）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0234200`	可以共价连接到另一个蛋白上，也可以游离（未锚定）。	暂无已核实直接文献
`Os09g0568400`	可以共价连接到另一个蛋白上，也可以游离（未锚定）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018370 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0019941 modification-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0022625 cytosolic large ribosomal subunit 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G36170

ath:AT3G52590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.575

排名 1 · TkA04G038880 · TK1151

细胞核0.397

排名 2 · TkA04G038880 · TK1151

细胞膜0.121

排名 3 · TkA04G038880 · TK1151

线粒体0.092

排名 4 · TkA04G038880 · TK1151

内质网0.081

排名 5 · TkA04G038880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11976Rad60-SLD1-71 aa

PF18036Ubiquitin_41-33 aa

PF00240ubiquitin3-74 aa

PF23326UBL_UBAC18-72 aa

PF20170Plexin_RBD9-32 aa

PF13881Rad60-SLD_210-72 aa

PF10790DUF260410-72 aa

PF21403OTU1_UBXL10-39 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G038880	`PF11976`	Rad60-SLD	1	71	1.1e-17	64.3
TkA04G038880	`PF18036`	Ubiquitin_4	1	33	0.025	15.2
TkA04G038880	`PF00240`	ubiquitin	3	74	9.8e-33	112.5
TkA04G038880	`PF23326`	UBL_UBAC1	8	72	0.037	14.7
TkA04G038880	`PF20170`	Plexin_RBD	9	32	0.04	14.7
TkA04G038880	`PF13881`	Rad60-SLD_2	10	72	0.0089	16.9
TkA04G038880	`PF10790`	DUF2604	10	72	0.03	15.4
TkA04G038880	`PF21403`	OTU1_UBXL	10	39	0.18	13.1
TkA04G038880	`PF14560`	Ubiquitin_2	11	69	3.9e-05	24.7
TkA04G038880	`PF10302`	Dsc3_N	13	64	0.042	15.1
TkA04G038880	`PF18396`	TBK1_ULD	17	51	0.036	14.7
TkA04G038880	`PF18037`	Ubiquitin_5	21	67	0.046	14.7
TkA04G038880	`PF18036`	Ubiquitin_4	43	73	0.025	15.2
TkA04G038880	`PF20170`	Plexin_RBD	54	68	0.04	14.7
TkA04G038880	`PF01020`	Ribosomal_L40e	78	127	1.5e-30	105.6
TkA04G038880	`PF14560`	Ubiquitin_2	79	96	3.9e-05	24.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B9DHA6`	拟南芥	sp\|B9DHA6\|RL40A_ARATH Ubiquitin-ribosomal protein eL40z fusion protein	98.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q42202`	拟南芥	sp\|Q42202\|RL40B_ARATH Ubiquitin-ribosomal protein eL40y fusion protein	98.400%	Swiss-Prot	高置信
`P0CH34`	水稻	sp\|P0CH34\|RL40A_ORYSJ Ubiquitin-ribosomal protein eL40z fusion protein	98.400%	Swiss-Prot	高置信
`P0CH35`	水稻	sp\|P0CH35\|RL40B_ORYSJ Ubiquitin-ribosomal protein eL40y fusion protein	98.400%	Swiss-Prot	高置信

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