TkA04G023540 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G023540

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 6053077-6058335 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2550 bp · TkA04G023540|TK1151|cDNA

GCCATTTCTACAGTATGCTTGTGTGCATCTGTAACTCTCTCTCTATATATAAACAACTCGAGTCTTGTTGAATGTTAACAAGCAAAAATTTGAGTGAGCGAGAGAGAGAAAGAGAAAGATTTGTCCCCTTTGCTGCACATCATTCAGACACCGTGCCGGATTTACCTCTCTCGCTCCCTCGCTAGGGTTTCTCAATCAAAATTTCGATTCTAAAATACAATCACAGAGAGAAACCAAGGGAGATCGACTGTTAAAACCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1053 bp · TkA04G023540|TK1151|CDS

ATGGGCAACATGCACCGTATAGACCGCTTAAGTCTAGCACCTGAATTACCATTAATACCCCTACCTTTACCCTTACCCCTCTTCTCCTCTTCAAACATGGACACATCATCTGACATGGGCCCCGACCTTTTAACCGAAAGGGTACGTTGGGAATTACCTTTCATGCAAGGATGGTTAATGGGTCAGGGTCAACCCGCCACCGCCACCGCCACGTCATCAACAAATTTTCCGGAAGCTTCAATGGTCAACGAGTCAAACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

350 aa · TkA04G023540|TK1151|PROTEIN

MGNMHRIDRLSLAPELPLIPLPLPLPLFSSSNMDTSSDMGPDLLTERVRWELPFMQGWLMGQGQPATATATSSTNFPEASMVNESNEGNPMIGRIQSELSASLTATAELPCTVKLRIWSHDSNNPCGSLKAERCRLIIPHAVLCSEMGAHFSPCGRYLAACVACVLPQFEGDSVISSSSSSLLQVNQEAGRGPGTSPTRHPISARQVIYELRIYSLEEPTFGSVLISRPIRAAHCLTSIQFSPTSDHILLAYGRRHTSLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G023540`
TK1151 ID	TkA04G023540
OH-1004 ID	LXL04_036816
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 56.160 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G023540`
位置	Chr04:6053077-6058335 (-)
描述	Similar to Ambra1: Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_036816` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程 GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程 GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0000423 mitophagy 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0007281 germ cell development 生物过程 GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程 GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程 GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ana:alr3466 dre:100332642 dre:559106 hsa:55626 mmu:228361 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.561

排名 1 · TkA04G023540 · TK1151

细胞核0.320

排名 2 · TkA04G023540 · TK1151

溶酶体／液泡0.142

排名 3 · TkA04G023540 · TK1151

高尔基体0.128

排名 4 · TkA04G023540 · TK1151

细胞膜0.109

排名 5 · TkA04G023540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00400WD40150-161 aa

PF00400WD40233-249 aa

PF00400WD40290-307 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G023540	`PF00400`	WD40	150	161	0.49	11.8
TkA04G023540	`PF00400`	WD40	233	249	0.49	11.8
TkA04G023540	`PF00400`	WD40	290	307	0.49	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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