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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G016480
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 4097879-4107440 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4032 bp · TkA04G016480|TK1151|cDNA

CTAAAATAAGCAATCATATTTGTCATTTGTGAATATCCTCAATATCTTTATTGAGGCAAAACCCTACTTACTAAATGCGAAAGGGACGAGGAAAATAGCAAATCCAGAGTCACTGAGAACACGCCGAAAGGTAGAGAGGAGGCGTGAACCATTTGGGCTAAAACCTAGCTTCTTTGCCACCTCGCGCCGATCTCCTTCCGTCGTTGCAGACATGGCAGTCCGCTTCAACCCCTGCGACACTCTCCTCATTCCATCCACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3942 bp · TkA04G016480|TK1151|CDS

ATGGCAGTCCGCTTCAACCCCTGCGACACTCTCCTCATTCCATCCACCAACGCCGCCGCCGCCGCCACCACCACCTCCGCTTTCATCTCCTCCAAAACAAACTCTGCTAAGACCACCCAACCGACTCAAAATCAGAAACCAAATGTTGGTAAGCGAACTGATATCAAAAAGATTATGATTCTCGGTGCTGGTCCTATCGTTATCGGACAAGCTTGCGAATTTGATTATTCCGGTACGCAAGCTTGTAAAGCTTTAAGAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1313 aa · TkA04G016480|TK1151|PROTEIN

MAVRFNPCDTLLIPSTNAAAAATTTSAFISSKTNSAKTTQPTQNQKPNVGKRTDIKKIMILGAGPIVIGQACEFDYSGTQACKALRENGYEVVLINSNPATIMTDPEMADRTYIEPMTPELVEQVIAKERPDAILPTMGGQTALNLAVALAESGVLDKYNVELIGAKLEAIKKAEDRELFKQAMKNIGLKTPPSGIGTTLQECLQIANTIGEFPLIIRPAFTLGGSGGGIAYNKQEFETICKSGLAASVTSQVLVEKSLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G016480
TK1151 IDTkA04G016480
OH-1004 IDLXL04_036936
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 87.814 / OH-1004 99.916
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G016480
位置Chr04:4097879-4107440 (+)
描述Similar to CARB: Carbamoyl-phosphate synthase large chain, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g29900 精氨酸特异性氨甲酰磷酸合酶（CPSase）大亚基。
Analysis of ven3 and ven6 reticulate mutants reveals the importance of arginine biosynthesis in Arabidopsis leaf development.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04425.x
At4g38570 催化磷脂酰肌醇 (PtdIns) 的生物合成以及 PtdIns: 肌醇交换反应。 暂无已核实直接文献
At1g68000 催化磷脂酰肌醇 的生物合成以及 PtdIns: 肌醇交换反应。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0570700 精氨酸特异性氨甲酰磷酸合酶（CPSase）大亚基。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036936 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006221 pyrimidine nucleotide biosynthetic process 生物过程
GO:0006526 L-arginine biosynthetic process 生物过程
GO:0006541 glutamine metabolic process 生物过程
GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程
GO:0044205 'de novo' UMP biosynthetic process 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005951 carbamoyl-phosphate synthase complex 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0004087 carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity 分子功能
GO:0004088 carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
afu:AF_1274
ana:alr3809
ath:AT1G29900
dosa:Os01g0570700
syn:sll0370
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.345
排名 1 · TkA04G016480 · TK1151
质体0.240
排名 2 · TkA04G016480 · TK1151
细胞核0.143
排名 3 · TkA04G016480 · TK1151
线粒体0.124
排名 4 · TkA04G016480 · TK1151
过氧化物酶体0.086
排名 5 · TkA04G016480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02142MGS22-101 aa
PF13780DUF417654-84 aa
PF25596CPSase_L_D155-172 aa
PF13380CoA_binding_267-140 aa
PF08443RimK68-103 aa
PF17965MucBP_274-102 aa
PF01370Epimerase77-139 aa
PF03698UPF018082-97 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G016480PF02142MGS221012.9e-2072.9
TkA04G016480PF13780DUF417654840.004917.6
TkA04G016480PF25596CPSase_L_D1551721.3e-99329.0
TkA04G016480PF13380CoA_binding_2671400.02415.8
TkA04G016480PF08443RimK681030.0314.7
TkA04G016480PF17965MucBP_2741020.2712.4
TkA04G016480PF01370Epimerase771390.04114.0
TkA04G016480PF03698UPF018082970.2212.5
TkA04G016480PF02655ATP-grasp_31753537.9e-0626.8
TkA04G016480PF02786CPSase_L_D21763831e-111372.2
TkA04G016480PF08442ATP-grasp_21812740.00218.5
TkA04G016480PF13549ATP-grasp_51812110.00816.3
TkA04G016480PF02222ATP-grasp1833553.1e-1247.2
TkA04G016480PF08443RimK1832540.0314.7
TkA04G016480PF07478Dala_Dala_lig_C2083511.8e-1557.7
TkA04G016480PF13535ATP-grasp_42143526.8e-0936.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q42601拟南芥sp|Q42601|CARB_ARATH Carbamoyl phosphate synthase arginine-specific large chain, chloroplastic84.200%Swiss-Prot高置信
Q8GUK6拟南芥sp|Q8GUK6|PIS2_ARATH Probable CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase 274.700%Swiss-Prot中等置信
Q8LBA6拟南芥sp|Q8LBA6|PIS1_ARATH CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase 175.800%Swiss-Prot中等置信
B9EXM2水稻sp|B9EXM2|CARB_ORYSJ Carbamoyl phosphate synthase arginine-specific large chain, chloroplastic81.900%Swiss-Prot高置信

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